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汤姆在月球上摧毁了艾士芬尼能量核心，但他的飞行器在爆炸中受损，失去控制后飘入太空深处。在意识模糊之际，他看见了亡妻丽贝卡的身影。丽贝卡告诉他，艾士芬尼就像癌细胞，必须一个不留地全部消灭，她要他唤醒内心深处那个战士，把愤怒当作武器。汤姆在丽贝卡的引导下苏醒过来，飞行器坠入海中，他挣扎着游回岸边，回到了第二独立团。安妮和韦弗此前已经宣布了汤姆和莱克西的死讯，他的归来让所有人都难以置信。汤姆把自己在太空中的遭遇告诉家人，哈尔和马特觉得那不过是缺氧导致的幻觉，但汤姆坚信那就是丽贝卡。科奇斯带来了新的情报：世界各地的民兵组织正在集结，沃尔姆的残余力量也在配合行动。第二独立团分成三路出击，突袭了艾士芬尼的多个据点。汤姆的小队在攻击一个霸主的逃生舱时遭遇伏击，韦弗带队及时赶到增援。萨拉在战斗中摧毁了逃生舱。众人随后发现那只霸主藏在一所高中里，汤姆下令展开搜索。

一支迅猎兽突袭了第二独立团的补给车队，粮食和物资损失殆尽。眼看队伍就要断粮，玛吉、本、波普和萨拉组成一支小队外出寻找食物。他们在一片荒凉的郊区发现了一户人家，那家人被艾士芬尼的某种实验折磨得不成人形，靠吃一切能咽下去的东西活着。玛吉为了给第二独立团争取活下去的机会，答应这家人会带他们一起走，但她心里清楚这承诺根本无法兑现。与此同时，汤姆和安妮在侦察中发现了一个艾士芬尼的秘密培育设施，里面有一种前所未见的生物：它同时具备艾士芬尼、迅猎兽、黄蜂和人类的特征，像是一个用各种生物的碎片拼凑出来的怪物。这个发现让所有人都感到一阵恶寒，没人知道艾士芬尼到底在准备什么。

第二独立团追踪到了敌人源源不断的兵力来源——一座隐藏在地下的孵化巢穴，里面密密麻麻地排列着正在发育的迅猎兽幼体。科奇斯用沃尔姆的技术帮汤姆把行动计划和指挥权限同步给了全球各地的民兵组织，汤姆第一次真正有了指挥一场全球性反击的感觉。哈尔违抗了父亲的命令，偷偷带着玛吉去追查一条和她过去有关的线索。玛吉一直不愿提起的往事浮出水面：她曾经在一个艾士芬尼的实验营里被关押过，那里还有她认识的人。汤姆面临一个痛苦的抉择：如果要摧毁孵化巢穴，就必然会危及一名队员的生命。他最终做出了决定，而这个决定带来的后果将在之后很长一段时间里折磨着每一个人。

第二独立团派出一支小队去搞车辆和燃料，结果出了大岔子。科奇斯带回了一个让安妮坐立不安的消息，这个消息既考验她作为医生的判断力，也考验她作为领导者的决断力。安东尼的精神状态越来越不对劲，他时而清醒时而恍惚，言行中透露出一种让人不安的东西。与此同时，波普终于走到了崩溃的边缘。萨拉死了，死在一场艾士芬尼设下的陷阱里。波普认为汤姆本有机会救她，但汤姆选择了去摧毁一个正在批量制造迅猎兽的设施。波普的愤怒像火山一样爆发了，他不再听从任何人的命令，开始用自己的方式行事。汤姆试图跟他讲道理，但波普已经听不进去任何话了。

第二独立团离开中国城，踏上了前往最终战场的路途。一路上队伍士气低落，波普带着一群人脱离了大部队，哈尔在混乱中被波普的人抓走。汤姆得知后立刻动身去追，他知道波普在气头上什么事都干得出来，哈尔落在他们手里太危险了。与此同时，韦弗在一次补给行动中遇到了一个精神已经不太正常的持枪男人，那人把韦弗扣为人质，口口声声说些颠三倒四的话。安妮临时接过指挥权，带着第二独立团继续前进。汤姆在一处废弃的营地找到了波普和哈尔。波普没有伤害哈尔，但他的眼神让汤姆明白，他们之间那条勉强维系着的纽带已经彻底断了。汤姆把哈尔带回了队伍，波普则带着愿意跟他走的人消失在了荒野中。

汤姆在一次战斗中受了伤，独自一人倒在路边。一个住在偏远农场的家庭发现了他，把他带回去养伤。这家人远离战火，自己种地、养鸡、过日子，像是活在一个与战争无关的世界里。汤姆在这里住了一段日子，每天看着他们日出而作日落而息，心里生出一种说不清道不明的触动，他开始想象如果没有这场战争，生活本该是什么样子。哈尔和伊莎贝拉在外出寻找汤姆的过程中越走越近，两人之间的感情在沉默中悄悄生长。第二独立团那边，安妮和科奇斯找到了一台艾士芬尼设备，科奇斯认为如果能破解它，也许就能找到打败女王的关键。玛吉在这个时候做了一个决定，这个决定将同时改变她和整个第二独立团的命运。

第二独立团抵达了一座仍在运转的军事基地，基地的指挥官是韦弗的老相识凯蒂·马歇尔上尉，两人之间曾经有过一段感情。基地里有电、有热水、有足够的食物，还有一支训练有素的士兵队伍。所有人都松了一口气，以为终于可以好好休整一下了。凯蒂热情地接待了第二独立团，和韦弗一起规划对艾士芬尼的最终进攻方案。但韦弗渐渐觉得有些不对劲。凯蒂的一些习惯变了，说话的语气也变了，她会在没人注意的时候消失一段时间，回来后又若无其事。韦弗没有声张，他决定暗中观察。与此同时，本用一台缴获的艾士芬尼通讯设备监听到了一个关键情报：艾士芬尼的女王已经亲自来到了地球，她的基地就设在林肯纪念堂。汤姆得知后既振奋又忧虑，因为这意味着敌人的核心就在华盛顿，但也意味着那里的防御将固若金汤。

韦弗在夜里跟踪凯蒂离开了基地，亲眼看见她站在一个霸主面前汇报情况。韦弗没有犹豫，一枪打死了那个霸主，但凯蒂已经离开了。韦弗回到基地后把自己的发现告诉了汤姆和其他人，然而凯蒂先下手为强，以通敌罪逮捕了汤姆、他的儿子们和安妮。凯蒂给出的理由是：安妮的女儿莱克西是半艾士芬尼生物，汤姆一家一直在和敌人勾结。汤姆被关进牢房后试图说服看守他的士兵，告诉他们凯蒂已经不是原来那个人了。士兵们心里也犯着嘀咕，凯蒂最近的种种反常举动确实让很多人起了疑心。韦弗联合了一批同样怀疑凯蒂的士兵，拒绝了凯蒂下达的处决命令。凯蒂亲自拔枪要射杀汤姆一家，韦弗冲上去用刀刺中了她。凯蒂在临死前说出了真相：她早已不是真正的凯蒂·马歇尔，而是一个艾士芬尼制造的替身，被派来渗透人类抵抗组织。

汤姆从多尼亚人那里获得了一种强大的生物武器，这是专门针对艾士芬尼基因设计的，可以杀死所有艾士芬尼生物而不伤害人类。安妮和科学家们对武器进行了改造，确保它只对艾士芬尼起效。本主动请缨深入敌后窃取女王的作战计划，他靠着之前被外星人改造过的身体和那台缴获的通讯设备，在敌人内部游走了一趟，带回了关键情报。波普在这一集得知汤姆还活着，他召集了自己的人马，发动了最后一次针对汤姆的袭击。波普的恨意已经变成了一种偏执，他认定汤姆是一切灾难的根源。就在波普准备动手的时候，一个谁也没料到的人出现在了第二独立团面前。所有人的计划都被打乱了，汤姆不得不重新评估眼前的局面。

最后的决战开始了。汤姆带领一支突击队从华盛顿特区的服务隧道潜入地下，第二独立团的主力和其他民兵组织在地面上佯攻，吸引艾士芬尼守军的注意力。隧道里的战斗异常惨烈，爆炸把汤姆和队伍冲散，他独自一人继续向前，穿过一片又一片瓦砾，最终在林肯纪念堂的废墟中，面对面站在了艾士芬尼女王面前。女王没有立刻杀他，而是告诉了他这场入侵的真相：一千五百年前，艾士芬尼曾经来过地球，那一次他们的尝试失败了，女王的女儿死在了地球上。这次入侵，是为了复仇。汤姆听完后没有说一句话，他静静地让女王吸取他的血液，而他的体内早已注入了多尼亚人的生物武器。女王在吸血的过程中被感染，身体迅速崩解。生物武器通过女王扩散到了所有艾士芬尼以及被它们奴役的种族，迅猎兽、机甲、霸主，一个接一个地倒下。安妮在战斗中受了重伤，多尼亚人为了感谢人类，将她复活。几个月后，幸存的人类聚集在林肯纪念堂前，准备选出一位新的领袖，来带领这个重新统一的世界走向明天。全剧终。