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特車二課第２小隊、通称「レイバー隊」結成初日。特車二課棟のある埋立地に集う隊員たちだったが、配備されるはずの最新鋭レイバー、篠原重工98式AV「イングラム」が輸送中に首都高で立往生。到着までのあいだ敷地内の草刈りを命じられ、盛り下がる面々。そんななか正体不明のレイバーが隅田川方面から上陸。それを阻止せよと、第２小隊に初出動の指令が下る。野明と太田はイングラムと合流し、正体不明レイバーを待ち構えるが……？

米軍機で横田基地に到着したニューヨーク市警巡査部長、香貫花クランシー。香貫花はニューヨーク市長の来日中にテロ組織が何らかの行動を起こすと告げる。新宿都庁前の警備にあたる第２小隊。その警備中、遊馬は新宿中央公園で謎の老婆と警視庁のトレーラーを目撃。はたしてその中身は時限式ロケットランチャーだった！時限装置の解体を任された遊馬は、最後に残った赤と青のコードを前に大きな賭け＝ロングショットを強いられる。

東京湾で原因不明の事故が続発。刑事課の松井の依頼を受け、特車二課整備班のシゲことシバシゲオは海上保安庁のレイバーで海底調査に乗り出すが、謎の海中生物によってレイバーを破壊されてしまう。一方、怪しげな生物博士・平田と知り合った野明たちは、渦中の生物の恐るべき誕生の秘密を聞かされる。平田博士と協力して怪獣退治に乗り出す第２小隊。なかなか現れない海中生物の代わりに現れたのは、秘密兵器を抱えたシゲだった!?

活躍よりも現場での暴走が目に余る第２小隊。一同は富士の養成学校、通称「レイバーの穴」での再訓練を命じられる。ところが到着直後から風呂にはペイント弾の塗料が流れ込み、太田は少女の幽霊を目撃し、夜のグラウンドにはレイバーがさ迷うといった不可解な出来事が続発。遊馬は近隣の老人から、公開模擬戦闘の事故で命を落とした少女の一件を聞く。翌日遊馬は一同を集め騒動の謎解きを開陳するが、それに口を挟んだのは香貫花だった。

つかの間の冬季休暇に入った第２小隊の面々。遊馬は野明の帰省先である北海道苫小牧に赴く。そのころ東北縦貫道でレイバーを乗せたトレーラーが検問を突破し、発砲する事件が発生。特車二課棟の近辺にも不振な車が姿を見せる。事態を案じた後藤は、万一に備えて南雲を呼び出し、ある懸念を語る。翌朝、都内各所を自衛隊の決起部隊が制圧し、第１小隊は警視庁前で自衛隊レイバーとにらみ合いに。特車二課の一番長い日が始まった……！

決起部隊の切り札は米軍から奪取した核ミサイルだった！首謀者の甲斐と旧知の後藤には内通の疑いがかけられ、南雲には撤退命令が下される。特車二課棟を占拠され、身内の警察にも頼れない孤立無援の状況下で独自に行動を起こす第２小隊メンバー。行方をくらましていた後藤は、甲斐の居場所と核ミサイルの在り処がジャックされたフェリーであることを突き止める。野明たちは米軍と篠原重工の協力を受け、甲斐のフェリーを目指す。

不穏分子に強奪されたトレーラーが、さらに何者かに強奪される二重盗難事件が発生。積荷は国際レイバーショウに出展予定の新型レイバーだった。北上するトレーラーを止めるべく、第２小隊は群馬県警と共同で網を張るが、三国トンネルでトレーラーを逃してしまう。そんな折、レイバーを盗難されたSEE（＝シャフト・エンタープライズ・ヨーロッパ）が、協力と称して犯人追跡に乗り出してきた。後藤はSEEには何か裏があると踏むが……。