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警視庁「現対本部」の刑事・加藤春は、銀座で行われるクラシックカーフェスティバルの警備に駆り出される。 その会場で、爆破予告事件を追う捜査一課の元同僚たちと鉢合わせる加藤。 フェスティバルの中止を進言するが聞き入れられず、犯行予告時間が刻々と迫っていく。 緊迫する現場に、新任の警部を名乗る男、神戸大助が現れる。

上司の命令でバディとなった大助と加藤は、路上ライブで出会った芸人コンビにドラッグの気配を感じ、警視庁に連行する。 しかし、加藤と大助の信条は正反対。金の力に物を言わせる大助のやり方に対し、人情に厚い加藤は嫌悪感を抱く。独自の捜査を始めた二人。 加藤は自分を慕うジャーナリストを使って情報を収集。張り込みをする中で、謎の女と出会う。

出張先から帰京した加藤。彼が下車した直後の新幹線で、立てこもり事件が発生した。 人質をとり、なぜかその様子をネットに生配信を始める犯人。 捜査一課と特殊部隊が包囲する中、加藤は犯人が隣に座っていた若者だと知る。 射殺もやむなしと考える捜査一課を加藤は説得しようとするが、かつての「過ち」が原因で取り合ってもらえない。

非番の日、訳あって屋敷を飛び出してしまった大助。そこに加藤からの呼び出しが入る。迷子の犬を探している小学生に泣きつかれ、手助けが欲しいというのだ。ところが、大助は屋敷に財布もガジェットも忘れてきた事に気がつく。いつもの手法が使えず、迷子犬の捜索は難航。そのうえ家には帰りたくないという大助を、加藤は仕方なく自宅に招く。

ポリアドル共和国の大統領が来日し、大使館の外で警護にあたる捜査一課を手伝わされる現対本部の一同。 神戸グループ代表である大助は賓客として大使館内に招かれていた。 そんな中、大使館内で職員の死体が発見された。大統領と大助たちはパニックルームに避難する。 監視カメラの記録から殺人犯の足跡を追う大助。加藤は逃走をはかる男を見つけ追いかける。

大使館の事件で責任を取らされた加藤。犯人が残した謎の装置を探る大助だが、 なぜかＡＩ執事のヒュスクは指示を拒絶する。同じく事件の遺留品に目をとめた現対本部の長さんは、 加藤の協力を仰いで独自の捜査を開始する。辿り着いたのは製造メーカーの井村という女だ。 しかし彼女に接触を図ろうとした二人を邪魔するように、大助が行動を起こす。

１９年前の捜査一課。若かりし頃の長さんと武井は大助の母・小百合が殺害された事件を捜査していた。 神戸邸に乗り込む長さん、そして捜査線上に浮かぶ神戸家の当主・茂丸の存在。 しかし上層部からの圧力で捜査本部は解散し、長さんは左遷されてしまう。 そして現在。大助が連行した女・井村が不審な死を遂げ、疑いを深めた加藤と長さんは意を決して神戸邸へ乗り込む。

大助は武井を神戸邸の地下に拘束した。 長さんは、背後にいる黒幕を暴くために尋問を始めるが、武井は何かに怯えて口を開こうとしない。 ヒュスクの異状は父・茂丸と母・小百合が関わっていた研究に関連していると突き止める大助。 一方、長さんが１９年間で調べ上げた捜査資料を探っていた加藤は一枚の写真を見つけ出す。

長さんと武井が殺されてもなお「これは神戸家の問題だ」と言う大助。加藤との溝も決定的となり、 二人は袂を分かつ。ところが加藤は捜査一課により重要参考人として拘束されてしまった。 他の現対本部のメンバーは、長さんが命がけで残した犯人の手がかりを追う。 神戸邸では犯人を直接目撃した鈴江が、間違いなくそれが茂丸であったと証言する。

ポリアドルに向かう貨物船の中で、テロリスト・ワインスキーに追い詰められた大助。 新たな装備も無力化され、窮地に陥った彼を救ったのは加藤だった。二人は船から脱出するために再び共闘する。 その頃、神戸邸の鈴江は、貨物船の心臓部が茂丸の研究によって生まれた新エネルギーと関連している事をつきとめる。

茂丸を追って貨物船を脱出した大助と加藤が辿り着いたのは、神戸グループの旧・第三研究所跡。 すべての謎が始まった場所。当主・喜久子を問いただす大助だが、語られた真相は彼に新たな選択をつきつけるものだった。 神戸家の血筋をめぐる三世代の確執と因縁が今、明らかになる。