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All'inizio del Seicento il navigatore inglese John Blackthorne naufraga in Giappone. Coinvolto subito in intrighi politici e scontri culturali, finisce nelle mani di un signore rivale che lo condanna a morte.

Toranaga salva Blackthorne e lo prende al proprio servizio con il nome di Anjin-san. Mariko gli insegna lingua e usanze giapponesi, mentre l'uomo cerca di comprendere il nuovo mondo in cui è stato trascinato.

Tra Blackthorne e Mariko nasce una relazione. Toranaga prepara le proprie forze contro Ishido e, dopo un terremoto, il coraggio di Blackthorne gli vale un nuovo riconoscimento.

Blackthorne appare ormai sempre più integrato nella cultura giapponese. Toranaga gli promette il ritorno dell'Erasmus, mentre Mariko informa padre Alvito di un complotto contro un membro cristiano del Consiglio.

Treachery, tragedy and turns of events occur. Toronaga becomes SHOGUN after the defeat of Lord Ishido. Mariko is killed in the final battle at Osaka Castle. Heartbroken, but resolute, Blackthorne begins construction of another ship.