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大战结束后——世界的主流不再是军队间在台面上展开的武力冲突，取而代之的是间谍们在暗中行动展开的「影子战争」。在迪恩共和国的间谍培育学校中成绩吊车尾的学生「花园」百合被选拔为执行不可能任务所新设立的团队「灯火」的成员。而等待著前往赴任的百合的，是以「世界最强的间谍」自居的青年：担任老大的克劳斯。以及一群奇特古怪的少女们。

间谍团队「灯火」的训练生活开始了。但是隶属于团队的成员却是一群吊车尾的少女，而且身为老大的克劳斯也完全不是当老师的料。再这样下去她们的第一次任务恐怕会以失败告终，并无可避免地走向全军覆没的结局⋯⋯?

团队「灯火」的第一场任务是「不可能任务」。她们潜入帝国内的军事研究设施，却遭遇出乎意料的伏兵。面对其压倒性的战斗力，少女们被迫面临以命相搏的战斗。

团队「灯火」的第一场任务顺利成功。身为最后王牌的第八名成员・爱尔娜在训练刚开始时迟迟无法融入同伴们的圈子。经过一番烦恼后，她展开了某项大胆的行动。

为准备进行第一次的任务，「灯火」的八个人每天都在进行训练。百合为了让个性丰富的同伴们团结在一起总是费尽苦心，而她也对自己是否适合担任队长感到沮丧。

为了让克劳斯投降，「灯火」的少女们策画了夺取机密文件的计划。擅长偷窃的席薇亚成为了计划执行者，并独自在街道上跟踪克劳斯。

训练期如今也终于进入尾声。而庶民出身、心地温柔的莎拉直到现在都还是对自己缺乏自信。某一天，克劳斯向少女们提出了以宅邸修缮为主题的特殊比赛挑战。

“灯”第一次任务后的休假结束，接到了第二个不可能的任务。但是格蕾特看出克劳斯在暗中积攒疲劳，开始担心他的身体。

为运行杀死暗杀者的任务，克劳斯挑选出了「灯火」中最强的四人。被选上的葛蕾特等人前往某个老政治家的住处，以女仆的身分潜入宅邸ーー 。

袭击宅邸的「疤面男」是帝国派出的暗杀者吗？在众人变得越疑神疑鬼的过程中，葛蕾特和女仆长奥莉维亚之间的对立开始渐渐加深。另一方面，克劳斯也终于亲自展开行动ーー。

奥莉维亚原来是帝国的暗杀者「尸」的搭档。由于无法指望克劳斯前来救援，葛蕾特等四人现在即将面对以命相搏的战斗，她们究竟能否全员生还呢…?

第二项任务「狩猎暗杀者」总算是成功了。在离开任务运行地点、准备返回的半路上，葛蕾特的脑中浮现出某个回忆。那是在运行任务前的休假期间发生的一个小小的事件。

选拔组的四人——缇雅、莫妮卡、爱尔娜及安妮特不知为何在执行任务的地点失去了联系。为了找寻线索，克劳斯开始回想任务开始前的那段期间的生活

选拔组的四人在执行任务的娱乐城摩戴罗享受假期时，遇到了过去与安妮特分开的母亲玛蒂达。然而与她有关的记忆却早已从安妮特的脑海中消失......。

玛蒂达的真实身分是帝国的间谍。缇雅坚决反对主张将她交给陆军的莫妮卡的意见。面对这样的抉择，安妮特给同伴们的答案是......。

缇雅等选拔组的四名成员为了让玛蒂达逃往海外而展开作战。而克劳斯和百合也来到了当地。在意料之外的强者的参战下，事态变得极度混乱。

时间回到两个月前，为了执行第一次的不可能任务而潜入加尔迦多帝国首都的莫妮卡，与技术人员之子马戴尔接触。以此为契机，莫妮卡开始回顾自己的人生。

在阳炎宫回归日常后的某一天，莎拉收到一封来自普通男性的情书，引发了大骚动。缇雅干劲十足地指挥同伴们，打算打造出一场完美的约会，然而——。

「本小姐要去打工！」。为了执行任务，安妮特潜入了街上的餐厅中。为了监视她而同行的同伴们，目击了安妮特出乎意料的一面......。

执行第三个不可能任务的地点是合众国的大都市米塔里欧。面对即将到来的与「蛇」之间的决战，被命令在当地负责指挥团队的缇雅内心中满了烦恼。然而出发的日子正一步一步地逼近——。

「灯火」的成员各自四处潜入以收集「蛇」的情报。另一方面，神秘的「间谍杀手」活跃于米塔里欧的城市阴影中，各国间谍离奇死亡或行踪不明的事件连日频传。

大都市米塔里欧的台面下同时爆发多起战斗。 「灯火」的成员们各自奋力对抗，然而「蛇」的成员「紫蚁」的狠毒和强大却远远超出了她们的想像。

第三个不可能任务终于进入最终局面。 「灯火」使出全力与「蛇」的「紫蚁」展开了死斗。而隐藏在过去「火焰」的毁灭悲剧中的真相也即将揭晓——。

「灯火」离开大都市米塔里欧回到阳炎宫。原以为终于能回归日常生活，但事件却留下了巨大的波纹。为了替学生们指引方向，克劳斯做出的选择是……？