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Enquanto o papa Alexandre luta por sua vida depois de ter sido envenenado, os cardeais disputam uma posição para assumir o papado.

Agora totalmente recuperado, Alexander encarrega o cardeal Sforza de instigar uma “inquisição” entre os cardeais que estavam politicando contra ele quando sua vida estava em risco.

Como os cardeais expurgados são dispensados e destituídos de seus títulos e riquezas, um deles - o cardeal Versucci - irritado, incendeia o Tesouro do Vaticano, depois de roubar uma grande quantia.

O recém-nomeado cardeal Farnese - promovido a pedido de sua irmã Giulia - é colocado no Tesouro e rapidamente descobre o roubo de Versucci.

A missão diplomática de Cesare na França é um sucesso. Ele é guiado pelas complexidades da corte francesa por seu antigo conselheiro Maquiavel. Cesare faz um aliado do arcebispo d'Amboise.

Quando Cesare chega ao Norte da Itália com um exército francês, Alexandre fica furioso com o que vê como um desafio à sua autoridade, mas relutantemente adere ao plano de Cesare de destruir a dinastia Sforza, começando por Ludovico, duque de Milão.

Cesare queima o palácio de Constanzo - e o cardeal com ele - para conter a praga, enquanto Micheletto é tomado de amor pelo belo jovem Pascal.

Caterina Sforza tem um plano para frustrar o lucrativo festival de Alexandre. Enquanto isso, Lucrécia sente uma mudança no recém-coroado Frederico, e percebe que está sob vigilância constante da guarda real.

Desolado com a traição de Pascal, Micheletto mata o amante e depois desaparece. Desolado com a perda de seu leal tenente, Cesare corre para Nápoles para resgatar Lucrécia, só para descobrir que ela já escapou de seus captores.

Alexandre e César estão finalmente reconciliados, e o Papa revela que os exércitos papais foram fortalecidos e reequipados com o dinheiro economizado na Cruzada e nas receitas do Jubileu. Agora, os Bórgia estão prontos para atacar seus inimigos, os Sforza.