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Boruto sostiene un combate con un hombre llamado Kawaki en el área del monumento de los Hokage. Ahí, este último declara que la era shinobi ha terminado. Boruto activa su ojo derecho y, preparando su contraataque, afirma que él es un shinobi; Konoha ha sido destruida. Años antes de ese evento, Boruto y Shikadai viajan en el techo de un vagón de tren mientras toman su almuerzo, este último le recuerda que mañana es el día de su ceremonia de ingreso a la Academia, sin embargo, a Boruto no le importa pues solo piensa como avergonzar a Naruto. El pequeño Uzumaki ve a un niño, Denki, siendo intimidado y lo defiende, luego ambos hablan sobre sus padres; Denki revela que su padre es un empresario multimillonario responsable del sistema de trenes en Konoha. Boruto le anima a enfrentarse a su padre y defender lo que a el le gusta. Boruto regresa a casa con su madre y su hermana, pero no está sorprendido de que Naruto no esté en casa. Mientras tanto, Denki intenta defenderse, pero su padre lo rechaza, diciéndole que ganará su aprobación al ser fuerte. A la mañana siguiente, Boruto llega tarde a la ceremonia y ve a Denki maipulado por un aura maligna. Denki atrae a quienes le intimidaron a un defectuoso vagón de tren al que lo envía a colisionar contra otro vagón en el mismo estado, esto con la intención de asustarlos. Boruto interviene y hace recapacitar a Denki, logrando evitar la colisión; mientras el aura maligna le abandona. Sin embargo, el tren termina chocando contra el rostro de piedra de Naruto que ha sido esculpido en el monumento de los Hokage. Ambos se hacen amigos y asisten a la academia el día siguiente.

Una vez iniciada su vida en la academia, Boruto conoce a un estudiante y compañero de clase llamado Iwabee Yuino, quien ha repetido ese nivel por haberlo reprobado, no por falta de habilidad, sino por su inconformidad en cuanto al cambio en el estilo de vida ninja. La interacción este y sus nuevos compañeros da lugar a ciertos desacuerdos siendo Denki uno de los afectados, de quien busca aprovecharse por su fragilidad, motivo por el cual interviene Boruto y reta a Iwabee a una batalla uno a uno durante su receso.

Shikadai se da cuenta que ha sido muy duro con Metal Lee pues este último es demasiado tímido al estar frente a los demás estudiantes. Al hablar sobre lo sucedido con su padre, Shikamaru Nara, Shikadai decide buscarlo para disculparse. Sin embargo, al día siguiente, Lee enloquece al ser manipulado por un aura maligna y al encontrarse con sus compañeros les ataca utilizando todo su poder, poniéndoles en una situación bastante apretada; Boruto, por medio de de su ojo derecho, percibe que algo extraño sucede con el chakra de Metal comprendiendo el porqué de su reacción. Superado el problema al haber ganado el combate, Shikadai y Lee se reconcilian.

Boruto y Sarada Uchiha antagonizan, lo que trae repercusiones de idéntica índole entre los demás, por lo que Shino sugiere que todos los estudiantes que pongan a prueba su capacidad de trabajo en equipo involucrándose en una batalla dividida entre shinobis y kunoichis cuya meta consiste en capturar la bandera colocada en la azotea de la academia. El desarrollo de la actividad deja muy dañada las instalaciones de la academia, sin embargo fortalece los lazos entre todos los compañeros de clase.

Un nuevo estudiante se une a la academia ninja, su nombre es Mitsuki. De apariencia amable aunque misteriosa, en cuanto a la primera impresión, se le considera peligroso debido a su la actitud adoptada al enfrentar a sus compañeros en combate. Mientras tanto, Shino, al no haber obtenido los resultados esperados tras el desarrollo de una actividad para crear vinculos entre sus estudiantes, piensa que es un fracaso como profesor.

Shino se reúne con Boruto, Shikadai y Mitsuki en el bosque, el Aburame es manipulado por el aura maligna y perdiendo el control inicia un combate a muerte contra sus estudiantes. Durante el desarrollo de la pelea, Shikadai sospecha que Mitsuki conoce mucho más acerca de los hechos que acontecen el la aldea. Superada la situación, Shino recupera el ejercicio de sus facultades y salva a Mitsuki y a Boruto de ahogarse, posteriormente reporta lo sucedido al Séptimo Hokage.

Boruto y Shikadai hablan acerca del aura maligna que el primero ha presenciado en ciertas ocasiones, mientras Sarada, Chōchō y Sumire caminan por las calles de la aldea perciben una presencia que les acecha pero no pueden identificar al responsable. Al día siguiente perciben lo mismo pero Chōchō le atrapa, al escuchar los gritos de quien las acechaba, Boruto, Shikadai y Mitsuki se apresuran al lugar de los hechos, el asediador resulta ser un estudiante de otra clase, les explica que a quien sigue es a Sumire. Chōchō le siguiere que le declare sus sentimientos, al hacerlo, ella le rechaza. Al día siguiente en la academia, Sumire es secuestrada por lo que Boruto y los demás acuden a salvarla. El Uzumaki puede ver que el aura maligna manipula al acosador, por lo que le ataca con la ayuda de Shikadai, situación que se dificulta pues su oponente utiliza el jutsu de camuflaje. Al mismo tiempo, Chōchō le habla y trata de que se de cuenta que la gente no le presta atención debido a su propia debilidad y timidez; Boruto observa que el aura abandona al asediador sin haberle tenido que derrotar, posteriormente se desmaya. Mientras, Shikamaru informa al Séptimo Hokage que últimamente, por razones desconocidas, muchas personas han llegado al hospital por la pérdida de su chakra, por lo que se preparará una investigación que lo considere.

Boruto, Shikadai, Iwabe y Denki ven una película de ninjas en el cine, luego, Boruto habla con Shikadai acerca del aura misteriosa que solamente él puede ver, Shikadai le recomienda que lo haga del conocimiento de su padre, sin embargo el Uzumaki planea manejar el asunto por su cuenta. Durante la noche, en su casa, Boruto crea tres clones de sombra para encontrar una solución al problema, estos le aconsejan lo mismo, sin embargo, Boruto no cambia de parecer. Mientras duerme, Toneri Ötsutsuki le contacta por medio de un sueño y le dice que utilizando su ojo será él quien asuma el destino del mundo. Al despertar, Boruto examina su ojo en un espejo y cree que ha despertado al Byakugan. Mientras, en la oficina del Hokage, Naruto se encuentra agotado por tanto trabajo, por lo que Shikamaru le lleva a casa, ahí encuentra a Boruto actuando como el héroe de la película que vio el día anterior. Boruto le cuenta a todos que ha despertado al Byakugan pero Naruto dice que para despertarlo hay que entrenar lo suficiente y sabe que el no lo ha hecho, aunque puede ser despertado naturalmente como en el caso de Himawari, necesitaría pruebas al respecto. Por su parte, Hinata le dice que discutir sobre el tema no tiene sentido y lo mejor será escuchar la opinión de su abuelo. En ese sentido, Naruto lleva a Himawari y Boruto a la casa de Hiashi, su suegro, quien también admite que incluso dentro del clan Hyuga no todo el mundo puede despertar el Byakugan por lo que resultaría muy difícil que Boruto lo consiga sin un duro entrenamiento, sin embargo, dadas las circunstancias, su abuelo manifiesta que en ese momento la única forma para averiguar si lo porta es enfrentándose en combate.

Hiashi planea enfrentar en combate a Boruto para determinar si realmente despertó el Byakugan, sin embargo, Hanabi se ofrece a luchar en su lugar alegando que no será conmovida por las emociones. Al final, Boruto es derrotado a pesar de luchar con su mejor estrategia, Hanabi percibió la activación del Byakugan durante el enfrentamiento, así como tampoco su abuelo y padre. Más tarde, luego de la cena, Naruto y Hiashi conversan en privado sobre Boruto, su padre dice que sabe que no miente, pues aunque no pudo despertar el dōjutsu en combate, su hijo no se hubiera esforzado como lo hizo. Esa misma noche, Boruto va al mercado y ahí se encuentra a Sarada, mientras conversa con ella ve que una persona ha sido manipulada por el aura maligna por lo que decide seguirle, esa persona resultó ser "Kagemasa" el héroe de la película de ninjas quien está deprimido pues la productora decidió cancelar la secuela de su película porque este ha subido de peso. Boruto enfrenta a Kagemasa, el Uzumaki es rescatado por Sarada cuando estaba a punto de ser vencido, posteriormente derrotan a Kagemasa al trabajar en equipo. Al día siguiente en la academia Boruto le dice a Shikadai y Mitsuki que él no pudo probar que ha despertado al Byakugan pero que encontrará la manera de hablar con hechos y no con palabras.

Boruto Shikadai y Mitsuki se ausentan de clases para vigilar si alguien es poseído por el aura maligna, a quien el Uzumaki llama "Ghost", y resolver al problema antes que su padre y demás Jöunin. Al día siguiente, Shino insta a sus alumnos a ganar experiencia laboral como actividad de la academia, los estudiantes tienen libertad para seleccionar aquella que sea de su agrado. Boruto, Shikadai, y Mitsuki seleccionan la oficina de correos con el objetivo de vigilar los alrededores de la aldea; horas más tarde, Mitsuki avisa que ha encontrado a alguien poseído por el aura maligna en el otro lado de la aldea, por lo que acuden al lugar, sin embargo llegan tarde. En la oficina de Hokage, Sai informa a Naruto que ha encontrado evidencias del uso de células de Hashirama en el lugar de los hechos, al mismo tiempo informa que los miembros de la disuelta "Raíz" pueden estar detrás de esto ya que experimentaban con dichas células con el objeto de absorber chakra para luego acumularlo; Shikamaru le aconseja que tenga cuidado y ofrece ayudarle en la investigación. Al día siguiente, Boruto, Shikadai y Mitsuki acuden a la oficina de correos, Komame, el Jefe de la oficina les manda a cortar estampillas pues dice que ayer recibió múltiples quejas de los lugares en los que entregaron la correspondencia. Más tarde, Boruto escucha la noticia de que una persona poseída por la sombra causó un incidente en la Planta de Purificación de Agua donde Sumire y otras dos chicas de su clase seleccionaron como lugar de trabajo, por lo que se apresura al lugar.

Sumire y sus compañeras de clase fueron salvadas providencialmente por Naruto y han sido llevadas al hospital; Boruto se disculpa por no haber llegado a tiempo, acto seguido su padre muestra la víctima a su hijo, Shikadai y Mitsuki y les prohíbe seguir involucrándose en el caso. Shino aboga por ellos e insiste en que lo adecuado es tratarles como adultos, Naruto accede indicando que confía en el criterio del Aburame; ocurre un nuevo ataque pero, de nuevo, llegan muy tarde al lugar de los hechos; por ello, consideran que es necesario cambiar de estrategia ya que pareciera que tales incidentes tienden a ocurrir en lugares diametralmente opuestos a su presencia, por lo que necesitan cubrir el área con más personas. Boruto crea tres clones de sombra pero se niegan a cumplir con la labor pues se encontrarían muy lejos de su original; así, parte de sus amigos y empleados de la oficina de correos se unen a los patrullajes para cubrir más terreno. Luego, un personaje misterioso quien controla al aura maligna aparece en escena, quien manipula al jefe de la oficina, enloqueciendo de inmediato; en ese instante, Boruto y compañía sorprenden al enmascarado, este último huye, pero Metal, Chōchō, Inojin y Mitsuki le esperaban para perseguirle, al final escapa de todos menos de Mitsuki, quien observa como se interna en lo profundo de los alcantarillados, al mismo tiempo, el grupo de Boruto se encarga de ayudar al jefe de la oficina a volver a la normalidad. Controlada la situación, los demás informan a Boruto que el no pudieron capturarle. Luego, una voz en off menciona que el chakra negativo de los corazones débiles abrió la puerta hecha con las células de Hashirama, lo que a su vez sirve de alimento para recuperar a una entidad llamada "Nue".

Durante la clase de ese día se desarrolla un ejercicio de entrenamiento, el equipo de Boruto es el único que no pudo completarlo pues Denki se quedó atrás, Boruto y Mitsuki le ayudan a superar el obstáculo pero no pudieron llegar a la meta. Shino anuncia que toda la clase falló pues a pesar que algunos llegaron a la meta, abandonaron a sus compañeros de equipo. Mitsuki se percata que todos buscan estar alrededor de Boruto, Inojin le explica que probablemente es porque trata de hacer las cosas a su manera sin que lo etiqueten como el hijo de Hokage. Más tarde, Mitsuki visita a Sumire en el hospital, durante la conversación ella revela que es huérfana, asimismo le pregunta cual es su opión acerca de Boruto. Durante la noche, Mitsuki va a casa de Boruto, Hinata les dice que Naruto también cenará con ellos; previo a la cena, Mitsuki conversa con Boruto, este le pregunta si quiere u odia a su padre, antes de responderle, Hinata los llama para cenar. Naruto llega a casa y conoce a Mitsuki; durante la cena, Naruto se detiene repentinamente porque el clon de sombra que dejó en la Oficina del Hokage es informado por Shikamaru acerca de que un fuerte chakra se está extendiendo a través de la aldea, por lo que tiene que hacerse cargo. Boruto se molesta con su padre y se va de la casa, Mitsuki lo persigue y al encontrarlo, le dice que conoce la identidad del culpable.

Mitsuki revela a Boruto que la culpable es Sumire, al mismo tiempo, un grupo liderado por Sai investiga las ruinas del hogar de Tanuki Shigaraki, superviviente de raíz, ahí por medio de una fotografía comprende que se trata del padre de Sumire. La situación es abordada por Naruto, Shikamaru y Kakashi en el despacho del Hokage. Sai y su grupo acorralan a Sumire en el parque Senju, sin embargo esta logra invocar a Núe; Boruto no cree del todo en los argumentos de Mitsuki y quiere comprobar que se trata de Sumire, mientras tanto, el humano sintético recibe la orden de eliminarla por lo que alcanza al Boruto y le detiene utilizando un clon de serpiente, el Uzumaki se libera con sus clones de sombra y a través de su döjutsu conoce la ubicación de la delegada. Una barrera es formada para controlar a la bestia, Naruto opta por hacerle frente pero es detenido por Kakashi, Sai le comenta que la criatura absorbe chakra y sería imparable si se apodera de las reservas del séptimo por otra parte, el sexto dice que tal invocación tiene el propósito de convertirse en una bomba luego de haberse infiltrado en la aldea enemiga. Mitsuki localiza a Sumire, el combate da inicio pero ella no esta a su nivel; Boruto comprueba los deseos de venganza de la delegada, Mitsuki arremete nuevamente en contra de Sumire mientras el Uzumaki se interpone entre sus ataques, su döjutsu se activa y emite una serie de rayos que les envuelve, mientras, la bestia desaparece por medio de un ninjutsu espacio-tiempo y es trasladada sobre Sumire, Boruto y Mitsuki, la delegada pide a la bestia que absorba su chakra por lo que la cubre totalmente con una de sus colas, mientras la traslada a otra dimensión, ambos la siguen antes que el portal se cierre.

Boruto y Mitsuki han sido trasladados a la dimensión donde se encuentra Núe, el Uzumaki, utilizando su döjutsu se percata que es capaz de ver el flujo de chakra y los puntos vitales, ambos se enfrentan a la bestia y logran dominarla. Sumire, quien observaba desde las sombras, entra en acción, Mitsuki le enfrenta pero nuevamente Boruto se interpone en el momento crucial. Las palabras de Boruto logran disminuir el rencor acumulado por Sumire al punto que el aura maligna que la rodea desaparece, el gozu tennō de su espalda se destruye y Núe actúe dócilmente. Como consecuencia de ello, la dimensión en la que se encuentran comienza a colapsar, sin embargo, logran escapar con la ayuda de la bestia al mismo tiempo que son guiados por las voces de Shikadai, Inojin y Denki. Sai llega al lugar y promete ayudar a Sumire, antes de partir, Boruto le dice a la delegada que Núe sigue con vida pues ha visto como un leve chakra está unido a su mano izquierda.

Boruto se pregunta por qué su ojo no ha vuelto a activarse. Mientras, Naruto, Shikamaru y Sai conversan acerca de como las cosas han vuelto a la normalidad en la aldea, este último afirma que Boruto y el tiempo en la academia repercutieron en las acciones de Sumire. Las tareas de reconstrucción en la academia están por finalizar, todos consultan a Shino por el estado de Sumire a lo que él les responde que hay que esperar, nuevos equipos de tres son formados. Mas tarde, Boruto conversa con Naruto acerca de Sumire, su padre le dice que no se preocupe pues no le harán nada malo. Al día siguiente, al finalizar las actividades de equipo, Sumire regresa a la academia, todos sus compañeros se alegran por ella. Posteriormente, Naruto se reúne con Sasuke para entregarle un pergamino que contiene la información acerca del gozu tennō y los avances de raíz, el Uchiha se sorprende la forma en como Danzö se acercó a las técnicas de Kaguya al mismo tiempo que afirma que tal información les ayudará; el Uzumaki le invita a regresar a la aldea, sin embargo, antes de marcharse, Sasuke le pide a Naruto que le diga a Sakura que le perdone por todo. Mientras tanto, en la luna, Toneri Ōtsutsuki afirma que la puerta abierta por Núe se ha cerrado, por lo que el döjutsu de Boruto, al que se refiere como Jögan, no podrá aparecer durante algún tiempo. Por otra parte, en un lugar desconocido, Kinshiki Ōtsutsuki informa a Momoshiki Ōtsutsuki que los mundos de Kaguya parecen destruidos, intuyendo traición, el último concluye que deben adelantar su partida.

Todos se preparan para rendir el examen para pasar de año en la academia, sin embargo, a Denki se le dificulta caminar verticalmente, esto le frustra al mismo tiempo que dice que no quiere ser un repitente como Iwabee, quien le escucha. Mas tarde, Denki sigue practicando mientras Metal se une y le recomienda entrenar escalando una montaña, el Kaminarimon cae al vacío pero es salvado por Rock Lee, quien se ofrece a supervisar su entrenamiento e incluso obsequia uno de sus trajes; al mismo tiempo, Iwabee se esfuerza estudiando aritmética. Al día siguiente, Denki continúa practicando, Iwabee se acerca para darle consejos, los que pone en práctica y le permiten avanzar; de forma recíproca, Denki aconseja al Yuino para progresar en sus estudios; varios días después, ambos han mejorado considerablemente en sus habilidades. Llega el día del examen y ambos se dirigen a la academia, en su camino se encuentran con un edificio en llamas, Iwabee decide ayudar a salvar a unas niñas que se encuentran atrapadas y le dice a Denki que vaya al examen, sin embargo este también ayuda en el rescate; al llegar a la academia el examen ha terminado, ambos explican a Shino lo ocurrido, este les dice que lo que hicieron en el incendio es justo el objetivo que se busca comprobar mediante el examen, por lo que ambos han aprobado, Boruto, Shikadai, Inojin, Chöchö y Metal se alegran por sus resultados.

Sarada y muchos compañeros de clase practican el control de chakra sobre el agua, Shino incrementa la dificultad de la prueba al agitar la superficie indicándoles que es una de las formas en que naturalmente se comporta ese líquido, por lo que deben adaptarse y mejorar su concentración. Al día siguiente, Sarada queda encargada de las labores del hogar puesto que Sakura saldrá de paseo con Ino, al mismo tiempo se ofrece para ayudar a su madre con la entrega de un peluche que reparó y pertenece a una niña que se encuentra ingresada en el hospital. En su camino, olvida el paquete en uno de los vagones del tren, para recuperarlo, debe pasar por una serie de aventuras en las que, en su mayoría, es asistida por Chöchö. Finalmente el peluche es recuperado y entregado a su dueña.

Himawari tiene fiebre, Hinata ha ido a comprar medicina y mientras, Boruto queda encargado de cuidar de ella; recuerdos vienen a la mente del pequeño Uzumaki acerca del día en que su padre fue nombrado séptimo Hokage y la forma, en que por su culpa, su hermana despertó el Byakugan. A su vez, piensa en como Naruto casi no está en casa desde que fue nombrado Hokage, en esos momentos, su padre llega apresuradamente para comprobar el estado de su hija. Luego, padre e hijo discuten sobre lo que Himawari comerá para que se recupere pronto, como consecuencia, una molesta Hinata los echa de la casa argumentando que hagan ruido en otra parte. Naruto invita a cenar a su hijo al ramen de Ichiraku, negocio que ha prosperado enormemente, en ese lugar conversan acerca de diversos temas. Ahí se encuentran con Chöji y Chöchö quienes compiten una vez al mes, sin embargo no logran romper el récord de la "reina comedora"; Boruto pregunta quién es la que puede ganarle a la familia Akimichi y se da cuenta que se trata de su madre. Mientras, Hinata recuerda sobre el día de la toma de posesión y el nuevo sueño de Naruto, cuidar de toda la aldea pues se han convertido en su familia.

Al observar las diversas formas en cómo los demás chicos interactúan con sus padres, Sarada no puede evitar querer saber sobre sus orígenes y su padre, por lo que busca información en los registros públicos, llevándose la sorpresa que la mayoría se encuentra clasificada, asimismo, le pregunta a su madre, pero no obtiene las respuestas que desea, situación que molesta a Sarada al punto de cuestionarle si verdaderamente están casados, esto enfada a su madre por lo que golpea el suelo y como consecuencia su casa queda destruida. Sakura se desmaya y debe ser llevada al hospital, antes de acompañarla, Sarada busca entre los escombros el marco que contiene las fotos de su familia, este se ha dañado y descubre que en la foto donde aparece su padre, se encuentra a su lado una chica, que utiliza lentes similares a los de ella, lo que la hace dudar sobre quién es su madre. Al día siguiente, Sarada se encuentra con Chöchö, quien tras un pequeño enfado con sus padres piensa que no se parece a ellos y debe salir en busca de sus verdaderos progenitores, esto da la idea a Sarada de buscar a Sasuke y preguntárselo directamente; mientras tanto, el Uchiha regresa de otra dimensión y mientras camina por el bosque, es atacado por un misterioso personaje.

Un personaje misterioso ataca a Sasuke, pero se retira al no ser rival para el Uchiha; sin embargo, se sorprende al ver que también es usuario del sharingan. Naruto recibe un mensaje de Sasuke y llama a Kakashi para discutir la situación. Mientras tanto, la persona que atacó a Sasuke habla con alguien más acerca de la fuerza del Uchiha. Naruto decide reunirse con Sasuke, Sarada, accidentalmente escucha la conversación, por lo que decide seguir a Naruto para encontrarse con su padre. Así, junto con Chōchō esperan a Naruto en la entrada de la aldea; el séptimo parte y Sarada se queda atrás pues Chōchō se tropezó. Boruto llega tarde con la comida de su padre; Sarada se ofrece para entregársela, a lo que inicialmente se niega, pero luego de insistir, acepta. En el camino, el mismo personaje aparece en su camino, se presenta como Shin Uchiha y pide a Sarada que vaya con él, ella se niega por lo que las ataca. Naruto las salva y continúa la lucha utilizando el modo sabio de los seis caminos, Shin se retira al reconocer que no puede vencerlo. Sarada entrega la comida y Naruto, por seguridad, decide llevarlas consigo. Luego, el séptimo comenta sobre su rivalidad con Sasuke y la forma en que él y Sarada tienen los mismos ojos; sin embargo, en general le recuerda más a Sakura. Cuando están cerca de llegar al punto de encuentro con Sasuke, Chōchō se cansa y deciden detenerse un momento. Utilizando una excusa, Sarada se adelanta para encontrarse con su padre. Debido la fuerte emoción del momento, su sharingan se manifiesta por primera vez; al entrar a la torre, Sasuke le apunta con su espada pues no la reconoce y piensa que es una compañera de quien anteriormente lo atacó.

Sasuke reconoce a Sarada al llamarlo "papá". Este reclama a Naruto por la presencia de los niños, Sarada dice que vino para hablar con él. Mientras, Sakura comenta a Shizune que no quiere que su hija descubra que su padre era un enemigo de Konoha en el pasado. Sarada le pregunta a Sasuke sobre la mujer de la foto (Karin) y la razón por la que abandonó a su familia por tanto tiempo, él responde que nada de eso le incumbe, acto seguido ella grita y se va; Naruto insta al Uchiha a revelarle a su hija que se marchó para mantenerse vigilante en caso de que apareciera una amenaza similar a la de Kaguya; Naruto busca a Sarada para consolarla, en ese momento son atacados por la espalda, Naruto utiliza el chakra de Kurama para cubrirse, Sasuke se une a la pelea y trata de vencer al enemigo usando el elemento fuego, este usa a Shin como escudo. Tal individuo se presenta como Shin Uchiha y les habla sobre su plan para revivir a Akatsuki. El Uchiha le pide a Naruto que proteja a Sarada; repentinamente, la espada de Sasuke atraviesa a Naruto, Shin explica que esa es su poder ocular. El chakra de Kurama se desvanece debido a la lesión de Naruto; Shin se prepara para atacar a Sarada pero su padre se interpone y es acuchillado en la espalda. Shin se dispone a tomar el sharingan de Sasuke pero Sakura aparece y derrota al enemigo con un solo golpe. Sarada se sorprende de la capacidad de recuperación y el poder del antiguo equipo 7. El séptimo captura a los enemigos, sin embargo, una misteriosa criatura utiliza una técnica espacio temporal para rescatarlos y raptar a Sarada en el proceso, Sakura empuja a su hija y toma su lugar, es así como ella aparece en la guarida de Shin encontrándose rodeada por más enemigos.

Sasuke, Naruto y las niñas van al laboratorio de Orochimaru para obtener información. Mientras tanto, Shin explica a Sakura acerca de cómo las guerras contribuyen a la supervivencia del más apto y el desarrollo de nuevos ninjutsu. En el laboratorio se encuentran con Suigetsu, Jūgo y un Orochimaru de apariencia más joven quien les explica que Shin es uno de sus experimentos que tiene la capacidad única de recibir trasplantes, que de él se proviene el brazo derecho que se implantó en Danzō y que está obsesionado con el apellido Uchiha. Al salir, Sarada pregunta a Suigetsu por la mujer de la foto, le dice que es Karin pero que de momento no encuentra con ellos. Ella le plantea sus dudas sobre su ascendencia, para aclararlas, Suigetsu toma una muestra del ADN de Sarada y las compara con lo que él piensa que es el cordón umbilical de Karin. El resultado da positivo, lo que le hace suponer que Karin es la madre de Sarada, la Uchiha se siente engañada. Naruto la ve llorar y se acerca a ella le pide calma y la consuela, debido a la noticia, su sharingan se manifiesta por lo que el séptimo pone un espejo frente a sus ojos. Sarada le dice que él no puede entender cómo se siente; él responde que es el Hokage y toda la aldea es su familia, le explica que los lazos no solo se basan en las relaciones de sangre o tiempo sino en los sentimientos; así, le pide que sienta el amor entre ella y Sakura, esto la motiva para ir a salvar a su madre. Orochimaru comenta que Sakura ya podría estar muerta, a lo que Sasuke responde que su esposa no es débil. Recuperando sus poderes oculares, Sasuke utiliza Susanoo para transportarlos. Mientras, Shin planea matar a Sasuke y tomar sus ojos.

Naruto y los demás acuden al rescate de Sakura, quien lucha contra Shin. Sarada corre en busca de su madre y Sasuke va tras su hija; mientras, Naruto se enfrenta a los clones del Uchiha. Shin ataca a Sakura y clava dos cuchillas en su brazo, restringe sus movimientos e intenta matarla con un shuriken gigante, Sasuke frena el ataque y asiste a Sakura. Luego, se prepara para acabar con Shin quien ha perdido su pierna izquierda, uno de sus clones se interpone. Shin aprovecha la situación y apuñala a Sasuke a través de su clon. Sasuke cambia de lugar con Sakura usando su rinnegan y derrota a Shin de un solo golpe; mientras, los clones que luchan contra Naruto se acercan a Shin, pero en lugar de salvarlo, lo apuñalan con sus armas diciéndole que únicamente siguen los principios de Shin, creyendo que es su turno para evolucionar. Así, los clones luchan contra Naruto y Sasuke quienes eventualmente comprenden que no podrán vencer, Shin finalmente es neutralizado por Sarada quien demuestra que ha heredado de su madre el control natural sobre el chakra, para gran orgullo de Sasuke y la sorpresa de Sakura. Todos los clones son enviados al orfanato que administra Kabuto, al regresar a la aldea, Chōchō ve por primera vez a Choji en su forma delgada, comprendiendo que es su verdadero padre; mientras tanto, Karin explica a Suigetsu que Sarada es la hija de Sasuke y Sakura. Al día siguiente, Sarada y Sakura se despiden de Sasuke, Antes de partir, Sasuke toca la frente de Sarada, quien se vuelve hacia Sakura y sonríe feliz. En la academia, Sarada le dice a Boruto que desea convertirse en Hokage.

Konoha es la cede de una cumbre en la que participan los Cinco Kages, durante su desarrollo, una vez más, Boruto intenta vandalizar la roca Hokage. Sarada y Sakura colocan en su hogar una foto familiar recién tomada. Con su Sharingan desbloqueado, Sarada entrena con Chōchō para convertirse en Hokage, la Uchiha sigue el consejo de su madre, por lo que de momento planea mantener en secreto su nueva habilidad ocular para evitar ser blanco de ataques. Konohamaru explica a Sarada las características del sharingan y le dice que ahora es su rival para convertirse en Hokage. Durante la cumbre, Naruto revela que Sasuke ha estado usando su rinnegan para investigar otros mundos y teme que uno de ellos albergue peligrosas amenazas, incluso más grande que la de Kaguya. Mientras, los otros Kages expresan su preocupación de que la nueva generación de ninjas no tenga el nivel suficiente para derrotar esas amenazas, Por el contrario, Gaara y Naruto creen que la nueva generación logrará superarlos.

Naruto busca mejorar las relaciones con el país del Agua enviando a los estudiantes de su aldea en una excursión a la Aldea Oculta de la Niebla. El director Iruka está de acuerdo, sin haber transcurrido mucho tiempo, los estudiantes se encuentran a bordo de un crucero. Para sorpresa de los estudiantes, esa aldea se ha modernizado por completo, inclusive más que Konoha, su asombro al interactuar con un pueblo y una cultura diferentes es palpable. Las kunoichis de Konoha están encantadas por los chicos extranjeros, mientras que los Shinobis están más interesados ​​en los juegos y las películas.

La excursión a la Aldea Oculta de la Niebla incluye una visita a la oficina del Mizukage, quien actualmente es el sexto, Chōjūrō. Este comienza su discurso sobre la unidad entre las aldeas, Boruto rápidamente se cansa de esto y el sexto, para su fortuna, lo suspende no sin antes expresarles su deseo de que ambas aldeas se lleven bien entre sí. Más tarde, los ninjas de Konoha asisten a presenciar parte de los entrenamientos de la niebla, Boruto es invitado a participar contra Kagura resultando en una victoria para el segundo. Kagura explica a Boruto y Sarada que Chōjūrō es la razón de la reciente prosperidad de la aldea. Posteriormente, Kagura se toma un tiempo para reflexionar sobre el oscuro pasado de la niebla sangrienta, Iwabe, al escuchar sobre el cuarto Mizukage, expresa su descontento, contándoles cómo su abuelo fue asesinado por el cuarto, y por lo tanto, la niebla no debería esforzarse en borrar tan rápido su historia violenta cuando las consecuencias de la guerra todavía están frescas en la mente de sus víctimas. Durante la noche, un grupo opositor a la gestión del nuevo Mizukage, envían a Boruto y los demás un mensaje haciéndoles saber que han secuestrado a Denki; el objetivo de ese grupo es utilizarlo como carnada y lastimar a Boruto para crear tensión entre ambas aldeas.

Con la ayuda de Kagura, Boruto y sus amigos salvan a Denki de los ninjas de Kirigakure liderados por Hachiya. Posteriormente, Kagura revela a los demás que él es el nieto del cuarto Mikuzage, Yagura, y que teme empuñar su espada debido a que en una ocasión lo llevó a matar a muchos de sus compañeros de clase. Mientras tanto, Shino, Anko y Mei discuten los problemas entre Kirigakure y la Tierra del Agua que podrían desencadenar otra guerra. Los chicos de Konoha entablan amistado con Kagura y él feliz por ello, informa al Mizukage Chojuro sobre su decisión de aceptar su nominación como candidato a uno de los siete espadachines.

Kagura decide convertirse en uno de los siete espadachines de la niebla, por lo que comienza a practicar con la espada Hiramekarei. Boruto felicita a Kagura y le asegura que se convertirá en un buen líder. En ese momento interviene Shizuma quien les cuenta su plan de iniciar otra guerra matando a Boruto. Kagura le insta a cambiar de opinión, en cambio Shizuma le recuerda el momento en que lo detuvo cuando casi mataba a un estudiante en la academia. También, le asegura que el presente Mizukage está contratando asesinos para matar a sus opositores. Boruto lucha contra Shizuma y sus subordinados, a estos últimos el Uzumaki les evade fácilmente utilizando su nueva técnica, Boruto Stream, sin embargo es derrotado por su líder; quien los auto proclama como los nuevos siete espadachines de la niebla y afirma que Kagura es uno de ellos y le ordena matar al hijo del séptimo. Sin embargo, este accede a unirse a cambio de perdonar la vida a Boruto; todos se marchan, el Uzumaki se desmaya a causa de sus heridas. Suigetsu se muestra en Kirigakure, revelando el apellido de Shizuma, Hoshigaki. Boruto le pregunta a Hachiya sobre la relación entre Kagura y Shizuma, este le dice que Kagura se siente en deuda con Shizuma porque lo lastimó en el pasado. Sarada planea contárselo a los profesores, pero Boruto la detiene porque quiere salvar a Kagura. La Uchiha accede con la condición de que la deje acompañarlo.

Shizuma y su grupo acceden a la habitación donde se almacenan las legendarias espadas ninja de la niebla y se apropian de ellas. Boruto y Sarada convencen a Chōjūrō para ayudarlos a derrotar a la pandilla de Shizuma y salvar a Kagura, el sexto Mizukage accede. Suigetsu se enfrenta a Mitsuki y le advierte que no permita que sus orígenes se revelen al salvar a Boruto. Shikadai e Inojin escuchan a escondidas a Suigetsu y Mitsuki, pero son descubiertos, así los recluta rápidamente para ayudar a resolver dicha situación. Sarada y Boruto descubren rápidamente que no se debe jugar con los nuevos siete espadachines de la niebla. La Uchiha es golpeada por un ataque explosivo el cual crea un agujero profundo por el que cae hacia una cueva, ahí es confrontada por Buntan Kurosuki, quien empuña la espada Kiba. La ausencia de Sarada deja a Boruto y Chōjūrō como los únicos dos que quedan para enfrentar a Shizuma y los otros cinco.

Buntan presiona a Sarada con su variedad de técnicas de liberación de relámpagos aumentada por las espadas Kiba, sin embargo, la Uchiha logra mantenerse firme utilizando su Sharingan. Su rival expresa tanto su entusiasmo como su desdén por enfrentarse al sharingan, al considerarlo un rasgo de linaje injusto y un atajo al poder. Sarada le alega que Buntan robó a Kiba pero esta insiste en que se las ganado con su esfuerzo. El combate continúa con la Uchiha copiando continuamente los ataques de su oponente, a medida transcurre la pelea, esta se da cuenta de que los constantes ataques de rayos están calentando el agua a su alrededor y creando niebla. Así, Sarada utilizando un genjutsu atrae a Buntan a la niebla para en el preciso momento utilizar el aumento de hidrógeno para provocar una gran explosión con sus sellos explosivos. Buntan es derrotada y Sarada, agotada, se desploma por usar excesivamente su Sharingan. En otra parte, Suigetsu le da a Mitsuki un pergamino, que cree que ayudará a salvar a Boruto. Mientras tanto, Chōjūrō derriba a Kyohō Fuefuki, Hebiichigo y Hassaku Onomichi; Iwabe llega para encargarse de Ichirōta Oniyuzu y evitar la emboscada al sexto Mizukage, ambos quedan atrapados en una gran explosión. Asimismo, Kagura continúa su lucha contra Boruto.

Boruto intenta apelar al sentido común de Kagura, pero este continúa sus ataques debido a la influencia de Shizuma. Sin embargo, Mitsuki interviene y revela el contenido del rollo que recibió de Suigetsu: una confesión firmada por los benefactores de Shizuma en la que expresan que han cometido asesinatos para comenzar una nueva guerra. Con su plan expuesto, Shizuma ataca a todos con Samehada. Boruto, Kagura y Mitsuki logran vencer a Shizuma, no sin antes de que este se fusione con Samehada convirtiéndose en un monstruo. El Uzumaki y el Karatachi, utilizando a Hiramekarei, superan al transformado Shizuma y se reúnen con Sarada e Iwabe antes de regresar al hotel.

Habiendo roto la promesa que le hizo a Himawari al olvidar de conseguirle un recuerdo del país del agua, Boruto busca la manera por medio de la cual ella recupere su fe en él, por lo que le asegura que le ha traído unas tiras de arroz dulce de Kirigakure pero que las extravió en el equipaje de sus amigos. Así, se dirige a una tienda recomendada por Sarada; para conseguirlos, el Uzumaki juega al Shinobi Bout con la dueña de la tienda, una anciana. Sin embargo, este renuncia al juego pues puede ver las cartas de la anciana a través del reflejo de un tarro brillante que tiene a sus espaldas, esto lo hace del conocimiento de la dueña y le pide iniciar una nueva partida. La anciana finalmente le da dulces a Boruto y este se los lleva a su hermana. Mientras, en el país del agua todo vuelve a la normalidad, Shizuma y su banda han sido encarcelados mientras Kagura retoma las enseñanzas de Chōjūrō, el Karatachi escribe a Naruto para agradecerle por todo y a la vez disculparse por no despedirse a su partida de la aldea, le promete volver a verlo al dominar sus debilidades y convertirse en un digno heredero de la Hiramekarei.

Inojin Yamanaka ha amado dibujar desde pequeño y al utilizar la técnica Chōjū Giga estos dejan el papel y actúan de acuerdo a su voluntad. Sin embargo, en su intento por involucrar la tecnología para mejorar su rendimiento, se vuelve incapaz de usarla. El confundido Inojin busca a su padre, Sai, quien usa la misma técnica, este le recomienda que participe en un concurso de dibujo dirigido a niños. A pesar de que a Inojin le va bien en la competencia, Himawari Uzumaki es declarada como la ganadora. Esto hace que el pequeño Yamanaka decida utilizar en un examen el jutsu cambio de cuerpo y mente de su madre, sin embargo, el poco entrenamiento genera resultados deficientes. Inojin se da cuenta de que ha perdido algo importante y pide a Himawari que sea su maestra. Finalmente, Inojin se da cuenta de que perdió su amor por el dibujo pero con la ayuda de Boruto y Himawari logra conectarse de nuevo con sus sentimientos.

Boruto se da cuenta de que la graduación de la academia ninja podría marcar el final de la amistad entre el grupo; por este motivo el Uzumaki organiza una excursión con el objeto de acampar y atrapar un pez denominado "carpa eterna" para que comiéndola, sus vínculos de amistad permanezcan. La idea agrada a todos y parten hacia la aventura en su próximo día libre, Denki facilita las instalaciones de su familia para acampar ya que en el río de esa propiedad transitan carpas eternas. Sus primeros esfuerzos no rinden frutos, sin embargo, Boruto no se rinde y finalmente, con la ayuda de todos, capturan a una de ellas, posteriormente todos disfrutan de la pesca y de esta forma los lazos de amistad del grupo son fortalecidos mientras contemplan las estrellas en el firmamento.

Previo a los exámenes de graduación, se decide que los estudiantes participen en una entrevista de tres personas para discutir sus planes futuros. Boruto, que ha aprobado sus cursos de ninjutsu con gran éxito, se da cuenta de que su camino para convertirse en ninja ha sido fácil y sin problemas, sin embargo no se encuentra tan seguro que desee continuar en ello. Mas tarde, mientras el resto de los estudiantes se preparan para sus pruebas finales, Boruto se encuentra con un periodista llamado Sukea, quien está entrevistando a cada uno de los candidatos para saber sobre sus motivaciones para seguir adelante. Esa noche, Hinata le dice a su hijo que no se opondrán en caso que él no desee continuar el camino ninja pues desean que camine en la senda que a él le guste. Al día siguiente, Boruto vuelve a acompañar a Sukea en sus labores, a finalizar el día se despiden, no sin antes aconsejarlo a buscar un propósito para su vida. Más tarde, Iruka, el director de la academia ninja, sostiene una conversación con Sukea quien revela su verdadera identidad resultando ser Kakashi, el sexto Hokage. Este le comenta a Iruka que como organizador del examen le preocupa la actitud de muchos de los candidatos, por lo que solamente al final de su dura prueba sabrá quienes lograrán mantenerse en ese camino.

Las perfectas calificaciones obtenidas por Boruto en el examen escrito de la academia ninja despiertan el interés de Kakashi por lo que decide ponerlo a prueba. Así, Kakashi dirige el desarrollo de la segunda fase, aprobando aquel quien logre quitarle la campanilla que esta en su poder. Sin embargo, para llegar al sexto, deberán vencer a Shino, Anko y Konohamaru. Shikadai, Inojin y Chocho se enfrentan a Anko, Sarada y Sumire se enfrentan a Konohamaru, Mitsuki se enfrenta a Shino, mientras, Boruto se enfrenta a Kakashi. Durante su combate, el sexto afirma que Boruto tiene el potencial de convertirse en un ninja de nivel Chūnin pero que carece de algo esencial para graduarse y por ello será lo más lejos que llegará.

Boruto es salvado por Iwabee y Mitsuki, quienes se retiran para reagruparse. Durante la noche, el grupo piensa en la estrategia para derrotar a sus superiores, mientras, Boruto medita en su determinación para convertirse en un ninja al mismo tiempo que la contagia al grupo. Más tarde, los profesores vuelven a ser retados y gracias al trabajo en equipo esta vez son derrotados. Al día siguiente, actuando de la misma forma, logran atrapar a Kakashi dentro de una barrera mientras Boruto intenta quitarle la campanilla. Aunque fallan, Kakashi, para sorpresa de los estudiantes, dice que han pasado la prueba desde el momento en que decidieron unirse para enfrentarle. Por lo tanto, a partir de ese día Boruto y todos sus amigos se convierten en ninjas.

Se forman equipos de tres, Boruto, Sarada y Mitsuki son designados como el equipo 3 bajo las enseñanzas de Konohamaru. Inmediatamente, la Uchiha solicita que la distribución sea reconsiderada, Boruto está de acuerdo. Konohamaru les dice que la única forma en que esto puede ser autorizado es haciéndole la petición directamente al Hokage. Mientras se apresuran a la oficina del Hokage, Sarada, sin quererlo, revela su Sharingan a Boruto, al llegar Shikamaru les dice que Naruto no se encuentra ya que se encuentra en una misión oficial; posteriormente, Mitsuki se reúne con sus compañeros y les entrega la una copia de la agenda del séptimo, así, se dan cuenta que Naruto se encuentra entrenando a algunos Jōnin de la aldea. Al llegar al lugar se encuentran con con Mirai Sarutobi, la nieta del Tercer Hokage, quien les indica que tiene órdenes de no dejar pasar a nadie. Ambos, sin éxito, luchan para superar las habilidades avanzadas de Mirai; por ello, Konohamaru y Mitzuki les dice que reconozcan las fortalezas de los demás y usen el trabajo en equipo. Haciendo esto, superan a Mirai y se reúnen con Naruto. Al reunirse con él, en lugar de solicitar un cambio, solicitan que ser reconocidos como "Equipo 7" en honor al escuadrón del que formaban parte sus padres, afirmando que los superarán algún día.

Va a comenzar la primera misión del equipo 7 pero Boruto llega tarde. Entonces nos muestran el pasado de Mitsuki: había perdido la memoria y está con Orochimaru, van en busca de algo que está custrodiado por el que resulta ser un clon del mismo solo que este es llamdo Log, pero más mayor. Orochimaru y Log lo hacen dudar, entonces nuestro Mitsuki despierta el modo Sennin Ka y huye con lo que habían venido a buscar. Resulta que dentro del pergamino está una persona que representa su Sol: Boruto, por lo que desde ese momento empieza su misteriosa obsesión con él.

La primera misión del equipo 7 es sacar a unos bandidos de un pueblo cercano. Resulta que esos bandidos también han contratado ninjas y dudan si dejar la misión o no, puesta que ha ascendido a ser de Clase B. Finalmente deciden quedarse para no perder el honor. Por la noche los atacan con genjutsu y secuestran a la jefa del pueblo.

Descubren que el padre de la jefa lo resolvía todo solo, era muy fuerte. Entonces ella también quiere hacerlo, por lo que no cuenta con los demás y se arriesga. Esto le enseña una lección a Boruto, sobre el compañerismo. Konohamaru acaba con uno de los ninjas y Boruto, Mitsuki y Sarada juntos acaban con el otro.

El equipo 7 despues de completar su primera misión contra ninjas solo tienen misiones que son tareas, lo que aburre a Boruto. Por fin les asignan una misión que gusta más a Boruto: ir a un secuestro de un banco. Resulta ser que el que lo secuestra es muy novato y quiere suicidarse, porque nada le va bien. Es el verdadero creador del videojuego al cual Boruto está enganchado, pero nadie lo sabe. Boruto lo anima y aprendre que todos los trabajos son importantes, incluso los que no se ven. Aun así, el hombre activa la bomba por error y Boruto lo salva usando Raiton. Boruto se va contento a casa a jugar a su videojuego, después de aprender orta valiosa lección (qué casualidad eh javito). Finalmente resulta que un grupo de ninjas lo habían incitado a cometer el robo: el grupo Noche Blanca.

El grupo noche blanca trata de quitar dinero a los ricos para dárselo a los pobres, por eso han robado una joya. Boruto, Sarada y Mitsuki van con un científico que les ayuda a quedar con los atracadores mediante el mercado negro. Consiguen quedar pero es una trampa, persiguen al grupo Noche Blanca hasta una villa pobre, la cual necesitaba este dinero para sobrevivir. Boruto desiste con la misión. Mientras, Shikadai hace un amigo con el que juega al juego de mesa de su padre.

Durante otro ataque de la pandilla Byakuya, Metal es herido. Aunque Boruto aún tiene conflictos sobre la Banda de Byakuya, todavía siente que sus métodos no son buenos. Como a los Genin no se les permite luchar contra ellos, Boruto y sus amigos se preguntan qué podrían hacer. Uno de los miembros de Byakuya Gang, Ryogi, se revela como el niño que se hizo amigo de Shikadai, y es enviado a Konohagakure, pero en su lugar juega shogi con Shikadai nuevamente. Más tarde, la madre de Shikadai, Temari Nara, embosca a Ryogi y se une con Boruto y su hijo para detenerlos. Sin embargo, fallan.

Hay protestas anticapitalistas contra las compañías en Konohagakure creadas por Byakuyas. A pesar de sus dudas, Ryogi decide que pertenece a su grupo. Luego recuerda la muerte de sus padres hace años y cómo atacó al asesino al despertar su técnica de lanzamiento de hielo. Salvados por el líder de Byakuya, Gekko, quien revela que son ninjas independientes, Ryogi se unió a ellos para ocupar el puesto de su padre. Sin embargo, en el presente, Ryogi se reúne nuevamente con Shikadai para interpretar a Shogi. Después del juego, Shikadai demuestra que Ryogi es de Byakuya. Luego intenta hacer que se vaya de Byakuya pero Ryogi escapa afirmando que Shikadai no tiene potencial para pelear como ninja.

La compañía Kaminarimon comienza a recibir múltiples quejas manipuladas por Byakuya que planifican la "Estrategia de Crest of Night". Los ninjas luego reúnen al joven Genin, ya que Byakuya y civiles planean atacar al Kaminarimon. El equipo de Inojin, Shikadai y Chocho prepara un plan para detener a posibles ladrones, con Shikadai dándose cuenta de que el objetivo real podría ser el laboratorio de investigación. Mientras Choji, Sai y Kiba tratan de calmar a los manifestantes, los Byakuyas intentan robar a Katasuke. Shikadai y Boruto deciden trabajar juntos para enfrentar a los Byakuyas. Los dos no pueden salvar a Katasuke del enemigo, pero los científicos lograron dejar el localizador sobre ellos para que los dos ninjas los usen. A través del Sharingan de Sarada, los ninjas aprenden que los manifestantes están siendo controlados. Los Byakuyas luego son emboscados por Boruto y el equipo InoShikaCho. Shiikamaru, Inojin y Chocho se enfrentan a los subordinados de Gekko, mientras que Shikadai y Boruto buscan al líder. Naruto logra calmar a los manifestantes mostrándoles las identidades reales de Byakuya y su uso de genjutsu. Gekko y Ryogi son confrontados por Shikadai y Boruto.

Ryogi se enfrenta a Boruto y Shikadai, afirmando que a pesar de convertirse en un ladrón, Gekko le salvó la vida en el pasado. Ryogi inicialmente intenta colocar a Boruto en una ilusión, pero Gekko juzga la lealtad de Ryogi haciéndole matar a los ninjas de Konohagakure. Boruto y Shikadai intentan enfrentar a Ryogi y Gekko, pero Gekko escapa antes de convertir a su seguidor en un berserker con su genjutsu. Con la ayuda de Boruto, Shikadai calma a Ryogi y lo maquilla. Aunque creen que Gekko logró escapar, Naruto lo alcanza y lo derriba, recuperando el pergamino de Katasuke. Ryogi acepta ser encarcelado.

Cuando Naruto anuncia los exámenes en los que el ninja de "genin" de baja clase puede convertirse en "chunin" de rango medio, Iwabe se desespera con el fracaso una vez más mientras interactúa con Denki y Metal. Su equipo, Squad 5, tiene la misión de aparecer en una película. Aunque realizan sus técnicas buenas para el director, su líder, Udon, cancela la misión. Iwabe se enoja por este trabajo y termina peleando contra sus compañeros de equipo. Udon los calma revelando que también solía sufrir de esta presión. Más tarde esa noche, el Equipo 5 ve un edificio colapsar y ahorra a los realizadores que echan un vistazo allí. Como el director desea reprogramar la serie, Naruto felicita al Equipo 5 afirmando que nunca aprobó los exámenes a pesar de ser el Hokage.

El escuadrón de Hanabi, el Equipo 15, tiene la misión de capturar múltiples animales liberados por una persona desconocida. Hanabi le da permiso a Wasabi, Namida y Sumire para capturarlos solo por el hecho de que no son peligrosos. Sin embargo, Sumire se pregunta si debería decir a Wasabi y Namida la verdad sobre el Caso Fantasma. Mientras que la misión avanza sin problemas, Wasabi se molesta por las acciones de Namida que la hacen abandonar el trabajo. Solo, Namida trata de atrapar al último animal, el mono en miniatura, pero es perseguido por un lobo. Con la ayuda de Sumire y Wasabi, Namida puede calmar al lobo. Al finalizar la misión, Sumire confiesa que estaba detrás de las acciones de Nue, pero que el trío lo inventó.

Konohamaru se presenta en la oficina del Hokage para presentar el reporte de la misión de ese día, ahí se encuentra a Shikamaru organizando los documentos del Hokage, este le comenta al Sarutobi que Naruto está ocupado con el señor feudal, asimismo, le confirma que los exámenes Chūnin se acercan por lo que deben meditar quienes están listos para someterse a ellos. Posteriormente, Shino, Konohamaru, Moegi y Udon conversan sobre el progreso individual realizado por sus alumnos y se preguntan si se encuentran aptos para ser inscritos. Durante la noche, Hanabi se une al grupo, ella obliga a Shino a beber sake, lo que no resulta ser una buena idea pues todos los insectos dentro de su cuerpo pierden el control.

El equipo 7, Hinata, Himawari y Sakura celebran el cumpleaños de Boruto, quien se encuentra triste por la ausencia de su padre. Boruto visita a Katasuke quien le anima al decirle que le reconoce por sus habilidades al contrario de otros ninjas quienes creen que tiene suerte por ser el hijo del Hokage. Al regresar a casa, Himawari se pregunta si su padre estará en su próximo cumpleaños, lo que hace que su hermano mayor se lo prometa. El equipo 7 recibe la misión de solucionar una situación relacionada con asaltos en una aldea cercana; mientras tanto, Naruto se entera de nuevas ruinas utilizadas por Kaguya Ötsutuski, por lo que decide hacerse presente en una de ellas. Antes de su partida, Boruto le hace prometer a su padre que estará presente en el cumpleaños de Himawari. Luego, el Equipo 7 descubre que la mayoría de los ladrones fueron asesinados por un ser al que un sobreviviente identifica como una criatura blanca por lo que se adentran a una mina para investigar al respecto, ahí encuentran los cadáveres de las malhechores y son emboscados por una criatura que Konohamaru identifica como zetsu blanco.

Posterior a un breve enfrentamiento, el zetsu blanco escapa. Konohamaru explica a los demás que son criaturas creadas por Kaguya Ötsutuski, de quien se originan todos los ninjas y que hace quince años fue derrotada en la cuarta guerra mundial ninja. Sarada convence a Konohamaru de seguir luchando y así, el Equipo 7 vence a un zetsu blanco. Más tarde, el equipo se da cuenta de que Sasuke ha estado en la zona al percibir su técnica "amaterasu", que fue utilizada para destruir al resto de zetsus. Konohamaru revela a sus alumnos que Sasuke se encuentra en una misión secreta para investigar al clan Ötsutuski, por lo que tienen que mantener el secreto para el resto de su aldea y el mundo ninja; poco después, el Equipo 7 abandona el área. Mientras tanto, en la dimensión de hielo de Kaguya, Sasuke se enfrenta a un ser llamado Kinshiki y su maestro Momoshiki.

El cuerpo de Toneri ha sido congelado por Urashiki Otsutsuki, un miembro de la rama principal del clan Otsutsuki, quien lo acusa de traidor por no haber cumplido sus funciones y hacerle algo a los ojos de Boruto. Mientras tanto, Boruto se siente impotente por no ser capaz de derrotar al Zetsu Blanco, sus compañeros de equipo y otros equipos ninja que buscan participar en los Exámenes Chunnin. Sarada convence a Boruto para que participe con ellos para mostrar al Hokage cuánto creció en sus misiones. Más tarde, la familia Uzumaki celebra el cumpleaños de Himawari. Boruto está furioso al descubrir que Naruto usó un Clon de Sombra para la celebración y arruinar el pastel de Himawari. Sasuke regresa a a la aldea buscando hablar con Naruto, por lo que visita su casa.

Sasuke informa a Naruto y Shikamaru sobre su encuentro con Kinshiki y Momoshiki en una de las dimensiones de Kaguya y su escape con un pergamino que necesita ser descifrado y no puede ser leído ni siquiera por su rinnegan. Al marcharse, Sasuke es confrontado por Boruto, quien se sorprende por las habilidades del Uchiha y le pide que sea su maestro. Sasuke lo condiciona a que primero aprenda el Rasengan, un jutsu creado por el abuelo de Boruto, el cuarto Hokage Minato Namikaze. El Uchiha se marcha a su casa para reunirse con Sakura y Sarada; esa misma noche Boruto pide a Konohamaru que le enseñe como dominar el Rasengan. Luego de días de entrenamiento, Boruto crea una versión miniatura del Rasengan, se lo muestra a Sasuke y este menciona que es más pequeño de lo normal, el Uzumaki se retira molesto pensando que el Uchiha lo ha rechazado, sin embargo este estaba por aceptarlo como su alumno. Mas tarde, Katasuke pide a Boruto que use su invención para replicar la técnica sin problemas; al día siguiente, Boruto muestra a Sasuke un Rasengan totalmente formado, y aunque este se percata que el hijo del séptimo está utilizando tecnología, lo acepta como discípulo.

Sasuke inicia con el entrenamiento de Boruto. Al finalizar ese día, el Uzumaki le pregunta al Uchiha sobre los puntos débiles de su padre y este le dice que para comprenderlo debe conocer acerca del pasado del séptimo. Iwabe, Sumire y los demás entregan sus solicitudes para el examen; mientras, Boruto continúa con su entrenamiento. Al día siguiente, luego de conversar, Boruto, Sarada y Mitsuki también deciden aplicar para los exámenes; mientras tanto, Urashiki Ōtsutsuki informa a Momoshiki y Kinshiki sus hallazgos del planeta en el que se estableció Kaguya, dicho esto se trasladan inmediatamente para cumplir con la tarea encomendada a Kaguya, por lo que inician atacando al Jinchūriki de la bestia de ocho colas, Killer Bee, quien es sometido fácilmente por los miembros del clan Ōtsutsuki. Mientras, el quinto Kazekage, Gaara se despide en la estación de trenes de su hermano y de tres de los gennins de su pueblo quienes parten con rumbo a Konoha para rendir los exámenes, luego, Shukaku contacta con el cuarto para contarle que tiene un mal presentimiento pues repentinamente ha perdido su conexión con el hachibi.

Los exámenes Chūnin están a punto de comenzar, muchos de los Genin de los otros pueblos llegan a Konoha. Entre los aspirantes destacan: de la aldea oculta de la arena el hijo adoptivo de Kazekage, Shinki, y sus compañeros de equipo, Yodo y Araya. De la Aldea Oculta de la Niebla, los trillizos Senka; de la Aldea Oculta de la Nube, Yurui, Iroi y Tarui; y, de la Aldea Oculta de las Rocas, el trío de los Genbu. Las tensiones aumentan entre los participantes que se preparan para la primera ronda de los exámenes Chūnin, en ella, muchos de ellos son descalificados al no vencer las trampas que han sido colocadas por Tenten en el bosque o no trabajar en equipo para evitar caer en un pozo negro. Así, quienes aprobaron se encuentran listos para la segunda prueba, que dará inicio en tres días.

Boruto continúa con su entrenamiento. Durante la noche, Gaara comenta con Chōjūrō y Sasuke que fue atacado por Urashiki Ōtsutsuki, el Uchiha considera cancelar los exámenes pero los Kages se niegan justificando que el Hokage y el País del Fuego perderían credibilidad. Al día siguiente, la segunda ronda de los exámenes de Chunin comienza a desarrollarse, en ella, equipos de tres deben capturar la bandera del equipo rival. Sarada y Mitsuki parten hacia territorio enemigo mientras Boruto se queda protegiendo su bandera. Los trillizos Senka se enfrentan al Uzumaki utilizando clones de sombra poniéndolo en aprietos. Al verse casi derrotado, Boruto utiliza la herramienta científica ninja, esta le permite vencer fácilmente, Sarada obtiene la bandera enemiga y avanzan a la siguiente ronda. Más tarde, Naruto felicita personalmente a su hijo y le desea éxito en la próxima ronda.

Una nueva ronda ha iniciado, esta consiste en batallas individuales bajo el formato de torneo. En el primer combate, Boruto se enfrenta a Yurui de las Nubes, a quien derrota fácilmente al hacer uso de la herramienta ninja. Shikadai se enfrenta contra Yodo de la Arena, resultando victorioso el Nara. Sarada derrota sin problemas a Tarui de las Nubes mientras que Inojin es derrotado por Araya de la Arena. Mitsuki gana su combate contra Toroi de las Nubes; por otra parte, el combate de Chōchō contra Shinki de la Arena comienza a desarrollarse.

Chōchō inicia su combate contra Shinki de la Arena quien se presenta increíblemente tranquilo y sin embargo, amenazador. A medida el combate transcurre, la Akimichi se muestra muy seria en el combate, sin embargo no es rival para el hijo adoptivo de Gaara; luego, Chōchō es animada por sus compañeros de equipo. A continuación se enfrentan Boruto Uzumaki y Shikadai Nara, el combate pone en evidencia la forma en que ambos han mejorado su nivel en combates. Sin embargo, la balanza se inclina a favor de Shikadai, quien se las arregla para capturar a Boruto y sus clones con su versión expandida del Kagemane no Jutsu, al verse en ese aprieto, el Uzumaki utiliza la herramienta ninja para crear un clon de sombra adicional y así tomar ventaja para proclamarse vencedor.

El combate entre Sarada y Araya de la Arena comienza. Sarada lanza ataques de katon y nota algo extraño en su rival, siente como que no tiene sentimientos. Luego de ese análisis decide utilizar Genjutsu y no le hace efecto alguno y termina siendo lastimada en su brazo, ahi es donde ve los hilos de chakra y decidir lanzar un ataque al techo de la arena de combate donde en realidad estaba Araya controlando un títere igual a él, al descubrir al enemigo decide acabar con el títere con con el jutsu bola de fuego y así se proclama vencedora. El segundo combate es entre Mitsuki y Shinki de la Arena. Shinki demuestra nuevamente su habilidad de controlar la Arena de hierro mientras que Mitsuki intenta de muchas maneras hacerle daño, logra hacerle daño con "relámpago de serpiente" al final resulta ser un clon de arena y Shinki tiene contra cuerdas a Mitsuki y lanza un ataque pensando que Mitsuki usará todo su poder pero sucede lo contrario y se rinde resultando ganador Shinki. Al final le pregunta Shinki a Mitsuki por qué lo hizo a lo cuál Mitsuki responde que si usa todo su poder podría meter en problemas a su padre Orochimaru. Asi termina dejando todo listo para la gran final.

Boruto, Sarada y Shinki participan en una batalla campal. Shinki, como el único representante de la Arena, está decidido a preservar el orgullo de su aldea, en consecuencia ataca a Boruto y Sarada. El Uzumaki y la Uchiha forman una alianza para vencer al hijo adoptivo del quinto Kazekage, sin embargo, este levanta una defensa impenetrable utilizando Jiton. Sarada cae, el hijo del séptimo ataca utilizando "boruto stream", su chakra está casi agotado, sin embargo este se niega a darse por vencido por lo que hace uso de la herramienta científica ninja y libera un ataque de Shiden, con el que deja fuera de combate a su oponente, esto causa sorpresa en los espectadores, pues desconocen el momento en que aprendió ese jutsu. A pesar que Boruto gana el combate, es descalificado por Naruto al haber hecho uso artefactos no permitidos en los exámenes, retira su banda y le dice que no merece ser llamado ninja, ambos discuten; mientras, Katasuke interfiere al anunciar el dispositivo y se refiere al pequeño Uzumaki como su probador. Repentinamente, Momoshiki y Kinshiki llegan a Konoha.

Momoshiki, Kinshiki y Urashiki del Clan Ōtsutsuki aparecen repentinamente Konoha. El ataque inicial de Kinshiki compromete la estructura del estadio, por lo la evacuación inmediata es necesaria. Luego, Kinshiki ataca a Sarada quien es rescatada por Sasuke; Boruto, procurando defender a su padre, ataca a Momoshiki utilizando la herramienta científica ninja; el Uzumaki lanza jutsu tras jutsu en contra del Ōtsutsuki sin éxito alguno. Mientras tanto, Urashiki muestra curiosidad ante el extraño poder de Mitsuki, por lo que decide robar su chakra alegando que es peligroso que lo utilice contra ellos, sin embargo, Gaara junto a Chōjūrō se convierten en sus nuevos oponentes. Los Ōtsutsuki son frenados momentáneamente por Shikamaru pero Momoshiki absorbe el jutsu del Nara utilizando su rinnegan; acto seguido, explican que han venido por el chakra de Kurama pues su objetivo es continuar la labor de Kaguya y revivir al dios árbol para obtener su poder y crear píldoras de chakra comestible. Momoshiki les demuestra de lo que habla al usar su Takami Musubi no Kami, que devuelve con más potencia los jutsus absorbidos, estos son frenados por Naruto quien utiliza el modo sabio de los seis caminos ante un sorprendido Boruto quien observa por primera vez la magnitud del poder de su padre, Sasuke ayuda en el combate cubriendo a Kurama con Susanoo. Gaara y Chōjūrō consiguen doblegar a Urashiki pero el Ōtsutsuki utiliza su rinnegan y escapa teletransportándose. Por otra parte, Momoshiki lanza una super Bijūdama, Naruto se emplea al máximo y la contiene no sin antes encargar a Sasuke la protección de los niños, así el séptimo recibe de lleno la explosión ante la mirada de un afligido Boruto.

Naruto utilizó todo su poder para proteger a su aldea e invitados de los ataques del Clan Otsutsuki. Boruto despierta y medita en lo ocurrido, finalmente se ha dado cuenta de la magnitud del amor de su padre por Konoha y los suyos. Al reincorporarse, observa a sus amigos asistiendo a los heridos por el ataque y a otros trabajando en las reparaciones; al llegar a la oficina del Hokage reconoce sus debilidades como persona y comprende que le falta mucho camino por recorrer, al mismo tiempo, comprende totalmente el significado de las palabras de Naruto. Sasuke interviene y le da toda la razón, sin embargo hace énfasis a sobreponerse a tales circunstancias pues le reconoce como un shinobi muy fuerte, el que con la dedicación necesaria, les superará un día. Así, se preparan para el rescate del séptimo, misión a la que se suman los demás Kages, en ese momento, Sasuke entrega a Boruto la bandana que en su momento le perteneció y que Naruto guardó hasta su batalla final, el Uzumaki la acepta y la coloca en su cabeza. Luego de encargar a los demás la defensa de Konoha, el Uchiha utiliza su rinnegan para que teletransportarse a la ubicación señalada en el pergamino de Kaguya y traer de vuelta a Naruto.

Boruto, Sasuke y los Kages salvan a Naruto en el momento que Momoshiki absorbía su chakra. El Uchiha y los líderes de las aldeas sostienen una intensa batalla contra Momoshiki y Kinshiki, al mismo tiempo, Naruto y Boruto conversan acerca de sus errores y fortalecen su relación padre e hijo. Mientras, en Konoha, Shikamaru y Shikadai trazan las estrategias para proteger la aldea. Los Ōtsutsuki se encuentran acorralados, ante tal circunstancia, Momoshiki convierte a Kinshiki en un fruto de chakra y lo devora, su apariencia sufre una transformación y advierte a Naruto que será el siguiente.

Momoshiki ataca al grupo y como resultado deja a cuatro Kages fuera de combate. Naruto y Sasuke se emplean a fondo y continúan la batalla en contra del Ōtsutsuki, así, este es derrotado por los ninjas de Konoha. Sin embargo, Katasuke, quien persiguió al grupo, lanza múltiples ataques de chakra utilizando su herramienta científica ninja, esto permite que Momoshiki se recupere al absorber ese chakra. Posteriormente, Boruto y Naruto crean un enorme Rasengan mezclado con el elemento rayo, así, el primero, en un ataque conjunto con Sasuke, se enfrenta nuevamente al Ōtsutsuki, el Uzumaki alcanza con su técnica a Momoshiki, antes que su vida acabe, este habla con Boruto y le entrega el sello de Karma haciendo énfasis en que ha dejado de ser una persona ordinaria.

Luego de derrotar a Momoshiki Otsutsuki, Boruto y los demás regresan a casa. Boruto decide disculparse con todos por su comportamiento y sus acciones durante los exámenes Chunin. Se revela que Boruto recibe un sello en la palma de su mano, llamado Karma tras vencer a Momoshiki Otsutsuki, quien le dijo que “a partir de ahora llevarás un destino cruel”, en una escena post-creditos, Urashiki aparece en el planeta donde Momoshiki fue derrotado y piensa que el joven Boruto podria convertirse en una amenaza seria para la rama principal del clan por lo que este decide mantenerlo vigilado y reportar su descubrimiento a sus superiores.

Akamichi Chocho del trio Ino Shika Cho tiene un tipo de cuerpo bien redondeado y ama la comida deliciosa. Al decir eso, debido a su edad, comienza a desear a un novio guapo, y así comienza a cuidar su figura. Durante ese tiempo, el Equipo 10 del trío Ino Shika Cho y el equipo 7 con Boruto y sus amigos tienen la tarea de proteger al actor principal del popular drama televisivo, Tomaru, y su novia en el show, Ashina, juntos. Boruto se reúne para escuchar sobre los detalles de la misión, y ve a una mujer muy joven que nunca había visto antes

El equipo 7 y el equipo 10 están visitando el lugar de rodaje del drama para su misión cuando son atacados por ninjas con máscaras antigás y una actriz resultó lesionada. El actor principal Tomau ha clasificado a una persona para reemplazar a la actriz, y esa persona será Chocho ...!? Tomaru se ha interesado por el nuevo cuerpo adelgazado de Chocho y la actitud de Tomaru y Chocho esta sobre la luna.

El rodaje está por finalizar, mientras tanto, el ninja en la máscara antigás aparece nuevamente y secuestra a Tomaru. A pesar de todo lo sucedido, Chōchō sigue preocupada por Tomaru y se molesta con Konohamaru, Moegi y los demás por no detener al secuestrador. Mientras tanto, Ashina se ofrece para entregar el dinero del rescate, los demás vigilarán desde puntos estratégicos garantizando su seguridad. Finalmente todo se descubre resultando en un plan de Ashina para recuperar su protagonismo; luego de una conversación con Mitsuki, la autoestima de Chōchō se ve fortalecida.

Rock Lee desea entrenar a su hijo, Metal, para que domine el Kinjutsu de la liberación de las Ocho Puertas Internas. Sin embargo, el hecho de pensar que no puede fallar en dicho entrenamiento genera extremo nerviosismo en Metal por lo que compra un artículo que supuestamente le dará tranquilidad, esto no funciona y su padre decide posponer el entrenamiento. Mientras reflexiona en lo sucedido, Metal se encuentra con Might Guy, el maestro de su padre y un héroe de la Cuarta Gran Guerra Ninja, quien asegura que la clave para sobreponerse al nerviosismo es aceptándolo. Así, a su manera, Metal logra sobreponerse a tal situación y demuestra a su padre que está listo para ser entrenado

En Konoha se lleva a cabo la primera cumbre de los cinco Kages desde que ocurriera el ataque del Clan Otsutsuki. Asimismo, sus predecesores se han hecho presentes, con la excepción de Ōnoki, el Tercer Tsuchikage, pues se extravió en el camino; mientras tanto, en vista de estos acontecimientos, al equipo 7 le asignaron tareas de seguridad y posteriormente se les encomienda localizar al tercero. Así, mientras recorrían la aldea, encuentran de casualidad a Ōnñoki quien les pide un recorrido por la aldea, durante el recorrido Boruto obtiene la respuesta a un acertijo planteado por su padre, el tercero le comenta que originalmente fue él quién planteó a Naruto esa pregunta. Mientras, un Mitsuki con muchas interrogantes se percata que alguien ha entrado a su casa y le ha dejado una carta.

Mitsuki ha desaparecido y Boruto y Sarada no logran encontrarlo. Mientras, la aldea está en alerta máxima por un ataque y parece que podrían haber secuestrado a su amigo, así que deciden espiar de qué hablan los adultos.

Sarada y Boruto quieren encontrar a Mitsuki, en quien todavía confían pese a todo, así que buscan respuestas con Orochimaru. En la aldea, Naruto da explicaciones sobre por qué acepto al hijo del peligroso criminal Orochimaru en Konoha.

El equipo Inoshikacho sorprende a Boruto y Sarada, pues su misión es llevarlos de vuelta a la aldea. Los dos bandos tienen sus razones para no ceder.

Boruto y sus amigos llegan a la Cueva Ryuchi, donde les espera el Sabio de la Serpiente Blanca. El lugar parece muy diferente de lo que imaginaban, pero ¿ocultará alguna trampa?

Boruto, Sarada y el restoo se adentran en la Cueva Ryuchi buscando a Galaga, la serpiente gigante de un ojo a quien deben arrebatar la escama gekirin. Pero ¿y si hubiera más serpientes?

Boruto y los demás trabajan juntos para obtener la escala inversa de Garaga. Pero la batalla resulta difícil, ya que Garaga tiene el poder de detectar la ubicación de sus enemigos y convertirlos en piedra. En medio de la batalla, el equipo nota inconsistencias en los movimientos de Garaga y crea una estrategia exitosa para dominarlo. Boruto se apodera de una sensación extraña y hace de Garaga una proposición.

Ahora que Boruto tiene claro que Mitsuki no es un traidor, debe encontrarlo antes de que en Konoha lo declaren un traidor sin remedio por cruzar una frontera.

Boruto y el resto encuentran a uno de los shinobi que se fueron con Mitsuki, pero no parece tener intención de dejarlos llegar hasta su amigo.

Mitsuki sigue en su camino con los shinobis del País de la Tierra con los que huyó de Konoha, y aunque dice que los acompaña voluntariamente, estos no parecen confiar por completo en él.

Tras haber sido traicionado por Mitsuki, Boruto intenta evadirse de la realidad, así que Galaga intervendrá. Sus amigos mientras tanto intentarán decidir si regresar a Konoha o seguir a Mitsuki.

Boruto y el resto del equipo llegan a la Aldea de la Roca para pedir ayuda a Ounoki con el asunto de Mitsuki, pero para ello primero deben encontrarlo.

Ahora que Boruto y compañía han descubierto el plan de Ounoki, este intenta alejarlos sin hacerles daño, pero no está dispuesto a ceder y revela los motivos por los que ha preparado todo. Pero ¿cómo encaja Mitsuki en la ecuación?

Ounoki se lleva a Boruto a un sitio conocido como Sanzugahara, un lugar donde antiguamente entrenaban los shinobi de la roca y del cual no se puede salir si no se cumple cierta condición: encontrar la piedra del corazón.

Boruto sigue atrapado con Ounoki buscando su piedra del corazón, pero en ese lugar se encontrarán con alguien inesperado que tal vez pueda serles de ayuda... o no.

Ounoki explica a Boruto sus motivos para haber dado luz verde a los Creados, sus intenciones de proteger el mundo ninja y de hacer el bien con ellos, pero Boruto no acaba de estar de acuerdo con las intenciones del antiguo Kage.

Boruto enfrenta a Kakou tras desafiar a Ounoki y comentarle que no está dispuesto a ceder a sus ideas. Los niños están en peligro y desde Konoha todavía deben descubrir qué sucede.

Cuando Ounoki lleva a los jóvenes protagonistas a la Roca, lo que encuentran es a los Creados ejecutando el plan a su manera, algo que el viejo no está dispuesto a permitir. Kokuyou es el primero en salir al paso a los protagonistas, y Shikadai, Inojin y Chouchou tendrán que encargarse de él, aunque les supera en fuerza por mucho.

El Equipo Ino-Shika-Cho se recupera de su combate contra Kokuyou mientras Kirara controla a Boruto y Sarada. Rápidamente, la Creada obliga a los shinobis a tomar dos espadas del suelo para medirse en un duelo a muerte, controlados como títeres. Es entonces cuando comienza una serie de golpes y ataques que Sarada intenta frenar usando su Sharingan con Boruto para liberarlo del genjutsu. No obstante, Kirara se da cuenta de esto y cierra los ojos del Uzumaki. Mientras, en la base, el científico de la banda ya ha fabricado el corazón del señor Kuu y Mitsuki se dispone a llevárselo. La noticia llega hasta Sekiei y Kirara, así que estos se dirigen hacia allí. Boruto y Sarada todavía siguen siendo controlados y parece que el Uzumaki va a atacar a la Uchiha, pero ésta aprovecha el reflejo de la espada para liberarse del genjustu con su Sharingan y luego libera a Boruto. Los dos se dirigen hasta la base de los Creados para detenerlos. Cuando llegan, intentan convencer a Mitsuki para que se detenga, pero él y el señor Kuu atacan y atrapan a los dos ninjas. Mitsuki le entrega el corazón a Kuu y, cuando parecía que ya había ganado, el Creado es atacado por la espalda con una técnica de Raiton y se descubre que el corazón era un señuelo de serpientes hecho por Mitsuki. Éste dice que por fin ha cumplido su voluntad y mira hacia el horizonte, donde se empieza a ver un extraño humo negro. Todo había sido un plan entre Konohamaru y Mitsuki y ahora los habitantes de la Aldea Oculta de las Rocas, guiados por una liberada Kurotsuchi, se disponen a destruir toda la fábrica de Desechos y demás experimentos. Sin embargo Kuu, que no está vencido todavía, se prepara para pelear junto con Sekiei y Kirara antes de que Mitsuki se pueda reunir con sus amigos. Lejos de allí, un malherido Akatsuchi se encuentra con Sekki, el shinobi que entrenó con Boruto recientemente, y le ordena ayudar a detener el plan de los Creados. Mientras, Onoki se despierta después de recuperar la conciencia y se dirige hacia el campo de batalla, admitiendo su error y queriendo detener todo su plan.

Herido del ataque de Mitsuki, Kuu huye de la escena. Boruto y Sarada intentan perseguirlo, pero Kirara bloquea su camino. Uniendo fuerzas con Galaga, Boruto y Sarada logran derrotar y matar a Kirara. Sorprendido, confundido y enfadado por las acciones de Mitsuki, Sekiei lo ataca imprudentemente. No queriendo pelear, Mitsuki intenta detenerlo. Mitsuki lo derrota sin querer, afirmando que siempre pensó que Sekiei era un amigo para él. Antes de que Sekiei muera, Mitsuki hace las paces con él. Mitsuki luego se reúne con Boruto y Sarada y se enfrenta a Kuu, quien se ha recuperado gracias a un corazón que robó.

Kuu aparece una vez más para derrotar y matar a Boruto, Sarada y Mitsuki. Mientras tanto, Onoki se prepara para una lucha a muerte para evitar que Kuu haga más daño en la aldea, y finalmente se une a Boruto. Naruto también lleva a un grupo de ninjas a la Aldea Oculta entre las Rocas para ayudar a los jóvenes genin. Antes de que Kuu termine con Mitsuki, Onoki se enfrenta a él. Ohnoki logra matar a Kuu en el combate desintegrandolo y hace las paces consigo mismo antes de morir. Aunque Mitsuki cree que ya no es bienvenido, los Equipos 5 y 15 vienen a ayudar.

Todos los alumnos de Konoha regresan en tren a su aldea. Durante el trayecto, Boruto y Sarada hablan sobre el funeral de Ounoki, al que no le dejaron ir. Mientras, Mitsuki viaja en otro vagón con Konohamaru y Sai. Inojin mira con nostalgia el dibujo que le hizo a Akkun y recuerda cuando lo enterró. En el funeral, los cinco Kages deciden unir aún más las relaciones entre las aldeas mientras lloran la pérdida de Ounoki. Ya en Konoha, Mitsuki es interrogado y admite que se fue con los Creados no solo para investigarles sino también por curiosidad. En el despacho de Naruto, se le retira la licencia de Genin a Boruto y Sarada por haber abandonado la aldea sin permiso. Ellos ahora temen que no vuelvan a ver a Mitsuki nunca más. Boruto regresa a casa y se reecuentra con su hermana Himawari y con su madre, Hinata. Más tarde, Galaga se pone en contacto con él y le recuerda que su pacto de invocación se terminaba después de rescatar a Mitsuki, por lo que la gran serpiente le da las gracias y se va. El Uzumaki se queda dormido y empieza a soñar con todo lo sucedido, pero de repente Sarada lo despierta y le avisa de que Mitsuki ya salió del interrogatorio. Los dos shinobi deciden ir a buscarlo, siendo Boruto el primero que lo encuentra. Mitsuki, que había hecho una tumba para Sekiei y el resto de los Creados, se disculpa con él y le pide que todo vuelva a ser como antes. Boruto le dice que no, ya que esta vez tendrán una voluntad aún más fuerte. Sarada llega y el Equipo 7 choca sus puños en señal de amistad. Mientras, Naruto recibe la visita de la Tsuchikage Kurotsuchi y de Akatsuchi. Después de agradecerle el trabajo de los ninja de Konoha en la Aldea de las Rocas, la Tsuchikage le deja caer a Naruto que debería premiar a Boruto y compañía por sus acciones. Como consecuencia, Boruto, Sarada y Mitsuki reciben de nuevo su banda de Genin y se preparan para una misión junto con Konohamaru.