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特车二课第2小队，通称“Labor队”结成首日。队员们聚集在特车二课大楼所在的填海造地，但预定配备的最新锐Labor、篠原重工98式AV“英格拉姆”在运输途中于首都高速公路上抛锚。在到达之前，众人受命在辖区内除草，士气低落。此时，身份不明的Labor从隅田川方向登陆。为阻止其前进，第二小队接到了首次出动的指令。野明和太田与英格拉姆汇合，严阵以待身份不明的Labor，但……？

乘美军飞机抵达横田基地的纽约市警巡查部长，香贯花·克兰西。香贯花告知，在纽约市长访日期间，恐怖组织将采取某种行动。负责新宿都厅前警备的第二小队。在警备期间，游马在新宿中央公园目击了神秘的老婆婆和警视厅的拖车。而其中的内容，竟然是定时式火箭发射器！受命拆除定时装置的游马，在最后剩下的红与蓝的线缆前，被迫进行一场巨大的赌博=Long Shot（远射）。

东京湾接连发生原因不明的事故。受刑事课松井的委托，特车二课整备班的繁（即柴繁夫）乘坐海上保安厅的Labor开始海底调查，但Labor被谜之海中生物破坏。另一方面，认识了可疑的生物博士·平田的野明他们，听说了漩涡中心的生物令人恐惧的诞生秘密。与平田博士协作，开始退治怪兽的第二小队。代替迟迟不出现的海中生物出现的，竟是抱着秘密武器的繁！？

比起活跃，在现场的暴走更引人侧目的第二小队。众人被命令在富士的培养学校，通称“Labor之穴”进行再训练。然而到达后不久，澡堂流入了油漆弹的涂料，太田目击了少女的幽灵，夜晚的操场上还有Labor徘徊等不可思议的事件接连发生。游马从附近的老人那里，听说了在公开模拟战斗的事故中丧生的少女的事情。第二天游马召集大家，开始解说骚动的谜团，但插嘴的却是香贯花。

迎来了短暂冬季假期的第二小队众人。游马前往了野明的老家北海道苫小牧。与此同时，东北纵贯道上发生了搭载Labor的运输车突破检查站并开枪的事件。特车二课大楼附近也出现了可疑车辆。担心事态的后藤，为防万一叫来南云，说出了某个担忧。翌日清晨，自卫队决起部队压制了都内各处，第一小队在警视厅前与自卫队Labor对峙。特车二课最长的一日开始了……！

决起部队的王牌是从美军夺取的核导弹！与主谋甲斐有旧交的后藤被怀疑内通，南云接到了撤退命令。在特车二课大楼被占领、无法依靠自家警察的孤立无援状况下，第二小队成员开始独自行动。行踪不明的后藤查明了甲斐的所在地和核导弹的下落就在被劫持的渡轮上。野明他们得到美军和篠原重工的协助，向着甲斐的渡轮进发。

发生了被不穩分子抢夺的运输车，又被其他人抢夺的双重盗窃事件。货物是预定在国际Labor展上展出的新型Labor。为了阻止北上的运输车，第二小队与群马县警共同布下搜查网，却在三国隧道让运输车逃脱了。此时，Labor被盗的SEE（=Shaft Enterprise Europe）以协作为名，开始了对犯人的追踪。后藤觉得SEE有什么内情，但……