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警视厅「现对总部」的刑警•加藤春，被派往在银座举办的老爷车展做安保。在会场里，加藤偶然撞见了正在追查爆炸预告案件的搜查一课的前同事们。举办方坚决不接受中止车展的建议，犯罪预告时间逐渐临近。在情况紧迫的现场，突然出现了一位自称是新上任刑警的男人神户大助。

在上司的授意之下，大助和加藤组成了搭档。他们在路上遇见了一对进行街头演出的艺人组合，由于发现那两人有吸毒的迹象，他们就将两人带回了警视厅。然而，加藤和大助两人的价值观完全相反。大助那种一切靠钱说话的做法，让重视人情的加藤深感厌恶。两人开始分头各自搜查。加藤在一位倾慕自己的记者的帮助之下收集着情报。就在他盯梢的时候，他遇见了一位神秘女子。

加藤出完差回到了东京，在他下车后不久，新干线上便发生了人质劫持案件。劫持人质之后，犯人出于某种原因将人质的情况投放在网络上直播，在搜查一课和特殊部队包围列车的时候，加藤得知了犯人就是之前坐在他旁边的那名年轻人，加藤想要说服搜查一课不要采取射杀的做法，然而因为自己过去犯下的错误，对方根本不愿听取他的意见。

休假的某一天，大助因为某个理由突然离开了家。而就在此时，加藤却突然喊他过去。原来一个正在寻找迷路小狗的小学生跑来找加藤求助，因此他希望得到大助的援助。然而，大助却发现自己把钱包和电子设备都漏掉在家里, 因此没有办法使用往常的手段，使得迷路小狗的搜寻工作难以开展。大助不愿意回家去，无可奈何之下，加藤只好带他去自己的家里。

波利多共和国的总统来访日本，现对总部一行人被派去了大使馆外头，协助搜查一课进行护卫。身为神户集团代表的大助则作为宾客，被邀请到了大使馆内。就在此时，有人在大使馆内部发现了一具职员的尸体。总统和大助等人被带往紧急避难室避难。大助开始通过监控摄像头的记录追踪犯人的行踪。而加藤则发现了一个企图逃走的男人，并紧紧地追了上去。

加藤因为大使馆事件而被追究了责任。大助准备打探犯人遗留下的神秘装置的来历，然而不知为何，AI管家修斯库拒绝执行他的命令。现对总部的长警官同样盯上了这一事件中的遗留品，并请求加藤提供协助，独自开展搜查工作。他最终查到了一位在制造厂供职的名为井村的女性。然而大助却行动了起来，像是要妨碍他们俩接触那名女性。

19年前的搜查一课。当时还很年轻的长警官和武井，负责调查大助的母亲．小百合遇害一案。长警官偷偷潜入了神户家的府邸，随后调查方向上出现了神户家的当家．茂丸这一号人物。但因为上层的施压，导致搜查本部解散，长警官被贬职。然后到了现在。大助抓来的女性．井村蹊跷身亡，对他加深了怀疑的加藤和长警官下定决心，潜入了神户家的府邸。

大助将武井关押在神户府邸的地下。长警官为了揭露背后的黑幕，开始审问武井，但是武井却畏惧着什么，丝毫不打算坦白。通过调查，大助明白了修斯库的异状和父亲．茂丸以及母亲．小百合参与的研究有关。另一方面，加藤从长警官19年间收集到的搜查资料中，找到了一张照片。

哪怕在长警官和武井遇害之后，大助依然声称「这是神户家内部的问题」。他与加藤之间也产生了关键性的分歧，两人分道扬镳。然而，搜查一课却判断加藤具有重大的作案嫌疑，将他看押了起来。其余的现对本部成员，开始追踪长警官以生命为代价留下的凶手的踪迹。在神户主宅中直接目击到凶手的铃江，声称那毫无疑问是茂丸本人。

在开往波利亚德尔的货船上，大助被恐怖分子．瓦因斯基逼入了绝境。就在他因为新装备无法使用而陷入穷途末路之时，加藤出现并救下了他。两个人为了逃出这艘船，再度开始合作。就在此时，坐镇神户主宅的铃江调查得知，这艘货船的核心部分，和茂丸研究出的新能源有关。

跟着茂丸逃出货船的大助和加藤，抵达了神户集团曾经的第三研究所遗址。那里是所有谜团开始的地方。大助向家主．喜久子追问当初的事情，然而在得知真相之后，大助的面前出现了新的选择。在神户家族血亲之间展开的三代人的纠葛和因缘，此刻终于就要见分晓了。