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Após seu súbito ataque cardíaco, o Papa Pio XIII está em coma enquanto seus seguidores oram fervorosamente por uma recuperação milagrosa. À medida que a ameaça do terrorismo e os riscos potenciais da idolatria de Pio ficam mais evidentes, o secretário de Estado, cardeal Voiello, é pressionado a trazer um novo papa e, com o conclave em um impasse, faz um movimento apressado que joga a Igreja em um caos ainda maior.

Enquanto circulam rumores sobre o papel da Igreja em uma morte repentina, Voiello, Gutierrez, Assente, Aguirre e Sofia viajam para o Reino Unido para a grande propriedade de Sir John Brannox, na esperança de convencê-lo a retornar com eles ao Vaticano e aceitar o mais sagrado dos papéis. Um homem atraente, mas sensível, que carrega consigo uma inabalável tragédia familiar, Brannox é mais difícil de dominar do que o esperado, mas um Voiello determinado segue em frente. Enquanto isso, Ester compartilha a história de seu filho com a imprensa para sobreviver.

Ainda considerando a oferta, Brannox reflete sobre seu passado, enquanto Voiello deixa claro seu compromisso com o sucesso de sua missão. Depois de ser eleito papa e assumir o nome de João Paulo III, Brannox prega a importância da família, da verdade e do amor em sua primeira homilia pública e aos cardeais. Ester se liga a Fabiano, viúvo e recém-chegado à paróquia, que oferece uma solução inusitada para seus problemas financeiros. A abadessa de Santa Teresinha e uma angustiada irmã Lisette ficam desanimadas quando seus apelos financeiros não são ouvidos.

Após uma audiência com Marilyn Manson, Brannox decide fazer uma visita a Pio XIII e é confrontado com a intensidade dos seguidores de seu antecessor. Mais tarde, Brannox nomeia o cardeal Spalletta, com quem compartilha um passado, para uma nova função. Voiello se prepara para uma longa guerra com a desafiadora Irmã Lisette depois que as freiras entram em greve. A Igreja enfrenta a perspectiva de falência enquanto o governo italiano tenta fazer mudanças. Gutierrez tem um encontro clandestino, que mais tarde confessa ao pontífice. Um Fabiano furioso questiona o compromisso de Ester com sua fé.

Um ato brutal de terrorismo na França leva a uma resposta não convencional do papa que atinge o público. Sentindo-se desconectada de seu marido, Sofia estende a mão para Brannox, que compartilha mais de sua história pessoal. Os seguidores de Pio XIII migram para Veneza quando há uma mudança repentina em sua condição.

Um confronto com Spalletta leva Brannox a entregar algumas notícias indesejáveis ​​a Voiello. Sofia descobre o que o marido esconde dela. Voiello amarra pontas soltas. Ester expande seu negócio e toma medidas drásticas quando encontra oposição. Brannox concorda com uma entrevista ao vivo na televisão que lhe pede para mergulhar em seu passado.

Em Veneza, um médico papal e sua esposa lutam para cuidar de seu filho doente e testemunhar um milagre. Os devotos de Pio XIII ficam resignados e mudam de rumo. Um ataque em solo do Vaticano abala Brannox profundamente e o leva a admitir uma dura verdade para Gutierrez. Sofia vai a Voiello para pedir conselhos sobre como lidar com o papa.

Sofia se propõe a trazer um envergonhado Brannox das Dolomitas de volta ao Vaticano, onde os dois compartilham um momento íntimo. Avisado por Bauer sobre a morte da Igreja, a menos que ações imediatas sejam tomadas, Voiello é chamado a consertar as coisas e, mais tarde, lamenta uma perda trágica. As freiras apelam para um Assente intransigente.

João Paulo III se dirige a seus seguidores com uma mensagem de amor que ressoa. Um histórico encontro de mentes ocorre depois que seis crianças e seu professor são feitos reféns na ilha de Ventotene. Enquanto a Igreja se prepara para a batalha, Voiello recebe a visita de um homem próximo ao califa e uma missão de resgate tem um desfecho inesperado.