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Data Stellare 54014.4: Il virus che Janeway e Tuvok hanno inoculato nel Collettivo inizia a fare effetto e la Regina distrugge ogni vascello su cui si trova anche un solo Borg infetto. Come ulteriore contromisura, la Regina crea un ulteriore virus in grado di distruggere ogni Borg infetto.

Data Stellare 54129.4: Sette di Nove dà segni di emozione abbastanza inusuali quando tre dei quattro bambini ex Borg decidono di lasciare la Voyager, ma il Dottore sembra propenso a credere che si tratti piuttosto di un malfunzionamento degli impianti oculari. In seguito, Sette di Nove inizia a manifestare delle forti emicranie e si scopre che ha bisogno di un'operazione molto delicata che implica la sostituzione di alcuni impianti Borg e l'unico donatore disponibile sembra essere Icheb, che aveva scelto di restare a bordo della nave per entrare nell'Accademia della Flotta Stellare.

Data Stellare 54058.6: Il Delta Flyer II viene invitato a partecipare ad una gara all'interno di un sistema solare tra veicoli simili organizzata per celebrare gli accordi di pace che hanno terminato un lungo periodo di scontri. Tom e B'Elanna, alla guida del Delta Flyer II, devono però fare i conti anche con chi vuole rovinare gli accordi di pace per riportare la guerra tra le specie in gioco.

Data Stellare 54090.4: Dopo che alcuni marinai della Voyager vengono trovati privi di sensi Tuvok inizia ad indagare per scoprire il colpevole di questi eventi e scopre che sono stati attaccati solamente i marinai della ex nave Maquis. Benché le vittime si riprendano velocemente, presto Tuvok scopre la vera identità dell'attaccante che lascia nelle proprie vittime dei suggerimenti post-ipnotici mortali.

Il programma del Dottore viene rubato alla Voyager per farlo lavorare in una grossa nave ospedale. Il Dottore si deve quindi confrontare con i metodi di cura della nave ospedale che non si confanno all'etica professionale con cui è stato programmato.

Data Stellare 54208.3: Assieme ai messaggi che la Voyager riceve regolarmente dal quadrante Alfa arriva anche una copia olografica di Reginald Barclay che spiega un nuovo piano che farebbe tornare a casa l'equipaggio della Voyager in pochi giorni. Benché il piano sia abbastanza rischioso, la copia olografica di Barclay riesce a convincere l'equipaggio che il rischio è in realtà minimo. Nel frattempo, il vero Barclay, assegnato al Quartier Generale della Flotta Stellare, si accorge che il suo oloprogramma è stato rubato e modificato dai Ferengi e quando capisce il movente del furto avvisa immediatamente Deanna Troi.

Data Stellare 54238.3: Durante un volo sperimentale con il Delta Flyer II Sette di Nove, il Dottore e Harry Kim vengono attaccati dai Lokirrim, una specie aliena che considera gli ologrammi come il Dottore dei nemici mortali. Per evitare di essere distrutto, il Dottore non ha altro scampo che rifugiarsi negli impianti Borg di Sette di Nove, prendendo, quindi, il controllo del corpo della ex Borg. Per non essere scoperto, il Dottore dovrà comportarsi esattamente come Sette di Nove, tuttavia il gusto del Dottore nel provare sensazioni umane collide con le severe discipline fisiche e mentali di Sette di Nove; il tutto è complicato dall'attrazione del Capitano alieno verso Sette di Nove e da quella del Dottore (ancora all'interno della ex Borg) verso l'assistente aliena.

Data Stellare 54274.7: Mentre la Voyager ha messo offline il nucleo di curvatura per riparazioni, il Delta Flyer II con a bordo Neelix, Sette di Nove e Kim si intromette in un conflitto tra una nave kraylor impegnata in una missione umanitaria e una nave annari. Benché la nave kraylor si salvi dalla distruzione, il suo comandante rimane ucciso e l'equipaggio è quindi alla ricerca di un nuovo Capitano. Kim è tentato dall'offerta degli alieni di assumere il comando del vascello, ma, una volta accettata l'offerta, si ritrova a dover fronteggiare il peso del comando della nave kraylor impegnata in un pericoloso conflitto contro gli Annari.

La Voyager, rispondendo ad una richiesta di soccorso di una base di addestramento degli Hirogeni, scopre un ambiente olografico disseminato di cadaveri di Hirogeni. Ben presto l'equipaggio della Voyager si rende conto che la tecnologia olografica che era stata ceduta agli Hirogeni è stata modificata al punto che i cacciatori sono diventati le prede di personaggi olografici coscienti di sé. Il Dottore, rendendosi conto della situazione, passa dalla parte degli ologrammi potenziati e si mette contro gli Hirogeni e la Voyager, arrivando a rivelare agli ologrammi dei dati essenziali per poter distruggere la nave federale.

Data Stellare 54337.5: Dopo che il Dottore si è unito agli ologrammi, B'Elanna viene rapita con lo scopo di farla lavorare al loro nuovo emettitore olografico. Il leader dei fuggitivi ha come obiettivo la liberazione di tutti gli ologrammi schiavizzati dagli organici e la creazione di una nuova civiltà olografica su un pianeta disabitato. Iden comincia a mostrare disprezzo per la vita organica e la situazione precipita quando decide di vendicarsi dei cacciatori Hirogeni.

Un'anomalia temporale si abbatte sulla Voyager colpendo in pieno Chakotay e mandando diverse zone della nave in diversi punti della sua storia. Dopo che il Dottore riesce a creare un siero per combattere gli effetti causati dall'anomalia temporale, Chakotay si accorge di essere l'unico membro dell'equipaggio che si può spostare liberamente lungo la nave e capisce di essere l'unico che può riportare la situazione alla normalità stringendo alleanze con i membri dell'equipaggio del passato, del presente e del futuro.

Data Stellare 54452.6: La relazione tra Tom e B'Elanna raggiunge un punto critico che potrebbe avere effetti a lungo termine sulla vita di entrambi. Da giovane, B'Elanna e la sua famiglia hanno trascorso una vacanza in campeggio durante la quale si sono verificati degli eventi che porterebbero B'Elanna a prendere una decisione irrevocabile contro Tom Paris.

Data Stellare 54474.6: La Voyager porta in salvo l'equipaggio e i passeggeri di una nave seriamente danneggiata che trasporta dei prigionieri. Quando il Dottore e Sette di Nove scoprono che i prigionieri sono destinati ad essere giustiziati, il Capitano e l'equipaggio della Voyager, a costo di mettere a repentaglio la sicurezza della nave, si avventurano nell'area grigia tra la Prima Direttiva e il dovere di giustizia per salvare i condannati.

Data Stellare 54518.2: La Voyager incontra una nave generazionale klingon con a bordo i discendenti dell'equipaggio partito molto tempo prima dal loro territorio quando ancora l'Impero e la Federazione erano acerrimi nemici. Dopo che Janeway riesce a convincere i Klingon che la Federazione non è più un nemico da combattere, il vascello klingon viene distrutto e 204 Klingon si ritrovano a bordo della Voyager, dove riconoscono il figlio non ancora nato di B'Elanna nel loro messia annunciato da un'antica profezia.

Data Stellare 54553.4: La Voyager si trova intrappolata in una regione di spazio completamente vuota e buia senza un'apparente via d'uscita. L'unico sistema per sopravvivere in questa regione sembra essere quello di attaccare e saccheggiare gli altri vascelli intrappolati in quella strana zona dello spazio. Janeway si trova costretta a scegliere tra i principi etici della Flotta Stellare e quello che sembra essere l'unico modo per sopravvivere in quella regione.

Data Stellare 54584.3: Quando Chakotay, Harry Kim e Neelix tentano di tornare verso la Voyager dopo una missione di scambi commerciali, scoprono che la nave non si trova al punto di incontro prestabilito. Nel frattempo, il resto dell'equipaggio della nave si trova su un pianeta molto distante impegnato in una nuova carriera: sconosciuti gli uni agli altri, gli ex marinai della Voyager sono impiegati in una gigantesca forza lavoro di tipo industriale per conto dei Quarren.

Data Stellare 54622.4: Dopo che gran parte dell'equipaggio è stato sottoposto ad un profondo lavaggio del cervello da parte dei Quarren, Chakotay, Harry Kim, Neelix e il Dottore pensano come ripristinare la situazione e riprendere il viaggio, benché si rendano conto che i numeri non depongono a loro favore.

Data Stellare 54827.7: La Voyager penetra una regione di spazio utilizzata come area di test di armamenti a lungo raggio da una specie aliena. La nave è quindi nelle mani dei sistemi sensori a lungo raggio sviluppati da Sette di Nove, gli unici sistemi che consentono di evitare le armi aliene. Sette di Nove, è però impegnata in un esperimento personale che potrebbe cambiare radicalmente i suoi rapporti con il resto dell'equipaggio.

Data Stellare 54704.5: Il lavoro di genitore non è impresa da poco, nemmeno per un Q. Dal momento che Janeway e tutto l'equipaggio della Voyager hanno avuto un ruolo così decisivo per la nascita di suo figlio, Q decide che tocca a Zia Kathy mostrare a suo figlio alcune delle virtù più nobili. Benché all'apparenza sembri un normale adulto, il giovane Q si dimostra ancora più difficile da gestire del padre e, con i suoi poteri, la gestione di un essere simile non è solamente impossibile, ma anche molto pericolosa.

Data Stellare 54732.3: Mentre la Voyager si avvicina sempre più al quadrante Alfa, viene messo a punto un nuovo sistema per mettere in comunicazione l'equipaggio con le persone che sono a casa per soli 11 minuti al giorno. Benché il Medico Olografico non abbia familiari o amici con cui parlare, vorrebbe contattare un editore per proporre una holonovel creata da lui: Photons Be Free, una storia di una nave dispersa lontano da casa con un equipaggio molto familiare che a mala pena riesce a tollerare il Medico Olografico che viene relegato in uno stato di schiavitù virtuale.

Data Stellare 54775.4: Ora che sono state stabilite comunicazioni regolari tra la Federazione e la Voyager, la Flotta Stellare ha una missione per la Voyager: localizzare e recuperare la Friendship One, lanciata nel 2067 appena dopo la scoperta della propulsione warp, che, secondo i calcoli della Flotta, si dovrebbe trovare nelle vicinanze dell'astronave. Mentre i calcoli della Flotta si rivelano esatti, nessuno ha potuto prevedere il destino della sonda una volta che una civiltà del quadrante Delta l'ha recuperata.

Data Stellare 54814.5: Chakotay e Sette di Nove sono intrappolati in una tribù di alieni primitivi, i Ventu, in quanto il loro shuttle ha incontrato una barriera di energia che impedisce ai loro compagni di localizzarli e soccorrerli. L'unica soluzione possibile sembra essere quella di violare la Prima Direttiva e contaminare la cultura primitiva in cui si trovano. Nel frattempo Paris, a causa della sua guida spericolata, viene condannato dai Ledosiani, gli alieni che abitano la parte tecnologicamente avanzata del pianeta, a prendere delle lezioni di volo.

Data Stellare 54868.6: Quando la Voyager si imbatte in un asteroide abitato, Neelix è stupefatto di trovare una comunità di Talaxiani che lottano per sopravvivere contro degli oppressori mercenari che vorrebbero utilizzare l'asteroide come fonte di minerali. Toccherà a Neelix infondere coraggio ai suoi simili perché combattano contro gli oppressori per mantenere ciò che appartiene loro.

Data Stellare 54890.7: Di ritorno da una missione nello spazio profondo, Janeway stupisce Chakotay quando annuncia che accetta il ricatto degli R'Kaal e decide di cedere loro il nucleo a curvatura della Voyager. Il fatto che il Capitano rinunci ad una parte fondamentale della nave senza nemmeno combattere insospettisce Chakotay, che chiede aiuto al Dottore, ma questi risponde che il Capitano è perfettamente sano di mente. Chakotay, dapprima scettico, trova ulteriori motivi di preoccupazione quando si accorge di altre decisioni prese dal Capitano.

Data Stellare 54968.4: Nel 2394, diciassette anni dopo la data stellare 54900, la Voyager è tornata a casa in mezzo ad una San Francisco in festa. Nelle celebrazioni per il decennale del suo ritorno Janeway, ormai promossa Ammiraglio, ascoltando queste notizie si rende conto di non vivere in modo felice a causa del fatto che molti dei suoi cari compagni di viaggio hanno perso la vita negli ultimi diciassette anni di viaggio. Di conseguenza, con l'aiuto di Kim, decide di ritornare tramite un vortice spazio-temporale nel 2377, alla data stellare 54968.4, vicino al punto in cui si trovava la Voyager 27 anni prima. L'Ammiraglio Janeway, pur violando la Prima Direttiva Temporale, agisce nell'unico modo possibile affinché sia possibile cambiare il destino dei suoi compagni.

Data Stellare 54973.4: La Janeway del futuro si offre di aiutare la Voyager. Dopo la distruzione di due cubi borg, a bordo di uno shuttle si proietta di fronte alla Regina Borg, la quale non riesce ad assimilare la terrestre grazie ad una speciale interfaccia sinaptica; Janeway prova a convincere con un patto la Regina a far tornare a casa la Voyager sana e salva. Tuttavia durante la discussione i Borg trovano il modo per disattivare l'interfaccia sinaptica ed assimilare la Janeway del futuro, che, però, si era preventivamente infettata con un virus che in brevissimo tempo dilaga in tutto il collettivo. I sistemi della Regina Borg iniziano subito a decadere e si verificano moltissimi guasti a bordo della nave; in breve tempo la Regina si accascia al suolo e muore, mentre l'Unicomplesso esplode. La Voyager riesce ad entrare in una sfera borg e a raggiungere il quadrante Alfa a poca distanza dalla Terra. La sfera borg viene immediatamente attaccata dalle navi federali, ma la Voyager riesce ad uscirne prima di essere distrutta e a raggiungere finalmente la Terra.