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Em 1995, ansiosos para escapar de suas austeras vidas, Kiryu e seus amigos planejam um assalto a uma casa de fliperama. Mas o local está sob o jugo do clã Doujima, uma poderosa organização criminosa que controla Kamurocho. Enquanto isso, em 2005, prestes a ser libertado da prisão, Kiryu descobre que seus amigos estão em perigo e decide voltar a Kamurocho para protegê-los.

1995. Kazama, que dirige o Orfanato Girassol, torcia para que Kiryu, Nishiki, Yumi e Miho levassem uma vida honesta. Mas, em vez disso, os quatro acabam mergulhando no submundo da Yakuza. Enquanto isso, em 2005, as relações entre o clã Omi e o Clã Tojo estão tensas por causa do sumiço de 10 bilhões de ienes.

1995. O clã Doujima está à procura da irmã de Edgar, que está em posse do carimbo necessário para a venda do terreno dele. Enquanto isso, Yumi viaja para Osaka em busca de sua irmã que havia fugido. Ao mesmo tempo, a briga pelo carimbo de Edgar se intensifica. Em 2005, Aiko desaparece, deixando sua filha Haruka para trás. Kiryu e Yumi decidem proteger Haruka, mas logo fazem uma descoberta.

Em 1995, Miho, exausta com o trabalho, adoece gravemente. Nishiki, muito preocupado com a irmã, está à mercê de Doujima, que explora essa vulnerabilidade. Em 2005, enquanto procuram por Aiko em Osaka, Kiryu e Yumi se deparam com o presidente Goda do clã Omi, que exige que eles devolvam os 10 bilhões de ienes até a meia-noite do dia seguinte.

Em 2005, Kazama se reúne com o presidente Goda do clã Omi para tentar evitar uma guerra com o clã Tojo. O conflito não resolvido entre Kiryu e Nishiki ressurge depois de dez anos, intensificando a rixa entre eles. Em 1995, Kiryu, depois de uma série de vitórias no clube da luta clandestino, finalmente poderá conseguir o dinheiro para a cirurgia de Miho se vencer a última luta.

1995. O vínculo entre Kiryu, Nishiki, Yumi e Miho, que sempre foram como uma família, se desfaz tragicamente. 2005. Será que Kiryu conseguirá impedir uma guerra entre o clã Tojo e o clã Omi? Como Kiryu e Nishiki resolverão a desavença de 10 anos? E qual é a verdadeira identidade do Demônio de Shinjuku? Com a tensão crescendo, eles enfrentam a batalha final em Kamurocho.