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Aya Asagiri não tem nenhum lugar para chamar de sua. Intimidada na escola e abusada pelo irmão em casa, ela passa todos os dias desejando a morte. Um dia, Aya acontece em um site misterioso chamado Magical Girl Site.

Tsuyuno Yatsumura é outra garota mágica que recebeu um pedaço de pau pelo site Magical Girl. O taco de Tsuyuno pode parar o tempo. Ela usou isso para retaliar contra Sarina Shizukume. Tsuyuno avisa Aya. O uso do graveto diminui sua vida útil, e que alguém está matando garotas mágicas por seus gravetos, e que alguém está se aproximando.

A identidade do Caçador Mágico que vem matando garotas mágicas acaba sendo uma garota mágica chamada Rina Shioi. Rina faz isso para sobreviver ao â € œTempestâ € e descobre alguns dos segredos do site, mas fica inconsciente ao usar o bastão muitas vezes. Aya e Tsuyuno procuram um curandeiro para acordar Rina, mas a nova garota mágica que eles conhecem é alguém inesperado.

A nova garota mágica Nijimi Anazawa quer Rina morta, mas Aya e Tsuyuno ainda não têm como acordar Rina de seu coma. Apesar desse revés, a vida de Aya parece estar melhorando depois de conhecer Tsuyuno. Então, um dia, sua turma recebe um novo aluno transferido. Não é outro senão Nijimi! Aya entra em pânico, mas Tsuyuno não está lá para ajudá-la.

Depois de perder sua melhor amiga e se machucar, Sarina Shizukume se torna uma garota mágica e promete se vingar de Aya. Enquanto isso, Aya procura Tsuyuno e descobre que ela está em estado crítico. Assombrada por seu passado, Tsuyuno impede Aya de chamar uma ambulância. Depois que Aya descobre o segredo de Tsuyuno, ela não consegue segurar as lágrimas. Tsuyuno é movido pelas lágrimas e determinação de Aya.

Aya e Tsuyuno são enviados para o hospital inconscientes após sua batalha mortal com Sarina.

Aya e as outras aprendem que existem vários sites de Garota Mágica, cada um com seu próprio administrador, e que a informação que Rina tem de Tempestade é falsa. Elas decidem se juntar à Kosame e outras garotas mágicas de um site diferente para descobrir a verdade por trás deles, e sobreviver. Mas isso requer uma parceria com Nijimi, que ainda está atrás da vida de Rina.

O grupo foi à praia como foi sugerido por Aya para tentar aproveitar o tempo de folga, mas Aya na verdade tinha um motivo secreto por trás da viagem. Aya diz para Tsuyuno o quão agradecida está por tudo que ela fez, e as duas garotas selam um pacto. No entanto, quando retornam para a casa de praia, elas descobrem que a varinha de Nijimi foi roubada.

Quem rouba a varinha de Nijimi é o irmão de Aya, Kaname. Incapaz de contar a alguém, Aya visita a casa de Sayuki com Tsuyuno e os outros. Enquanto isso, Kaname coloca um novo plano em ação depois de tirar proveito dos sentimentos de Nijimi e roubar sua varinha. Kaname já matou e não hesitará em matar de novo. Kaname segue em direção de Aya para matar todas as garotas mágicas e pegar suas varinhas.

Nijimi morreu protegendo suas aliadas de Kaname. Aya sente-se culpada e se tranca em seu quarto. Porém, Aya mudou desde que encontrou Tsuyuno. As palavras de Tsuyuno ajudam Aya a se levantar. Alguém cuidando dela é algo inesperado. Uma Aya totalmente determinada reaparece diante de suas amigas no funeral de Nijimi.

The magical girls' plan is to wait for a site administrator to deliver a stick to a new magical girl in order to capture them, force them to reveal the site's secrets, and to find out a way to survive. They use their abilities to their fullest, and the moment finally arrives. Aya, Tsuyuno, and Rina lie in wait at the target's junior high when the administrator appears.

It seems the administrator's identity is a human girl. Tsuyuno dies protecting Aya and her friends, but she is brought back to life as a new administrator candidate. Tsuyuno is ordered to kill Aya so she can become an official administrator. Having lost her old memories, Tsuyuno attacks Aya with supernatural strength.