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マイケルは密命を受け、USSアンタレスのレイナー船長と共に800年前のロミュラン船に残された遺物を追う。しかし元配達人のモルとラアクに先を越され、ブックに助言を求める。

ブックはモルに接触し、そこで彼女の秘密を知る。一方レイナーは危険を冒したことを問題視され処分されるが、マイケルがサルーの退官で空いていた副長に誘う。

“創始者”の技術につながる手がかりを求め、ディスカバリーはトリルへ向かう。マイケルらが上陸している間、ティリーはレイナーとクルーの関係に頭を悩ませる。

マイケルとレイナーはタイムバグに巻き込まれ、ブリーンが惑星連邦を滅ぼす未来を見る。事態に対処するには、時間変動の影響を受けないスタメッツの協力が必要だった。

モルとラアクが追われている理由が明らかとなる。2人を追い詰めたマイケルとブックはついに直接対峙するが、思わぬ事態により休戦を余儀なくされる。

新たな手がかりを追い、ワープ以前の文明に接触するディスカバリー。マイケルはそこで、連邦の指令とクルーや現地民の命の狭間で葛藤する。

スタメッツら科学チームが最後の手がかりを突き止める。一方ラアクが危篤に陥りモルと共にディスカバリーに拘束されるが、それにより惑星連邦とブリーンの対立が決定的となり…。

最後の手がかりを追い試練に挑むマイケル。そこでブリーンの手勢が現れたため、ディスカバリーは彼らを阻止しようと奮闘する。

ブリーンの動きをけん制するため、サルーが大使として彼らに接触する。ディスカバリーはついに“創始者”の技術を発見するが、後から来たモルたちに奪われてしまい…。

“創始者”の技術を知ったマイケルは重大な判断を迫られる。23世紀から32世紀まで、永い航海を続けたディスカバリーの旅路の結末は――。