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这个世界上唯一的人类少女——贝尔，奉师父希安之命，前往追迹者之湖驱逐突然现身的巨大生物，并帮助湖周边的各族居民。然而，作为一个不具备任何种族特征的存在，贝尔总是被异样的目光看待。她唯一的朋友，是曾在“剑之国”邂逅的大剑——咆哮之剑·伦丁格。心中隐隐感受到一丝孤独的贝尔，决定踏上寻找自身根源的旅途。而就在此时，师父希安却以“作为师父的最后试炼”为名，命令她与自己一战。

贝尔为了前往那座有城堡的都市而踏上旅途。途中，她救下了一名差点被“恶”之剑士斩杀的长耳族拉比蒂亚小孩，但因为没有持有决斗许可证便挥剑相救，结果被关进了牢中。不久后，贝尔的师兄、身为“正义”四大剑士之一的香迪·加夫将她从牢狱中解救出来。托加夫的安排，贝尔获得了与罗哈伊德王的会面机会。另一方面，在那座都市中，既不属于“正义”也不属于“恶”的影子组织“饥饿同盟”现身，引发了民众的不安。

贝尔觐见了罗哈伊德王，却被告知必须与四大剑士之一的基尔进行剑斗。然而，贝尔那种将剑士视为手足般重要的武器击碎的战斗方式，反而引来了观众的反感。尽管如此，她还是得到了国王的认可，并被告知等待成为“旅之者（游牧者）Nomad”所需的三项使命。不久，第一个使命下达——保护城市居民，抵御由〈恶〉的剑士金巴克率领的袭击。而被选中的目标地点，正是她养父母所居住的城镇...

完成了最初的使命之后，贝尔成为连〈恶〉阵营也另眼相看的存在。某日，她结识了四大剑士之一，同时也被称作“盗剑者”的来历复杂的剑士阿多尼斯。两人因王城的召集而得知：曾失去音信的水族人——人鱼提齐亚诺，已经堕入〈恶〉阵营，正企图对〈正义〉进行复仇。为了讨伐提齐亚诺，应罗海德王之命，三支乐团联合编成了庞大的讨伐队，而贝尔与阿多尼斯也被选为其中成员。

正义乐队深入提齐亚诺藏身的墓穴洞窟，但由于缺乏团队协作，不久便陷入陷阱，队伍四散而逃。贝尔与讨伐队的“演出家”——水族人本笃汀会合，但却遭到了本应是她恋人的伙伴袭击。原来，提齐亚诺拥有操控被自己打倒之人，让其化为“死兵”作战的能力。在九死一生中逃出生天的贝尔一行，终于与其他幸存成员汇合。而就在此时，阿多尼斯提出了一个出人意料的提案...

为了打倒提齐亚诺，正义与恶势力联合组成了一个前所未有的混成乐队。恶势力的金巴克担任指挥，旅者基蒂·扎·奥尔担任演出家，正义阵营的剧作家吉内斯则策划了跨越三幕的宏大战略。然而，提齐亚诺和她的死兵们极为强大，混成乐队陷入了一场惨烈的生死决战，失去了许多成员。最终，他们将目标定为最后一幕的舞台——卡塔科姆的死亡之花园，即天道墓地。

多次牺牲后，提齐亚诺讨伐战终于结束，城市被净化的雨水所包围。在这时，贝尔遇到了一个不知道如何打开雨伞的女性——谢丽。她是城中的首席歌手，也是加夫的未婚妻，以及罗海德王的女儿。谢丽想要表示感谢，贝尔则希望她为自己演唱一曲。与此同时，亚多尼斯拜访了基尔，向他透露了自己作为“被砸碎剑的剑士的来访者”的身份——他是王国的试者（Examiner）。

贝尔被雪莉邀请参加城堡的舞会。虽然她感到有些害羞，但在基蒂的邀请下，她还是走进了大厅跳舞。与此同时，加夫带着阿多尼斯走出，告诉他，在蒂兹亚诺的讨伐战中，他依照神谕击败了阿多尼斯的父亲，卡塔科姆的管理员。为了继承父亲的遗物一把剑，阿多尼斯向加夫提出决斗挑战。然而，突然基尔出现，袭击了他们。像曾经的蒂兹亚诺一样，基尔失去理智，愤怒地向贝尔逼近。

三项任务完成后，贝尔前往罗海德王处，重新宣告将离开“剑之国”，成为一名流浪者。然而，当她站在旅途之门前时，意识到自己尚未为真正的旅程做好准备。这一时刻让她开始反思自己，表明她对即将到来的冒险仍然充满内心的不确定。另一方面，阿多尼斯在舞会上的事件后，开始怀疑自己是否是导致蒂西亚诺和基尔堕入“魔尼多霍格”的原因，这使他陷入了深深的自责和失落。他决定前往王宫，向国王询问，试图解开内心的疑问和责任。

在饥饿同盟的黑暗中，阿多尼斯被首领多兰布伊迎接。她，作为一位创造了包括贝尔的“咆哮之剑·伦丁丁”在内的众多名剑的剑匠，为阿多尼斯打造了一把专属于他的剑“锈爪·拉斯蒂内尔”，并将其赠予他。此外，她还召来了旧识西安，安排他为阿多尼斯提供剑术训练。在迷茫中，阿多尼斯逐渐被多兰布伊和其黑暗温暖所吸引。与此同时，他也渐渐接近了贝尔被称为“拒绝理由的少女”的由来。

在与阿多尼斯的争斗以及与“恶”的阵营的战斗中，贝尔因身心不调而陷入了极度的困扰，她将自己关在房间里，情绪愈发荒芜。担心她的贝内特前来看望，但贝尔完全不予理会。在意识到自己此时无法为贝尔提供帮助后，贝内特感到十分困惑，并决定为了让贝尔恢复而做出一个重大决定。与此同时，曾在地下墓穴的蒂西亚诺讨伐战中并肩作战的“恶”方指挥官金巴克的死讯传来。

在为金巴克举行葬礼之后，吉内斯向葬礼的参加者们透露了一个名为“天堂转变（Paradise Shift）”的计划，表示这是世界变动的象征。掌握着地下墓穴命运的祭司长卡内尔·科林斯，答应在交换某些条件后，协助吉内斯实施这一计划。贝尔也提出加入这个计划。与此同时，已被饥荒同盟的黑暗吞噬的阿多尼斯，奉命准备袭击基蒂·泽·奥尔。

为了执行吉尼斯计划的一部分——请求将“地下墓窟”中立化，贝尔请求加夫引荐他前往罗海德王面前。贝尔一行人意气风发地登上王城，然而，从「王座之间」现身的，却与昔日伟大的罗海德王判若两人。与此同时，神言向雪莉下达了一个残酷的使命。理解了王与雪莉的意图后，贝尔无视加夫的劝阻，违背神言，挥剑而起。

违背神言的贝尔，被冠以“违逆神之律法者”、被诅咒的“禁民帕拉多克斯”的污名，并被阿多尼斯折断了他的剑。与吉尼斯、贝内特一同被投入监狱的贝尔，面对搭档〈咆哮之剑〉伦丁已经变得面目全非的模样，惊慌失措。就在贝尔陷入动摇之际，阿多尼斯却巧妙地诱导了加夫与雪莉，似乎正在暗中策划着什么。另一方面，身处狱中的吉尼斯，也同样接收到了某种不可思议的启示...

在城中，罗海德王的葬礼开始了，他的棺木被庄严地沉入地下的＜抚慰之湖＞。然而阿多尼斯却执意前往湖的更深处，要求直接向神明提出质疑。虽然加夫感到震惊，但阿多尼斯召唤出了饥饿同盟的影法师，甚至利用了雪莉来开辟道路。无奈之下，地牢中的贝尔等人被召唤出来，被命令讨伐饥饿同盟。

为了讨伐饥饿同盟而从牢狱中被释放出来的贝尔，与赞同吉尼斯的乐手剑士们一起，接连击退不断出现的饥饿同盟讨伐的刺客。另一方面，阿多尼斯从加夫手中夺走了宝剑蒂格泽，向着“根之国”的深处前进。为了夺回吉尼斯计划所需的宝剑，一行人试图追赶阿多尼斯，但挡在他们面前的，却是当初召集他们的加夫本人。

扫荡饥饿同盟并夺回宝剑蒂格泽的众人，各自踏上了不同的道路。吉尼斯和贝内特为完成卡塔库姆中立化计划，携宝剑一同返回。另一方面，选择追寻阿多尼斯的贝尔和基蒂，抵达了位于“根之国”最深处的神之心脏。就在贝尔终于与阿多尼斯对峙之时，德兰布伊和西安突然现身——而雪莉也终于做出了重大的决定。

接受了塞恩最后的剑之教诲，同时领悟了贝尔存在真相的阿多尼斯。与德拉姆布伊和塞恩长期以来所期盼的“理性少女”之战终于拉开帷幕。另一方面，宣示自身保持中立并反抗神明的“魔·尼德霍格”的雪莉，在基蒂的引导下，于城中高声唱起属于自己的歌。当贝尔不断挥舞利剑，雪莉放声高歌的前方——究竟会迎来怎样的未来？

在战斗中，神的心脏受到了严重损伤，机械之神的饥饿终于以人的形态显现出来。模仿幼小贝尔外貌的＜它＞融合吸收了阿多尼斯，将贝尔引导至异空间。在那里展开了被称为古神乐园的远古圣星（地球）。这里述说着这个世界名为月，而贝尔正是这个世界一切存在之初的由来。

战斗结束，撒着圣灰的蝴蝶们四处飞舞治愈受伤之人。曾败给阿多尼斯而在生死边缘徘徊的席安也苏醒过来，与贝尔重逢。另一方面，获得宝剑蒂格泽的吉尼斯，打算与卡塔库姆的司祭长们一起施展隐藏在宝剑中的秘仪，于是邀请了贝尔。在与并肩作战的同伴们完成告别之后，贝尔为了再次踏上旅程的＜钥匙＞，前往了新王加福所在的城堡。