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Japão no início do século XVII, a história acompanha o navegador inglês John Blackthorne, que naufraga e se depara com intrigas e um choque cultural numa sociedade feudal que valoriza a honra. Um lorde rival condena Blackthorne à morte.

Após o Lorde Toronaga resgatar Blackthorne da prisão, recruta-o como seu ajudante e nomeia-o 'Anjin-san'. Mariko recebe a missão de ensinar a Anjin-san a língua e os costumes do Japão.

Blackthorne e Mariko iniciam um romance; Toronaga continua a construir o seu exército para uma batalha contra Ishido. Anjin-san demonstra a sua bravura durante o terramoto (Terremoto de Keichō de 1605), e é homenageado por Toronaga pela sua coragem. O marido de Mariko, Buntaro, chega a Anjiro.

A assimilação do Anjin-san aos costumes japoneses é evidente na sua conduta exemplar. Toronaga decide devolver o Erasmus a Anjin-san. Mariko conta ao Padre Alvito um plano para assassinar um lorde cristão do Conselho de Regentes.

Traição, tragédia e reviravoltas acontecem. Toronaga torna-se Xogum após a derrota de Lorde Ishido. Mariko é morta na batalha final no Castelo de Osaka. De coração partido, mas resoluto, Blackthorne inicia a construção de outro navio.