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大戦後――軍隊同士の表立った武力衝突ではなく、スパイたちの暗躍による「影の戦争」が主流となった世界。ディン共和国・スパイ養成学校の落ちこぼれ生徒《花園》のリリィは、不可能任務を専門とする新設チーム「灯」のメンバーに抜擢される。赴任地でリリィを待ち受けていたのは、「世界最強のスパイ」を自称するボスの青年・クラウスと、くせ者揃いなチームメイトの少女たちだった。

チーム「灯」の訓練生活が始まった。しかしメンバーの少女たちは全員落ちこぼれ、ボスのクラウスも教師には全く不向き。このままでは初任務は失敗、全滅も避けられない…？

チーム「灯」は初の不可能任務を決行。帝国内の軍研究施設に潜入するも、予想外の伏兵が立ち塞がる。その圧倒的な戦闘力を前に、少女たちは命懸けの闘いを強いられる。

チーム「灯」は初任務に成功。切り札となった八人めのメンバー・エルナは、訓練期間が開始した当初、仲間たちと馴染めずにいた。思い悩んだ末、大胆な行動に出ることにーー

初任務に向け、訓練期間の日々を過ごす「灯」の八人。リリィは、個性豊かな仲間たちをまとめるのに苦労する。自分はリーダーにふさわしいのか？と落ち込むリリィだがーー

クラウスを降参させるため、「灯」の少女たちは機密文書の横取りを計画する。窃盗を得意とするジビアは決行役に立候補し、街で単身クラウスを尾行し始める。

訓練期間も終盤。庶民の出で心優しいサラは、自分にいまだ自信を持てずにいた。そんな中、クラウスは屋敷の修繕をめぐり、少女たちに異例の勝負を持ちかける。

「灯」初任務後の休暇が終わり、第二の不可能任務「暗殺者狩り」が命じられる。しかしクラウスが密かに疲労を溜め込んでいるのをグレーテは見抜き、彼の身を案じていた。

「暗殺者狩り」任務のため、クラウスは「灯」の中から最強の四人を選抜する。選ばれたグレーテたちは、とある老政治家の屋敷に赴き、メイドとして潜入するのだがーー

屋敷を襲った「顔にアザのある男」は、帝国の暗殺者なのか？疑心暗鬼が深まる中、グレーテはメイド長・オリヴィアとの対立を深める。一方、クラウスもついに自ら動き出しーー

オリヴィアは、帝国の暗殺者「屍」のパートナーだった。クラウスの助けが望めぬ中、決死の戦いを挑むグレーテ達四人。全員揃って生還することは出来るのか…？

第二の任務「暗殺者狩り」は辛くも成功。現地から戻る道すがら、とある思い出をグレーテは振り返るーーそれは任務前の休暇中に起きた、ささやかな事件のエピソードだった。

選抜組の四人ーーティア、モニカ、エルナ、そしてアネットが任務地でなぜか消息不明となった。手がかりを得るため、クラウスは任務開始前の期間を振り返る。

任務先の歓楽地モデロで休暇を楽しんでいた選抜組の四人は、アネットの生き別れになった母親・マティルダと遭遇する。だが彼女の記憶はアネットから失われておりーー

マティルダの正体は帝国のスパイだった。陸軍に引き渡すべきと主張するモニカに、ティアは断固反対する。選択を迫られ、アネットが仲間たちに示した意志とはーー

ティアたち選抜組の四人は、マティルダを国外に逃がすための作戦を開始する。クラウスとリリィも現地に到着。さらに想定外の強者も参戦し、事態は混迷を極める。

遡ること二ヶ月前。初の不可能任務のため、ガルガド帝国首都に潜入していたモニカは、技術者の息子・マテルと接触する。それをきっかけに己自身の人生を振り返る。

陽炎パレスでの日常が戻ってきたある日、サラが一般人の男性からラブレターをもらう騒動が勃発。ティアは仲間たちを指揮し、完璧なデートを演出しようと意気込むがーー

「俺様、アルバイトをしますっ！」。任務のため、街のレストランにアネットが潜入する事になった。見張りに同行した仲間たちは、アネットの意外な一面を目撃しーー

第三の不可能任務先は、合衆国の大都市ミータリオ。「蛇」との決戦を前にし、現地での指揮役を命ぜられたティアは密かに思い悩む。だが旅立ちの日は刻々と近付きーー

「灯」メンバーはそれぞれ潜入し「蛇」の情報を集める。ミータリオの街の裏では連日、謎の「スパイ殺し」が暗躍し、各国スパイの不審死や行方不明が相次いでいた。

大都市ミータリオの裏で同時多発する闘い。「灯」はそれぞれ死力を尽くして立ち向かうが、「蛇」のメンバー「紫蟻」の悪辣さと強大さは、想定をはるかに上回っていた。

第三の不可能任務はついに最終局面を迎える。死力を尽くして闘う「灯」と「蛇」の「紫蟻」。かつての「焔」壊滅劇の、秘められた真実までもが明らかとなっていきーー

「灯」は大都市ミータリオから陽炎パレスに帰還。いつもの日常が戻るーーかと思いきや、事件の残した波紋は大きい。 教え子たちを導くため、クラウスの下した選択は...?