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Ambientada en el Japón de principios del siglo XVII, John Blackthorne, un náufrago inglés, se encuentra con la intriga y el choque cultural de una sociedad feudal que valora mucho el honor. Un señor rival condena a muerte a Blackthorne.

Después de que el señor Toronaga rescatara a Blackthorn de la cárcel, lo recluta como su ayudante y lo nombra "Anjin-san". Mariko recibe instrucciones de enseñar a Anjin-san el idioma y las costumbres de Japón.

Blackthorne y Mariko comienzan un romance; Toronaga sigue construyendo su ejército para una batalla contra Ishido. Anjin-san demuestra su valor durante un terremoto y es honrado por Toranaga por su valentía. Buntaro, el marido de Mariko, llega a Anjiro.

La asimilación de las costumbres japonesas por parte de Anjin-san queda patente en su conducta ejemplar. Toranaga decide devolver el Erasmus a Anjin-san. Mariko informa al padre Alvito de un complot para asesinar a un señor cristiano del Consejo de Regentes.

Se producen traiciones, tragedias y giros en los acontecimientos. Toronaga se convierte en Shogun tras la derrota de Lord Ishido. Mariko muere en la batalla final en el castillo de Osaka. Con el corazón roto, pero decidido, Blackthorne comienza la construcción de otro barco.