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黄叶菜花是一名生活在令和现代的初中三年级学生。她从五行商店街的门误入陌生世界，遇见名为摩绪的青年。摩绪消灭袭击菜花的妖物后，对她说道：“你是妖吧……”

菜花想起小学一年级遭遇事故时曾看见怪物，并意识到五行商店街的门所连接的世界正是大正时代。另一方面，摩绪开始调查疑似与诅咒自己的猫鬼有关的“无头事件”。

菜花触碰摩绪所持的“破军星太刀”后仍安然无恙，似乎是小时候沾染了猫鬼之血而受到诅咒。她回到令和现代，开始调查八年前遭遇的那起事故。

菜花与乙弥潜入疑似与猫鬼有关的钟临教教团。两人在地下室找到咒法抄本，但其中并未记载操控人寿命的方法。此时，教团教祖钟呼将二人关进了地下室。

大正时代的五行町地震频发。摩绪与乙弥从前去查看后山崩塌情况的妖物那里得知，原本供奉平息地震的要石的地方出现了一栋古怪的洋馆。两人前往一探，发现那里竟出现了一座本不该存在的教堂。

菜花向摩绪和乙弥坦白自己来自百年后的世界，却未能取信于他们。回到现代后，菜花喝下摩绪给她的解毒剂，想起八年前事故当天的事。心怀疑问的菜花为了见摩绪，再次前往大正时代……

身处大正时代的菜花面前，出现了八年前年幼的自己。猫鬼叼起年幼的菜花，从五行商店街的门飞往令和世界。化为兽形的摩绪为了保护年幼的菜花，将守护式神送往现代，随后失去了意识。

摩绪一行遭到操纵火之阴阳术的师兄百火的袭击。百火一度死去，却立刻复活，原来他也已存活九百年。百火说，九百年前，五名弟子曾被师父召至“五色堂”。

貂子被专门掳走年轻女子的茨木种彦开车撞伤，摩绪一行赶到她身边。此时，受茨木家家主委托的男子朽绳现身。使用木之阴阳术的朽绳，其真实身份正是摩绪的师兄华纹。

摩绪让袭来的式神吞下咒符，设下引出式神操纵者的陷阱。此时，由鱼与水构成的巨人现身，逼迫摩绪传授操控人寿命的阴阳道最高奥义“泰山府君”之术。

一位名叫茂的少年的母亲来到摩绪的诊疗所，请他为儿子看诊。摩绪赶往茂的住处，却发现那是为引他现身而设下的陷阱。袭来的式神操纵水流，企图抓住摩绪。

遭到水之式神袭击后，摩绪想起平安时代御降家中最擅长操纵水的术者，却不认为对方会派刺客前来，因此陷入困惑。另一方面，华纹闯入据说有御降家阴阳师所在的海上神殿，与不知火重逢。

菜花受现身令和世界的猫鬼所托，带着给摩绪的口信前往大正时代。此时百火和华纹来到摩绪的诊疗所，华纹道出打着延命旗号行骗的人，正是水之术者不知火。

“能续接寿命的御降家阴阳师即将到来”的传闻在帝都传开时，幽罗子出现在政商界的沙龙。华纹认为幽罗子是不知火的手下，便与摩绪一同追踪她。随后，摩绪看见幽罗子的脸，震惊不已。

不知火出现在摩绪面前，揭示了自平安时代以来两人之间延续至今的宿怨，并逼迫摩绪交出操控寿命的泰山府君秘法。然而，摩绪看到与沙那拥有相同容貌的幽罗子竟是不知火的手下，不禁怒形于色。

铁假面的男子正是御降家的师兄白眉。白眉也曾和百火、华纹一样，在平安时代被召至五色堂。白眉将摩绪视为御降家的宿敌，发动了以金之术为主的猛烈攻击，但摩绪化为兽形，陷入暴走。

在与白眉的战斗中消耗过度的摩绪，一直沉睡不醒。摩绪的诊所里，寻求治疗的妖们接连不断地前来，菜花、乙弥和百火正奋力应对。回到现代的菜花与白羽一起，开始调查阴阳道与猫之间的关系。

摩绪和菜花面前，御降家的师姐夏野出现了。夏野讲述了摩绪的师兄大五和师姐纱那的往事。另一方面，追踪不知火的华纹和摩绪，为了查明从海底神社涌出的“发之主”的真面目，一同进行了“降魂”仪式。

在夏野的帮助下，摩绪一行前往海底神社。闯入神社后，摩绪一行从不知火口中得知了真砂的临终经过。华纹虽心怀悔恨，仍挺身迎战，却被不知火的术法逼入绝境。

华纹誓言夺回被不知火带走的真砂遗骸。另一方面，夏野告诉摩绪等人，幽罗子所释放的黑色邪气，与900年前将纱那心脏抓出的邪气相同。

犯下随机杀人事件的加神一马，其心已被历代加神家当主纳入体内的兽吞噬。摩绪将与兄长一马战斗后受伤的双马送往诊疗所，但双马却趁摩绪不注意时消失无踪。

双马将从篝手中接过的傀儡针打入摩绪背部。摩绪随即变身成野兽的模样。百火、菜花、乙弥赶到，但摩绪被白眉用针的咒力操控，向三人袭击。

一名患者连饭也不吃，每晚都溜出医院。摩绪、菜花、乙弥尾随其后，目睹患者吃下墓土后再吐出来。摩绪对强大的诅咒与土之术感到震惊。此时，夏野现身。

为了确认「村里的戏班演出结束后，村庄就会消失」的传闻，夏野前来查证。他发现村庄已被山崩掩埋，却遭到神秘妖物袭击。好不容易逃脱的夏野，试图借助华纹的力量。

在女子学校引发诅咒事件的宝生篝，是白眉的同伴。篝攻击潜入调查的菜花，摩绪虽出手相救，但…。篝用诅咒之针查出菜花的下落，将她带到幽罗子身边。

幽罗子开始向菜花讲述自己的过去。平安时代，幽罗子作为吸收施加于“御降家”诅咒的容器，一直生活在被咒符环绕的岩洞之中。后来，她得知外面的世界依然存在，并在那里第一次与摩绪相遇……