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「血の実習事件」の黒幕であるM家の現当主マイロ・モリアーティは、さらなる絶望をロンに与えるため、日本へ送り込んだウィンターに指令を下す。そして、渋谷で殺人事件が発生。現場に駆けつけたロンとトトがそこで見たのは、ユニコーンのオブジェに貫かれた男性の死体だった。

スクランブル交差点で、第2の殺人が発生する。被害者の仲間らしき男・ほくろによると、彼らは全員ハッカーで、マリィ伊藤と名乗る者から犯罪計画の指示を受けていた。マリィ伊藤は暗号資産盗難事件で奪った金をほくろに要求し、ロンたちはその取引場所で犯人を確保しようとする。

暗号が予告した12時に、スクランブル交差点の街頭モニターが爆発した。ウィンターは人質にした雨宮とハッカーに爆弾を巻きつけたと語り、二人を救えなかった罪悪感でロンを苦しめようとする。だが、そこにトリックがあると気づいたロンは、雨宮たちが無事だと確信し、最後の暗号を解く。

ロンのマンションの空き部屋に、主治医の卯咲もふが引っ越してきた。もふはロンの病を抑える新薬を完成させていたが、安全性がわからない薬に頼ることを心配するトト。そこでロンに休養を提案し、もふも誘って海水浴へ出かける。海の家では黒蜜のかき氷を楽しみにしていたロンだが……。

死亡したサーファーについて、海の家の店長に聞き込みをするロンたち。彼が犯人だとにらんでいたロンは直接的に追求するが、死亡推定時刻のアリバイは完璧だった。殺害を証明できるような証拠も見当たらない。だが、もふがいつもの不器用さを発揮したことが、思わぬ糸口になる。

あらゆるジャンルの天才を次々と誘拐する才能誘拐犯・ハミングバードが世を騒がせていた。そんな時、ロンはトトにつき合って超人気アーティスト・にょにょんのライブへ出かける。ライブ終了後、にょにょんの楽屋には、ハミングバードから誘拐を予告する挨拶状が届いていた……。

別荘の作曲部屋から、にょにょんが姿を消した。外部からの侵入者はなく、別荘内をくまなく探しても見つからない。そこで山王は自らの推理を披露し、ハミングバードの正体が、にょにょんのマネージャー・三橋だと断定する。だがロンは、彼の推理には穴があることに気づいていた。

事件がなくて退屈しているロンに呆れるトト。二人は事件記者・門季チコリの取材に同行させてもらい、「認知心理学」を扱う大学の研究室を訪れる。そこには「若きエース」と呼ばれる青江助教授と4人の学生がいたが、青江に心酔する姫野以外の学生たちは、どこか険悪な雰囲気だった。

青江や学生たちに、今回の推理を披露するロンとトト。研究室には被害者・姫野への脅迫状が届いていたが、爆発した実験室を彼女が使うことになったのは直前の夜だった。そこに生じる矛盾点から、犯人を特定するトト。身勝手な犯行理由を語る犯人に、ロンは冷酷な言葉を放つが……。

緑豊かな高原にあるオーベルジュ「リユニオン」には、様々な招待客が集まっていた。ディナーではシェフの酒井によるコース料理が振る舞われるが、ロンやトト、高校生のミア以外の面々は、そのメニューに動揺を隠せない。翌朝、庭師のガードナーが自室で死体となって発見される……。

第2の殺人が発生し、死体は赤く染まった湯船で発見される。2つの殺害現場がディナー料理に見立てられていることから、ロンはそこに謎を解く鍵があると推理。すると、昨夜の料理に動揺していた招待客全員が、17年前に起きた研究者の殺害事件に関わっていたことが判明する……。

父親・エリオットがM家の一員だとわかり、自分に犯罪者の血が流れていることにショックを受けたロン。第3の殺人が発生しても反応せず、トトは無気力なロンを連れ歩きながら捜査にあたる。やがて気持ちを立て直したロンは、今回の事件を最後に探偵行為から手を引くとトトに告げる。

一連の殺人事件の裏にはM家が存在し、犯人は17年前の事件関係者全員の抹殺を目論んでいた。一方、過去の記憶がフラッシュバックしたロンは、今まで忘れていた父親のことを思い出す。それによってもたらされたのは絶望ではなく、これからもM家に立ちはだかるという強い決意だった。