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Coulson e gli agenti dello S.H.I.E.L.D. vengono scaraventati indietro nel tempo, e rimangono bloccati nella New York del 1931: lo Zephyr è impazzito e non si sa cosa può succedere.

Ora che sanno come sbrogliare l'intricato filo che tiene insieme la linea del tempo, gli agenti si chiedono se "preservare" il futuro sia davvero la cosa giusta da fare...

Il balzo temporale inaspettato blocca Enoch nel 1931 e spedisce il resto della squadra in un'altra epoca ignota: salvare il futuro è sempre più difficile.

L'agente Phil Coulson sta per comprendere i motivi dell'importanza che il giorno 22 luglio 1955 ha per l'intera storia dello S.H.I.E.L.D....

Il team di Coulson si riunisce con altri agenti dello SHIELD e insieme scoprono come contrastare l'ultimo piano del Chromicon. Ma lo Zephyr fa un nuovo salto in avanti...

La copertura è saltata e lo Zhephyr danneggiato: ora la squadra deve aiutare i genitori di Mack, aggiustare la nave e soprattutto salvare lo S.H.I.E.L.D. da un assalto chronicom.

Rimasto bloccato nel 1982, Mack cerca di affrontare in modo nuovo la morte dei suoi genitori. Deke intanto trova nuovi agenti.

Col sistema di guida dello Zephyr guasto, la squadra sfreccia attraverso il tempo verso il disastro totale: l'unica speranza rimane Yo-Yo, anche se temporaneamente senza poteri.

Una tempesta temporale sconvolge lo Zephyr, spingendolo verso la distruzione e costringendo Daisy e Coulson a rivivere i loro falliti tentativi di salvare la squadra.

La squadra torna nel 1983, dove Nathaniel e Kora stanno faticosamente radunando un esercito, e scopre di dover affrontare un nuovo potente nemico per fermare Malik.

Con l'aiuto di Kora all'interno, Sibyl e Nathaniel continuano la loro battaglia per rendere oscuro il futuro dello S.H.I.E.L.D., e sembrano avere la meglio...

Sibyl cerca Fitz dentro la memoria di Jemma. Intanto lo S.H.I.E.L.D. tenta il tutto per tutto per fermare Nathaniel e i tentativi dei Chronicom di riscrivere la storia...

Nell'ultimo episodio ha inizio la battaglia finale degli agenti dello S.H.I.E.L.D. contro i Chronicom, destinata a decidere le sorti del mondo conosciuto fino ad ora.