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“空の果て”を見つけるため、旅立ちの時をむかえた空飛ぶ島イスラ。その出帆式典に、飛空士見習いのカルエルはいた。華やかな式典の雰囲気とは裏腹に飛空機を操縦するカルエルの目線は、イスラ管区長ニナ・ヴィエントに、憎しみを持ってむけられていた……。

湖畔で偶然出会ったクレアのことが気になるカルエル。カドケス高等学校飛空科に入学し、センテジュアル組になったカルエルは、実習で飛空ペアを組むことになり、クレアにペアを申し込む。しかし、ヴァンヴィール組のファウストが因縁をつけてきて……。

カドケス寮にクレアを招くカルエル。 アリエルが絶品のカレーでもてなし、クレアの緊張がほぐれ寮生たちとも自然と打ち解ける。 カルエルたちが入学して一か月が経ち、飛空演習はライフルによる狙撃や、編隊を組んでの飛空など、空戦仕様のものとなっていく。

ファウストの計略によって、クレアと共に遭難してしまったカルエル。 海にエル・アルコンを着水させ救助を待つが、雨が降り雷も鳴り始め……。 一方、カルエルたちを心配するアリエルは、父ミハエルが幼いカルエルを家に連れてきた日のことを、思いだしていた。

出帆から４か月が過ぎ、イスラは聖泉の間近まで来ていた。飛空生たちは真夏の青空のもと厳しい陸戦訓練をこなし、湖畔で野営をすることに。和気あいあいの楽しいキャンプであったが、クレアの表情はどこか暗く、なぜかカルエルと距離をとろうとする。

イスラは世界の中心と予想されている聖泉に辿り着く。その壮大な景色に感動する飛空生たち。島は聖泉到達を祝い、お祭りムード一色に。しかし、騎士団が撃墜した飛空機が、空を領有するという伝説の「空の一族」であると発覚。この先の旅に暗雲がたちこめる。

「聖泉に立ち入るものを無条件に攻撃する」という空の一族の艦隊を、騎士団がいち早く発見。旧式の木造駆逐艦隊は恐るるに足らず、レオポルドが全戦力をもって殲滅する。その頃、後方空域を偵察していたチハルとミツオ機が、敵の超大型爆撃機を発見し……。

空の一族の戦略にはまり、主力を引き剥がされたイスラが爆撃を受ける。イスラで待機の任務が下っていたカルエルたちは、イスラを守るため、自らの判断でエル・アルコンで飛び立つ。しかし、敵機カマキリの編隊に次々と撃ち落され、劣勢に追い込まれていく。

空の一族による爆撃を受けた二日後、合同葬儀が行われ、ミツオを喪ったチハルは泣き崩れる。その夜、級友の死に苛まれていたカルエルとクレアは、墓碑の前で偶然再会する。カルエルはクレアを抱きしめ気持ちを伝えるが、クレアは思いがけないことを口にする。

アリエルが怪我のせいで飛空士をあきらめること、正体を明かしたクレアが自分のせいで退学することをイグナシオから聴き、目が醒めるカルエル。その時、イスラの空に警報が鳴り響く。飛空生にも出撃命令が出るが、それは観測機の囮になることであった……。

撃墜された観測機に代わって、観測機を担う決意をするノリアキとベンジャミン。カルエルとイグナシオはふたりを掩護するため、敵機を引きつけ囮になる。そのカルエルの視線の先、今にも撃沈しそうなルナ・バルコの甲板の上に立つクレアの姿が見える。

イスラとの休戦交渉の座についた空の一族の要求は、風呼びの少女ニナ・ヴィエントの身柄だった。イグナシオのとりなしにより機会を得たカルエルは、出立の日、思いの丈を彼女にぶつけるが……。航行を続けたイスラはついに、旅の目的地「空の果て」に辿り着く。

空の一族との調停を結び、「空の果て」を見つけたイスラはその役割を終え、住人はバレステロス共和国に帰還する。凱旋式典の会場を埋め尽くした民衆の前で、カルエルは旧バレステロス皇国第一皇子カール・ラ・イールであることを明かし、ある思いを告げる。