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エージェント・オブ・シールドは1931年まで時間をさかのぼる。

タイムラインをひも解く"糸"の正体が明らかになったことで、彼を全力で守るというチームのミッションは各エージェントに自分の価値観を疑わせるようになる。

予期せず未来に飛ばされて、イノックは1931年に取り残され、チームは見慣れない時代に漂着する。クロニコムが未来の解体計画を開始するのを阻止するため、エージェントたちは厳重に警備されたシールドの基地に潜入せねばならない。

エージェントのフィル・コールソンはシールドの歴史書を見て、1955年7月22日の重要性に気づく。

ダニエル・スーザを従えたチームはシールドのたまり場でなじみの面々と再会し、クロニコムの最新の計画を止める方法を突き止める。ゼファーは予期せず再び未来に飛ぶ。

カバーを吹き飛ばし、ゼファーに損傷を与えてしまったチーム。急いでマックの両親を救出し、クロニコムの侵入からシールドを守り、ゼファーを直さねばならない。デイジーとスーザはナサニエル・マリックに対して不利な状況にある。

1982年に漂着したマックは、両親の死に対処する幼年期の家に戻る。ディークは新しいエージェントたちをスカウトする。

ゼファーのタイムドライブが誤作動した。チームは、唯一の希望であるエレナと共に災害に駆けつける。エレナは力を取り戻すために、古い敵の助けを借りねばならない。

タイムストームがゼファーを損傷させ、破壊寸前になる。デイジーとコールソンは、チームを救うため、失敗を繰り返しながら打開策を試す。

チームは1983年に再び到着する。そこではナサニエルとコーラが軍隊を作ろうとしていた。デイジーはジャーインを守る任務を任される。残りのメンバーは、また別のスーパーチャージされたかつての敵に立ち向かわねば、ナサニエルを阻止できないことを知る。

インサイダーのコーラの助けを得て、シビルとナサニエルはエージェントたちの一歩先を行き、シールドの未来を暗いものにすべく争いを続ける。

エージェントたちは自分たちの力を頼りにクロニコムを出し抜き、倒さねばならない。2部作の前編。

エージェントたちは自分たちの力を頼りにクロニコムを出し抜き、倒さねばならない。2部作の後編。