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Coulson y los agentes de S.H.I.E.L.D. viajan hacia atrás en el tiempo y quedan atrapados en la ciudad de Nueva York de 1931. Con el nuevo Céfiro listo para saltar en cualquier momento, el equipo debe darse prisa para averiguar exactamente qué sucedió. Si fracasan, significaría un desastre para el pasado, el presente y el futuro del mundo.

Los agentes se preguntan si preservar el futuro como lo conocen, vale la pena la destrucción que podrían evitar.

Un salto inesperado en el tiempo deja a Enoch en 1931 y lleva al equipo a otra década desconocida; Para evitar que los Chronicoms inicien su plan de desmantelamiento del futuro, los agentes deben infiltrarse en una de las bases más seguras de S.H.I.E.L.D.

Era solo otra mañana promedio el 22 de julio de 1955, cuando el agente Phil Coulson se dio cuenta de la importancia de ese día en los libros de historia de S.H.I.E.L.D. Puso en marcha una cadena de eventos que con suerte conservaría la línea de tiempo tal como la conocemos y aseguraría que esos molestos chronicoms obtengan el final que se merecen.

Después de un aterrizaje accidentado en la década disco, el equipo, con Daniel Sousa a cuestas, se reúne con más de una cara familiar en S.H.I.E.L.D. y descubre exactamente cómo desmantelar el último plan de Chronicoms. Pero cuando se acercan demasiado para su comodidad, el Céfiro salta inesperadamente hacia adelante nuevamente, esta vez a una fecha crucial no solo para el futuro de S.H.I.E.L.D. pero también para el futuro del Director Mack.

Después de desvelar su ubicación y dañar el Céfiro en el proceso, el equipo debe luchar para rescatar a los padres de Mack, salvar a S.H.I.E.L.D. de una infestación de Chronicoms y arreglar la nave; Daisy y Sousa están en desventaja contra Nathaniel Malick.

Tras quedar varado inesperadamente en 1982, Mack se retira a la casa de su infancia para procesar la muerte de sus padres, mientras Deke se pone a trabajar en la búsqueda de un grupo de nuevos agentes de primer nivel. Sin tener ni idea de si el equipo regresará por ellos, ni cuándo, el tiempo parece estar finalmente de su lado hasta que aparecen los robots asesinos.

Con el motor temporal del Zephyr fallando, el equipo se precipita hacia el desastre y Yo-Yo podría ser su única esperanza. El único problema, para recuperar sus poderes, necesitará la ayuda de un viejo adversario y revivir parte de su pasado, largamente oculto.

Una tormenta temporal asola el Zephyr, impulsándolo hacia la destrucción, a la vez que obliga a Daisy y Coulson a revivir una y otra vez sus fallidos intentos de salvar al equipo, hasta que encuentren una solución o sean absorbidos por la tormenta. Llegar a su próximo destino requerirá confianza, valentía y sacrificio de todos a bordo, pero todo dependerá de tener tiempo suficiente.

Tras el sacrificio de Enoch, que los impulsó a salir de la tormenta temporal, el equipo regresa a 1983, donde Nathanial y Kora se dedican a construir un ejército de Inhumanos anarquistas cuidadosamente seleccionados en el Más Allá. Cuando los agentes se separan para cubrir más terreno, Daisy recibe la tarea de proteger a Jiaying y se ve obligada a enfrentarse a su madre por primera vez desde su muerte; mientras tanto, los demás descubren rápidamente que tendrán que enfrentarse a otro antiguo enemigo superpoderoso para detener a Malick.

Con la ayuda de Kora desde dentro, Sibyl y Nathanial continúan su lucha para forjar un nuevo y oscuro futuro para SHIELD, logrando mantenerse un paso por delante de los agentes. Si el equipo quiere revertir esta situación, tendrán que ser creativos, y quizás incluso un poco extravagantes.

Con la espalda contra la pared y Nathaniel y Sibyl cada vez más cerca de eliminar a S.H.I.E.L.D. de los libros de historia, los agentes deben confiar en sus fuerzas para superar y sobrevivir a los Chronicoms.

Esta es su lucha más importante, y se necesitará la ayuda de amigos y compañeros de equipo, pasados y presentes, para sobrevivir.