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敵の動力源を破壊するためにビーマーに乗って月へ向かったトムとアレクシス。アレクシスはエスフェニがドッキングした宇宙船に乗り動力源に突っ込み、自らを犠牲にする。トムの乗ったビーマーは爆風に吹き飛ばされるが、謎の宇宙人に救われる。その宇宙人は死に別れた妻レベッカの姿で、トムに内なる戦士を呼び覚ませと言う。

飢えたスキッターの大群が第2連隊の基地を襲う。デニーがスキッターに殺されるのを目撃したアンソニーは、スキッターに対する怒りで我を失い、食糧庫に侵入したスキッターを殺すためにバズーカを発射。そのせいで食糧がなくなり隊員たちは飢えに苦しむ。食糧調達に行く必要が出てきたが、使える車がなく……。

スキッターとブラック・ホーネットの群れが集まる谷に、ディンガーンのつくったドローンで白リンを散布、スキッターたちは全滅する。しかし全滅したはずのスキッターがまた谷に集結していることが判明。集結しているスキッターがどこへ戻っていくのか突き止めるため、ポープとサラが偵察に出る。

トムを激しく憎悪するポープと、アンにPTSDの診断を下されウィーヴァーに銃を奪われたアンソニーは結託する。一方、コチースから渡された装置で、ワシントンDC以外にもモスクワや東京などでエスフェニが秘密の活動を行っていることが分かる。最大の活動拠点であるワシントンDCへ向かうために、トムたちは車と燃料を調達しにいく。

チャールストン郊外の住宅街でスキッターに追われ逃げるイザベラたち。そこへ車でやってきたポープとアンソニーがスキッターを撃ち殺す。ポープはイザベラを含む4人以外を戦闘員として引き入れるようとするが、イザベラは自分はナースだと言って自分も受け入れてもらう。ポープはボウリング場を拠点として、その一室にハルを監禁する。

ブラック・ホーネットにさらわれたトムは、ウィリーという老人に助けられ家で手当てを受ける。ウィリーは娘のアリシアと、その子供たち3人と暮らしている。ウィリーとアリシアは、世界がエイリアンと戦争中であることを子供たちに隠し、平穏な暮らしをしている。トムは子供たちに戦う準備をさせるべきだと言うが、2人は聞く耳を持たない。

トムがノーフォーク基地を偵察したところ、兵士たちを発見。その指揮官は、かつてのウィーヴァーの部下、ケイティ・マーシャル大尉と分かる。トムは今後の計画をケイティに話すが、ケイティは敵と下手に戦うのではなく生き残ることを優先すると言う。彼女はエスフェニよりも、エスフェニに加担している人間の協力者を追うことに執着していた。

トム、ハル、ベンは軍法会議で死刑宣告を受け、監房で翌朝の銃殺を待つが、トムはその間シェルトンを説得する。ケイティは、トムたち以外にも反逆者がいないかウィーヴァーに聞くが、ウィーヴァーは考える時間を要求。その後、ケイティは車に乗り込み、ウィーヴァーは彼女を追跡するために荷台に隠れる。森へ到着したケイティは……。

トムは基地内でレベッカを目撃し、後を追って海辺へ。そこでレベッカにある武器を渡される。それはエスフェニの女王に対して使えばエスフェニを全滅させられるというものだった。一方、マットとマギーは外を巡回中に倒れているアレクシスを見つける。マギーは偽者だと言うがマットはアレクシスを基地に連れていく。

エリス率いる民兵団が基地へやって来て、第2連隊と行動を共にすることに。一足先にワシントン入りした民兵から、モール地区が高い壁に囲まれているという連絡が入る。モール地区にはエスフェニの女王の隠れ場と思われるリンカーン記念堂がある。トムは作戦を変更し、地下トンネルからモール地区に入ることにして基地を後にする。