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AD2040年。伊萨姆被分配到行星伊甸的新爱德华兹基地，作为“YF-19”的测试飞行员。那里有他的旧友兼对手加尔德。然后，伊萨姆与他驾驶的“YF-19”围绕试制机的正式采用展开竞争。而且，两人的旧友缪也来到了行星伊甸……

由于新型可变战斗机的竞争测试和虚拟歌手莎朗的演唱会在行星伊甸举行，伊萨姆他们的人生发生了巨大变化。驾驶各自的机体，将郁积之物发泄出来的伊萨姆和加尔德。缪用充满爱与悲伤的目光注视着两人。在他们之中，莎朗掀起了波纹……

由于加尔德的策略，伊萨姆负伤了。在医疗池中恢复意识的他，看到了担心他的缪的身影。然后，缪像要逃离两人一样前往地球。伊萨姆他们因无法排遣的思绪而焦躁。此时，地球麦克罗斯政府中，无人战斗机“幽灵X-9”的开发即将完成……

夺取了“YF-19”的伊萨姆，为了让“幽灵X-9”吃瘪，向地球进行了折叠跳跃。加尔德驾驶“YF-21”追击他。然而，在互相谩骂并展开壮绝空战的他们面前，由获得扭曲自我的莎朗派出的“幽灵X-9”和麦克罗斯挡在了前方！