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Waver Velvet, che ha combattuto al fianco di Iskandar durante la quarta guerra del Santo Graal, riceve la visita di Reines El-Melloi Archisorte e Melvin Weins. Reines chiede a Waver di aiutarla con il pagamento dei debiti.

Lord El Melloi II riceve un caso da risolvere. A quanto pare, c'è la possibilità di guadagnare una grossa ricompensa e quindi di ridurre i debiti familiari.

La turbolenza dell'aula sembra essere come di solito nelle Moderne Teorie Magecraft, ma c'è qualcosa di sbagliato nel comportamento di Lord El-Melloi II. Luvia, che era venuta a vedere e a partecipare ad una delle sue lezioni, chiede a Gray il motivo di ciò, ed è venuto fuori che il suo locale preferito ha praticamente chiuso il negozio. Lord El-Melloi II si dirige verso il locale per indagare sulle loro circostanze mentre realizza che il lavoro non può progredire a questo ritmo, ma quando scende nel sistema fognario per indagare, un'ombra inquietante lo attacca. Gray, preoccupata di non aver ricevuto alcun segno di ritorno dall'indagine, cerca aiuto da Flat e Svin.

Primary Lecturer Wills è un'autorità nella divisione di Evocazione Spirituale. Suo padre, Sir Trevor, possedeva l'Officina Marburry che utilizza un'intera terra desolata per operare come Officina Magica. Tuttavia, l'Officina andò fuori controllo, causando molte vittime, compresa quella dello stesso Sir Trevor. Lord El-Melloi II, cercando l'assistenza dell' Evocazione Spirituale per partecipare alla Guerra del Santo Graal, accetta a malincuore la richiesta di risolvere questo caso. Tuttavia, ciò che attendeva il gruppo che arrivava alla villa era Hishiri Adashino, un membro del Dipartimento Politiche che indaga e fa rispettare le regole all'interno della Torre dell'Orologio.

As the investigation in Marburry Workshop continues, lightning strikes yet again to create a new victim. Lord El-Melloi II and Hishiri Adashino once again are on opposing grounds concerning the perpetrator of this case. Lord El-Melloi II seeks the help of the Necromancer Kairi Shishigou to reinvestigate. Gray and Shishigou are assaulted by a fierce beast, the Black Dog, that suddenly appeared before them. Based on the fact that the Black Dog reacted to Gray's Mystic Code, Lord El-Melloi II elicits a certain conclusion. He then starts preparing for a ritual with the assistance of all Mages who were gathered at Marburry Workshop.

Un giorno di tranquillità, Gray si dirige da sola a visitare Reines. Un'inaspettata svolta di eventi porta le due a fare shopping a Carnac, un grande magazzino. La mancanza di esperienza di Gray in un posto del genere la lascia interamente alla mercé di Reines. Per complicare ulteriormente le cose, Luvia sceglie di unirsi a loro nel corso del loro viaggio, e le tre ragazze decidono di fare un tea party...

La Reliquia di Iskandar, il Re dei Conquistatori, è stata rubata a Lord El-Melloi II. Al suo posto è stato lasciato un invito al Rail Zeppelin, il treno che avrebbe avuto a che fare con gli Occhi Magici. Lord El-Melloi II, con Gray e Caules al seguito, si dirige a indagare su questo strano treno. Molti si sono riuniti lì, tra cui Hishiri Adashino di Giurisprudenza, Yvette della classe di El Melloi, Olga-Marie Arsimilat Animusphere, figlia del Signore dell'Astromanzia, e persino Karabo Frampton della Santa Chiesa. Il treno parte, portando con sé le tante agende dei suoi passeggeri...

An incident occurs where Trisha Fellows is murdered by someone aboard the Rail Zeppelin. Lord El-Melloi II undertakes the investigation for the case, but Olga-Marie has doubts about his way of life as it is far from how a Mage should act. Meanwhile, Shishigou and Luvia, under Reines' orders, are conducting their own investigation. The Mystic Eyes Collection Train begins its procession once again, and a mysterious figure appears before Lord El-Melloi II and Gray. The assailant who descends upon the pair with overwhelming power is the materialization of a Heroic Spirit engraved into human history... A Servant.

While giving the gravely wounded Lord El-Melloi II an arduous treatment, Gray and the others harbor doubts about an existence of a Servant whose Master is nowhere to be seen. Shishigou and Luvia are continuing their investigation in London where they visit Jean-Mario Supinerra and inquire about a serial murder that took place seven years ago. The respite was momentary as the course of the Rail Zeppelin has been altered, and the train plunges into the Forest of Dead Apostles, the Child of Einnashe. Gray, worried about the weakened Lord El-Melloi, decides to assist Karabo's group that is acting to resume the train's progress. Furthermore, Melvin, who has arrived at the Mystic Eyes Collection Train after hearing of rumors, joins the entourage. Olga Marie, barricading her lonely self after refusing to help Gray, finds a "certain something" in her own room.

Gray and the Servant Hephaestion clash within the Child of Einnashe. However, they are engulfed in an avalanche, inevitably forcing a cease-fire. While they temporarily sheathe their weapons, they speak to each other about their ideologies about the relationship between Masters and Servants. Shishigou and Luvia find out that Trisha was investigating about the serial murders from seven years ago and about the Holy Grail War, and see the link between her and the Rail Zeppelin. As various speculations intertwine, Adashino begins to disclose her own deductions in place of Lord El-Melloi II aboard the Mystic Eyes Collection Train...

As Adashino's deductions are playing out, Lord El-Melloi II makes his comeback. He sees a clue to the identity of the true perpetrator of Trisha's murder from Gray's testimony, and requests Melvin to delay the Mystic Eyes Auction from starting. His objective is to seek assistance from Olga Marie, and grasp conclusive evidence to overturn Adashino's deductions. Meanwhile, in London, Shishigou gathers up Flat and Svin in order to proceed with certain preparations. As each of them reflect upon their own ideas, the fated Mystic Eyes Auction finally begins.

Caules Forvedge is suddenly apprehended as the perpetrator. As Lord El-Melloi II causes the Mystic Eyes Auction to pause while disclosing his deductions, Reines, who is supposedly still in London, rushes over to his side. Thus, Lord El-Melloi II points out the name of the true perpetrator.

Several days after the incident on the Mystic Eyes Collection Train, there was a solemn ritual at Modern Magecraft Theories for Svin's ascendance to the rank of Pride. Lord El-Melloi II looked upon the ritual full of emotion as this ascendance to Pride was while his student was still in his teens. Meanwhile, Gray could not shake off the uneasiness that Lord El-Melloi II would depart for distant lands to participate in the Holy Grail War. While in thought, she bumps into Melvin in the streets bustling with the approach of Christmas.