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AD2040年。惑星エデンにあるニューエドワーズ基地に、「YF-19」のテストパイロットとして配属されたイサム。そこには、彼の旧友でライバルでもあるガルドがいた。そして、イサムは彼が乗る「YF-19」と、試作機の正式採用を巡って競い合う。さらに、2人の旧友であるミュンも惑星エデンにやってきて…。

新型可変戦闘機の競争テストと、バーチャルシンガーであるシャロンのコンサートが惑星エデンで催されたことで、イサムたちの人生は大きく変わることになった。各々の機体を駆り、鬱積したものをぶつけるイサムとガルド。その2人に愛情と哀しみの眼差しを向けるミュン。そんな彼らの中に、シャロンが波紋を呼び起こす…。

ガルドの策略により、負傷したイサム。メディカル・プールの中で意識を取り戻した彼は、心配げなミュンの姿を目にする。そして、2人から逃れるように地球へ旅立つミュン。それに対するやりきれない思いに苛立つイサムたち。その頃、地球マクロス政府では、無人戦闘機「ゴーストX-9」の開発が終わろうとしていた…。

「YF-19」を奪取したイサムは、「ゴーストX-9」に一泡吹かせるために地球へ向けてフォールドした。彼を「YF-21」で追撃するガルド。だが、互いに罵り合いながら壮絶な空中戦を展開する彼らの前に、歪んだ自我を獲得したシャロンによって遣わされた「ゴーストX-9」と、マクロスが立ち塞がる！