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Conheça Juuzo Inui. Um Extended que lida com os problemas de outros Extendeds, pessoas que sofreram modificações corporais aprimoradas. Uma noite, um misterioso Extended "visita" seu escritório com um garoto inconsciente de um orfanato sombrio...

Juuzo faz um movimento para recuperar Tetsuro e leva o garoto Extended para um lugar onde Berühren não pode chegar facilmente. Enquanto Tetsuro está inconsciente, Juuzo vagueia pela cidade procurando seu maço de cigarros favorito. Um homem chamado Cunningham o cumprimenta.

Tetsuro agora está acordado e Mary trabalha em sua reabilitação. Um homem chamado Huang vem visitar Juuzo e oferece a ele um emprego para resolver um determinado caso de Extended. Crianças em Kyusei Pit estão sendo atacadas e a cada vez, uma mensagem é deixada...

Tetsuro assumiu o corpo de Juzo e encontrou os culpados pelo caso das marionetes. No entanto, os culpados eram crianças como ele. Eles passaram por experimentos e foram usados como ferramentas pela empresa Berühren. Ele tenta salvá-los, mas não pode fazer isso sozinho.

Desde o incidente com Ende, Berühren não fez nenhum movimento. Mesmo assim, Tetsuro está preocupado em envolver Juzo e os outros. Especialmente porque Juzo pode perder sua licença de imunidade, que é exatamente o que Olivier planeja fazer.

Em troca de cuidar dos problemas que causou e de ter Olivier protegendo seus amigos e clientes, Juzo aceita seu pedido para caçar um renegado Extended chamado Hayden Gondry. Enquanto Juzo procura, ele percebe a conexão de Gondry com seu passado.

Juzo e Kronen enfrentam Gondry, mas ele escapa. Nos bastidores, Olivier é removida de sua posição como diretora. Seus superiores se movem para apagar Gondry e varrer esse incidente para debaixo do tapete. Kronen vai embora com novas ordens e Juzo é deixado para trás.

Juzo enfrenta Tokisada, que deseja eliminar Gondry e manter os segredos do Pesadelo dos Nórdicos Escoceses enterrados. Ao mesmo tempo, Tetsuro e Olivier aceleram em direção ao parque memorial para entregar a Juzo seus cigarros antes que seja tarde demais.

Dias após os eventos no Parque de Comemoração do Fim da Guerra, as coisas começam a se acalmar. Embora a tensão ainda seja alta, todos voltam ao prédio de Christina e continuam suas vidas diárias. Lá, Tetsuro conhece um homem chamado Colt.

Colt cannot stand the vapid eyes of his dear little sisters. He takes on a job that will give his family a future. Tetsuro and Mary go after him, hoping to stop him from going down a dangerous past. Meanwhile, Juzo hunts down Saryshagan.

Pepper e Seven cumprimentam Juzo em seu escritório para pedir uma coisa a Juzo, ele mesmo. Embora Seven não esteja feliz com isso, parece que Pepper quer adicionar Juzo à sua coleção. Sua pequena briga cria mais perguntas e traz de volta algumas memórias também.

Um cliente chamado Danny Yoe pede a Juzo para proteger uma garota chamada Rosa do fantasma de um Extended. Mary o faz aceitar o caso, mas Juzo acha que toda a situação é um pouco suspeita. Parece que esse "fantasma" está procurando por algo...

Tetsuro e os outros são atacados por agressores desconhecidos enquanto Juzo está pegando os dados que recebeu de Rosa. Mary encontra seu irmão desaparecido há muito tempo, Victor, durante sua fuga dos agressores...

Mary começa a questionar suas memórias com Victor. Talvez ela nunca realmente o tenha entendido. A fim de confirmar as coisas com os próprios olhos, ela se dirige ao Fosso Kyusei com Juzo, que por acaso estava indo pelo mesmo caminho. Lá, Lefty os cumprimenta.

Enquanto Juzo enfrenta Victor, Mary fica chocada com o quanto ele mudou. A guerra e o que ele viu parecem tê-lo transformado em algum tipo de monstro. Se alguém tem que parar sua fúria maníaca... no mínimo, deveria ser ela.

Avi Cobo apareceu mais uma vez e agora ele fez Mary como refém. Juzo observa enquanto os dois homens se enfrentam. Cada um deles... Todos continuam atrapalhando o seu trabalho. Agora, ele não vai ficar para trás e deixar uma garota sofrer.

Juzo and the others try to get back into their normal lives as things have seemingly resolved with Spitzbergen. A mysterious man watches from the shadows as Juzo goes downstairs to get his maintenance done. The time has finally come...

A woman name Emma appears at Inui's office and asks him to find her husband. The mysterious Edmund seems to be looking for Juzo as well. Juzo is taken aback when they meet. It seems, after all these years, he's come to settle an old score.

Tetsuro luta com sua tarefa de assumir o controle de Juzo. A aparência de Edmund traz à tona o passado de Juzo e força Tetsuro a enfrentar ainda mais o absurdo deste mundo. Inseguro de si mesmo e de seu próprio passado, ele vai até Juzo em busca de orientação.

Juzo, pretending to be controlled, runs away while leaving Tetsuro's body behind with Professor Wachowski. The two of them have a discussion about Berühren once more. Tetsuro struggles with his decisions, both from the past and in the present.

Juzo continues to hold Shimazu and Kunugi back while Tetsuro finishes things up. During the struggle, new players appear at the scene and Juzo finds out that Kunugi may not be on Spitzbergen's side, after all.

Sem Hands, Juzo está lutando uma luta perdida. Mesmo assim, ele não se afasta de seus ideais. Mesmo que Tetsuro saiba que Juzo ficará bravo com ele, Tetsuro usa Harmony nele mais uma vez. Lá, Tetsuro descobre o motivo da decisão de Juzo.

While Tetsuro speaks with Juzo, things get out of hand outside. The EMS, Security Bureau, and Berühren rush to the scene to control the situation. There, Pepper whispers to Seven that she wants everything destroyed. As Pepper's gun, Seven complies.

Pepper wakes up at the Reconstruction Agency hospital without her Hands device. Juzo meets with her to finish things up after taking a job from Seven. Yet again, Berühren has managed to slip away and Juzo continues his days with Tetsuro.