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高度经济成长期的首都·东京。过着无聊日子的中学生鲁邦，在意着面对不良少年拔枪相向的同班同学次元。他的表情，在鲁邦看来就像和自己一样渴望着无聊世界的“狼”……在夜总会游玩的鲁邦与次元重逢，但次元断定鲁邦是个“公子哥”而不愿搭理。然而两人却偶然遭遇了围绕俱乐部歌手洋子的“事件”。他们联手合作，决定将她从危机中解救出来。

某天午休。想和次元一起玩的鲁邦，用小卖部的炒面面包做赌注向他发起挑战。然而没有兴趣奉陪的次元一句“谁要陪你这种小鬼的幼稚游戏”回绝了鲁邦。——就在这时，一份工作委托找上了次元。似乎是作为父亲的代理，去护卫由列车运送的秘宝。次元本想认真完成工作，但工作的内容却被鲁邦知道了……？

鲁邦面前，突然出现了黑衣人们。他们是鲁邦称为“老头子”的“鲁邦一世”——亚森·鲁邦的使者。被黑衣人带到一世宅邸的鲁邦，被迫参加这位时日无多的老人提议的游戏。那是一场胜者将获得一世全部遗产的“遗产争夺游戏”……参加者中，还有被一世亲手灌输了盗术的少年·阿尔伯特。

去了一世宅邸几天后，忍开始严格监视外出游玩的鲁邦。无法轻易出门的鲁邦想到了一个妙招。“在学校里建个秘密基地不就行了！”——他拉上次元，开始在校园内建造两人的秘密基地。但是，天才鲁邦的奇思妙想过于天马行空、没有止境，基地的建设困难至极……

临近圣诞的街道。给洋子买了礼物的鲁邦，得知她已从夜总会辞职。在意地去公寓拜访的鲁邦，迎接他的是散发着不寻常气息的“纹身男”。另一方面，从冲绳美军基地被盗走的“某件兵器”——偷走它的是鲁邦的父亲·鲁邦二世。这笔生意，正连接着一个动摇东京的巨大阴谋……

原子炮发射，时间所剩无几。送到革命家高丘手上的，是署名“鲁邦三世”的第一封预告信。少年鲁邦是如何自称“三世”的？他与父亲“二世”之间有怎样的因缘？他能成功将洋子偷出来吗？决定了前进道路的鲁邦，与搭档次元一同迎战高丘。开始的炮声响彻东京夜空，少年此刻，踏出了成为大盗的第一步。