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Unimatrix Cero, una instalación donde viven algunos miembros del Colectivo Borg, es amenazada por la reina Borg, que quiere destruirla a toda costa. Mientras, Janeway intenta infiltrarse en el Colectivo, por lo que se disfraza de zángano Borg y sale camuflado para la misión. Cuando la reina Borg le descubre, está dispuesta a pasar incluso por encima de su propio cadáver con tal de destruir Unimatrix Cero...

Cuando el implante cortical de Seven deja de funcionar, la tripulación intenta encontrar un repuesto, por ejemplo, el de un Borg muerto. Sin embargo, no sirve: necesita el implante de un Borg vivo. A Seven le parece mal: alguien puede morir, pero antes de que eso suceda, Icheb le salva quitándose su propio implante. Es posible que sobreviva porque él nunca fue completamente asimilado: al fin y al cabo, es sólo un niño...

Paris partipa en una carrera con el delta. Para la especie que la organiza, es una fiesta para celebrar la paz después de años de guerra. Torres es el copiloto de Tom. Harry también participa: va con una mujer piloto porque todos sus copilotos están heridos. Pero ella resulte ser hostil y estar dispuesta a destruir la paz...

Extrañamente, comienza a desaparecer poco a poco gente del Voyager, primero los miembros del maquis, luego la tripulación. Tuvok les sigue, y descubre unos sucesos espantosos...

El doctor del Voyager es raptado y obligado a trabajar en una nave- lazareto. Mientras la tripulación intenta encontrarle, éste se hace cargo de solucionar el problema...

La tripulación recibe un paquete inesperado entre el "correo" normal que recibe de la Flota Estelar del Cuadrante Alfa. Cuando aparece un holograma de Reginald Barclay y les cuenta que hay una forma de que puedadn regresar a casa en unos días, todos se alegran mucho. El plan es teóricamente peligroso, pero el holograma de Barclay les convence de que el riesgo es mínimo. Mientras tanto, en el cuartel general de la Flota, el verdadero Barclay no sabe nada de su doble ni de sus actos...

El Voyager sigue una llamada de socorro de un centro de formación de los Hirogen, donde sólo encuentran un entorno holográfico. La tecnología hologáfica, que los Hirogen recibieron de Janeway para que se entrenaran para la lucha, ha sido completamente modificada, y los cazadores se han convertido en cazados. Los hologramas no sólo son independientes, son una nueva raza que buscan protección contra la tiranía y la brutalidad de los "orgánicos". Mientras intentan liberar a los suyos, secuestran al doctor, quien pronto se ve atrapado por un conflicto de intereses entre su lealtad al Voyager o a las criaturas holográficas...

Buscando dilitium, Neelix, Seven y Harry Kim van el el delta, y se ven envueltos en un combate entre dos razas desconocidas del Cuadrante Delta. Kim consigue salvar una nave Krayon de la destrución, pero ésta pierde su capitán, y la tripulación necesita uno nuevo. A Kim le ofrecen el puesto, y él no tiene que pensarlo mucho antes de aceptar, ya que en toda su carrera en la Flota estelar nunca ha sido más que cadete. Sin embargo, pronto se ve envuelto en un complicado y peligroso conflicto que le hará sentir lo pesada que es a menudo la tarea de ser capitán...

Fecha estelar: 54337.5 - La tripulación de la Voyager encuentra una instalación de entrenamiento hirogen y descubre que la tecnología holográfica que les proporcionaron hace varios meses ha sido modificada hasta tal punto que los hologramas son ahora más inteligentes y astutos que sus cazadores. El Doctor es secuestrado por un grupo de hologramas que escaparon de las instalaciones hirogenas y le piden que se una a ellos para forjar una nueva vida como «seres fotónicos» independientes. La tripulación de la Voyager debe aliarse con los hirogen para encontrar al Doctor y recapturar a los hologramas renegados. Tras un enfrentamiento con la nave de los hologramas, la Voyager queda inutilizada y B'Elanna es secuestrada, con la ayuda del Doctor, para asistir a los hologramas en su difícil situación.

Fecha estelar: 54337.5 - La Voyager sigue en secreto a dos naves hirogenas que persiguen a la nave holográfica renegada. Iden, el autoproclamado líder de la banda, comienza a mostrar signos de comportamiento delirante al considerarse a sí mismo el «salvador de su pueblo» y creer que su gente lo adorará como a un dios en su nuevo asentamiento. Con la Voyager y las naves hirogenas pisándoles los talones, el Doctor y Torres deben encontrar una forma de inutilizar las naves y los hologramas antes de que sean atacados por los hirogenos y de que Iden pueda llevar a cabo su plan.

Torres está embarazada, pero el hijo que espera tiene una enfermedad hereditaria de la espalda. El doctor elimina el problema mediante una alteración genética, pero entonces Torres plantea la posibilidad de modificar el ADN de su hijo. Como a ella la atormentaron en su infancia a causa de su frente prominente, y su padre la abandonó porque le era difícil vivir con dos klingon, ella cree que puede ahorrarle eso a su hija y evitar que Paris la abandone...

Fecha estelar: 54452.6 - Tras recibir la noticia de que está embarazada de Tom Paris y descubrir que el niño tendrá rasgos klingon predominantes, B'Elanna tiene recuerdos de su infancia y recuerda lo difícil que fue su vida debido a su ascendencia klingon.

El Voyager acude en ayuda de una nave de transporte de presos averiada, y entonces tiene que escoltar a un grupo de condenados a muerte al lugar de la ejecución. Entonces, un asesino en serie escapa y amenaza a la familia de un oficial, a quien el doctor inyecta una nanosonda que le incita a tener valor y le convierte en un valiente. Seven, Janeway y el doctor hacen lo que pueden por salvarle la vida. Pero la familia de una de las víctimas quiere verle muerto...

Hace generaciones, una nave klingon abandonó el espacio conocido y partió hacia lo desconocido. Cuando los descendientes de su tripulación se encuentran con el voyager, a Janeway le cuesta convencerles del fin de las hostilidades entre la Federación y el imperio Klingon. Los Klingon sufren una enfermedad genética que resulta ser la misma que la del hijo que espera Torres. Ahora los Klingon, que llevan tiempo esperando una señal, creen que el niño es su mesías que viene a cumplir una profecía largo tiempo esperada. Destruyen su nave y más de 200 Klingon se encuentran en el Voyager...

El Voyager es atrapado en una zona vacía del espacio de la que aparentemente no hay salida. Janeway se enfrenta a una difícil solución. ¿Expondrá la naves más débiles a la destrucción, o se atendrá a las leyes de la Flota y dejará morir a su tripulación?

La tripulación del Voyager sufre un lavado de cerebro y abandona la nave para trabajar en un complejo industrial. Sólo Chakotay, Kim, Neelix y el MHN no han sido afectados pues durante el ataque estaban fuera con la lanzadera. Ahora, les toca a ellos salvar a la tripulación...

Fecha estelar: 54622.4 - Chakotay debe convencer a Janeway y al resto de la tripulación de sus vidas pasadas a bordo de la Voyager. La situación se complica cuando Chakotay es descubierto y llevado a un interrogatorio.

Cuando el Voyager atraviesa un a peligrosa región del espacio que es utilizada como campo de pruebas de sus armas por unas bandas desconocidas, la tripulación debe fiarse de los dectectores de largo alcance de Seven para ponerse fuera de peligro. Pero Seven se muestra cada vez más afectado por una experiencia personal que podría cambiar para siempre su relación con la tripulación...

No es fácil ser padre, ni siquiera para un Q. Puesto que el capitán y su tripulación le ayudaron a tener un niño ( ver capítulo 53 " La crisis de Q"), Q ha decidido que la "tía Kathy" le de a su hijo algunas lecciones de responsabilidad. Aunque ya parece un adulto, el trato con el joven Q no es más fácil que con su padre, y disciplinarle no sólo es difícil sino también peligroso...

Mientras el Voyager se acerca cada vez más al Cuadrante Alfa, establecen un nuevo sistema de comunicación con la Flota estelar que les permite recibir en unos minutos mensajes de sus familias y amigos. El doctor no tiene, claro está,amigos ni familia en la Tierra, pero tiene una holonovela que quiere enviar a unos editores: la historia de una nave que naufraga con una tripulación extrañamente familiar a bordo, a la que su holodoctor, que vive prácticamente en la esclavitud, no puede soportar...

Ahora que ya es posible la comunicación regular entre el Cuadrante Alfa y el Delta, la tripulación recibe una orden de la Flota Estelar: localizar la vieja sonda "Friendship One" y rescatarla. La trayectoria de la sonda, que fue lanzada a finales del siglo XX, conduce a los alrededores del Voyager. Pero nadie podía adivinar lo que puede hacer una civilización del Cuadrante Delta que ha encontrado la sonda...

Chakotay y Seven han naufragado entre un pueblo primitivo, cuando su lanzadera localiza una barrera de energía que inpide que el capitán Janeway y el Voyager les localice. La única solución que podría salvarles infringiría la Directiva principal y contaminaría la cultura local. Mientras, Tom Paris da un paso en falso que les hace perder un tiempo precioso...

Cuando se descubren señales de vida en asreroide, Neelix descubre con asombro una comunidad de Talaxianos que intentan defenderse contra unos peligrosos agresores que quieren explotar los recursos minerales del asteroide. Ahora, la tarea de Neelix consiste en animar a sus oprimidos hermanos a luchar por su tierra...

Cuando unos seres del Cuadrante Delta secuestran a la capitana Janeway, el doctor tiene la misión de encargarse del rescate que piden : el núcleo warp del Voyager. El doctor tiene que engañar a los miembros de la tripulación del "Voyager" y asumir su identidad. Sabe que un paso en falso le costará la vida al capitán...

Fecha estelar: 54973.4 - Tras un viaje de décadas para llegar al Cuadrante Alfa, la almirante Kathryn Janeway toma la audaz decisión de cambiar el pasado con el fin de reparar el daño sufrido por la tripulación durante su arduo viaje de regreso a casa.

Tras un viaje de décadas para llegar al Cuadrante Alfa, la almirante Kathryn Janeway toma la audaz decisión de cambiar el pasado con el fin de reparar el daño sufrido por la tripulación durante su arduo viaje de regreso a casa. Este es el episodio final de la serie.