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为了庆祝阿拉丁等人从撒共凯旋归来并击退敌人，辛德利亚举办了盛大的庆典。白龙决定回煌帝国，而阿拉丁则在见到受苦的朵妮雅心中的景象之后，告诉阿里巴巴和摩儿迦娜，他决定再次踏上旅程。

听到阿拉丁要独自去旅行，阿里巴巴内心大为震惊。此时红玉跑来找他提出切磋武艺的要求，最後连辛巴达都跑来掺一脚。朵妮雅虽然恢复了意识，但是身体却因黑暗的影响而每况愈下，更加深了阿拉丁前往马格诺修达特的决心。

阿拉丁、摩儿迦娜、白龙终于要出发了，但是阿里巴巴始终没来送行。看见三人如此沮丧，辛巴达偷偷告诉了他们一件事。另外，在抵达阿库提亚王国分头行动之前，一行人暂时在海上同行，度过了短暂又愉快的时光。可是就在快抵达目的港口之前，船却突然遭受到了海盗的来袭。

袭击商船的海盗们，在白龙的实力下根本不是对手，可是看似海盗头子的小孩奥鲁巴却抓走了阿拉丁当人质。当船被洗劫後好不容易靠岸，一行人发现海盗也抓走了港镇上贫民窟的小孩，而阿库提亚王国的海军居然表示不愿为了贫民而出动。于是阿里巴巴、白龙和摩儿迦娜便决定只靠自己三个人行动。

面对实力坚强的阿里巴巴三人，全是小孩的海盗们只不过是乌合之众。但是当三人好不容易抵达大圣母面前，面临了大圣母的魔力洗脑。阿里巴巴和摩儿迦娜在阿拉丁的呼唤下好不容易清醒过来，但是不敌洗脑的白龙却反过来与他们兵戎相向。

白龙终究不敌魔力耗尽而倒下，于是阿拉丁他们三人连忙继续追捕大圣母，没想到阿库提亚王国最后还是派出了海军前来支援。原本要被带去审问的大圣母，在城里受到了民众们的暴行，更因白龙意外的行为而丧命。面对失意的海盗孩子们，阿里巴巴给了带头的奥鲁巴一番谆谆告诫。

阿拉丁、阿里巴巴与摩儿迦娜度过了三人齐聚的最后一晚，隔天各自踏上了旅程。阿拉丁由於旅途疲累而借搭了路上巧遇的马车，没想到马车上头载的还是煌帝国的皇子练红霸，而且半途竟还被强盗打劫了。练红霸大展身手解决了那群强盗，最後马车终于抵达马格诺修达特。

来到马格诺修达特的阿拉丁，原本满怀期待能学习新魔法，没想到不但分级考试却掉到了最下位的等级六，而且上课的内容居然全都是体能训练。和他同寝室的室友斯芬特斯告诉他，要是两个月後的检定考试不及格的话，甚至会被勒令退学……

在海上再次遭到洗劫的阿里巴巴总算抵达了雷姆帝国，但是由于被偷走了推荐信，因此在剑斗士养成训练所吃了闭门羹。正当一筹莫展的时候，没想到训练所的师傅夏巴鲁亲自找上门，于是阿里巴巴和夏巴鲁的徒弟多多便展开了一场比试。

为了支付夏巴鲁的医治费，阿里巴巴上了斗技场，但没想到首战就对上巨大怪猴哥路达。面对巨大的对手，阿里巴巴完全不是对手，本来所有人都不看好阿里巴巴。但最后阿里巴巴急中生智，总算化险为夷。

摩儿迦娜终于来到故乡加塔尔戈，可是不但没见到任何法纳利斯的同胞，还差点与企图绑架她的恶棍起冲突，幸好遇见了令人意外的人出手相救。在托朗族长老的告知下，摩儿迦娜进入黑暗的大峡谷，想要到山谷的另一头寻找同胞，却在那里遇见了神秘的男子尤南。

由于煌帝国的皇帝驾崩，皇族的子女们于是赶回到皇宫。众人相聚的夜里，白龙和白瑛从红炎的口中听到了托朗族与另一个世界的谜团，红炎并扬言要将这个世界打造成不同於已毁灭的另一个世界。等到众人都到齐后，隔天前往皇座聆听皇帝遗诏。原本大家都认为会由红炎继任帝位，但没想到最后结局竟然是……

阿拉丁在期末测验展现出了惊人的成果，同学们都认定他一定能当上学年首席，没想到还有另一位新生更高人一等，那就是来自雷姆帝国的提特斯。阿拉丁在与提特斯的实战测验中不慎让藏在手上隐瞒身分的石头曝光了，但没想到提特斯居然也和他一样。两位魔奇都开始对马格诺修达特展开调查，左右世界命运的关键就藏在这个国家……

升上二年级的阿拉丁、斯芬特斯和提特斯，同时也得到了国民等级二的身分。三人兴高采烈地参观马格诺修达特的魔导士市民居住区，但是无论如何却找不到五等许可区的所在地，于是三人便趁夜冒险潜入了这个神秘的禁地。提特斯在那里遇见了一位魔力耗弱的小女孩玛露佳，决心偷偷带她逃出残酷的禁地。

擅闯第五许可区的阿拉丁等人，原本应该接受严的惩罚，但莫迦梅特校长却仁慈地宽恕了他们。第二天，阿拉丁他们在莫迦梅特亲自授课时，听到了马格诺修达特之所以如此残忍对待非魔导士的原因，那是一段让魔导士们不堪回首的痛苦记忆。

听完莫迦梅特的说明，提特斯愤怒地加以否定，对此莫迦梅特却点破提特斯是将自己的遭遇投影到了玛露佳身上，并且让他带玛露佳来到外界生活。另一方面，阿拉丁和提特斯在一次授课中发现，马格诺修达特正秘密研究黑色鹏鸟。莎赫拉查德吩咐提特斯任务已告终，要他回雷姆帝国过完最后的短暂人生，不想和玛露佳分开的提特斯，于是求助莫迦梅特。

提特斯向莫迦梅特诉说自己的身世，但因过于绝望而使得鹏鸟失控，千钧一发之际被莎赫拉查德透过意识同步加以阻止。莎赫拉查德要求提特斯回到雷姆帝国，但莫迦梅特表示不愿让提特斯回到令他伤心的出生地，并宣布与雷姆帝国开战，而同时煌帝国也对此虎视眈眈。

马格诺修达特与雷姆帝国正式开战。起初占上风的魔导士们，在雷姆帝国不屈不挠的猛烈攻击下，终究还是被突破防线，于是莫迦梅特只好派出秘密开发的人工魔导兵器。但是雷姆帝国这边也派出了法纳利斯军团，至此开始战况一面倒，提特斯也在与穆的对决中落败。就在提特斯灰心丧志时，阿拉丁再次站到了他面前。

　面对魔导士们的团结防守，法纳利斯军团长决定使用魔人金具和眷具速战速决，想要一举攻下首都而对第二层结界展开强攻。于是阿拉丁终于解放身为MAGI的力量，想出了不让双方流血的方式，暂时中止了战争。

穆 阿勒奇乌斯赌上最后的魔力，将自身进行魔装，企图将阿拉丁连同马格诺修达特的城市一刀两断，千钧一发之际阿里巴巴挡下了他的最后一击。之后雷姆帝国一度撤退回海上，阿拉丁与莎赫拉查德两位魔奇私下面谈。阿拉丁告知自己曾在索罗门的智慧中看见的过去历史，恳请莎赫拉查德一同避免悲剧再次降临。

阿拉丁与莎赫拉查德达成共识停战，但此时却传来战报，煌帝国派出大军进攻马格诺修达特。见到魔导士的巨大牺牲，心痛的莫迦梅特决心使出最后的手段，出动了他研究已久的黑色魔人。

在玛露佳的说服之下，提特斯终于下定决心该做什么。他前往五等许可区，阻止莫迦梅特的失控。但是一切已经太迟，八芳星所期待的黑暗存在、毁灭阿玛托朗的不祥之物终于降临这个世界。

为了阻止黑暗毁灭世界，于是阿拉丁召唤出了在场的所有魔人，并且答应以自身的知识为条件，要练红炎协助击败即将招致世界毁灭的黑暗媒介。在红炎的一声令下，远在他方的煌帝国魔人金具使用者全都聚集到了马格诺修达特。

即使集合了六位魔人金具使用者，依然无法打倒召来黑暗的媒介，而且媒介还愈益变得更加壮大，从所有触及的事物身上将鹏鸟吸收殆尽。正当众人绝望之时，辛巴达率领的七海联合伸出了援手。

集合了所有魔人金具使用者的力量而施放的极大魔法，终究没能够打倒黑暗的媒介。但是由于力量被削弱，使得在媒介中心之人，莫迦梅特产生了迷惘。阿拉丁和雅姆莱赫趁机进入到媒介之中，企图唤回莫迦梅特。