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Todo se inicia a las 5 de la madrugada. Un reportero de noticias oculto declara que una conferencia de prensa está siendo interrumpida por algo extraño. Las borrosas secuencias de las noticias confirman y sirven para documentar el caos que reina en ese lugar; donde las personas corren por su seguridad, y un ruidoso zumbido llena el aire, mientras que fuertes ráfagas dan vuelta a los muebles. Mientras el reportero grita a todos que corran, la secuencia se detiene abruptamente. Justo 23 minutos antes del suceso, un vuelo de enlace con Los Angeles se prepara para despegar desde el Aeropuerto de Miami. Una azafata le pide a un sudoroso y ansioso en apariencia Sean Walker que salga del baño y ocupe su asiento. Lo extraño es que un uniforme de personal de mantenimiento desechado asoma desde el cesto de la basura.

Tras iniciarse un incendio a bordo del avión, Sean trata de evacuar a los pasajeros. Michael es el último en salir, caminando como si estuviera en trance. Cuatro días antes, en una bodega, un hombre de aspecto amenazante tiene a Michael retenido y le exige que estrelle un avión contra el complejo presidencial. Cuando el piloto se resiste, su secuestrador amenaza con matar a su hija Leila; tal y como él sus colegas asesinaron a Val, la esposa de Michael. Éste se da cuenta del alcance de su problema y de que tiene que hacer lo necesario para salvar la vida de su hija. De regreso en el desierto, Sean le pregunta a Michael qué sucedió; y Michael le explica que, tras ser testigo del asesinato de su esposa, fue obligado a participar en un complot para asesinar al Presidente Martínez o se arriesgaba a perder a Leila.

Cuando Sophia rechaza revelar los proyectos de los detenidos, el Presidente Martínez le habla de la libertad de poder vivir entre los humanos sin ataduras a cambio de información sobre el accidente aéreo. Sophia está segura de que este método no dará resultados pero el Presidente cree que, tras 66 años viviendo entre rejas y sin la libertad cerca, por alguno de ellos podría hablar. Mientras tanto, la agente del FBI Collier consigue escapar de Sean pero este la utiliza, escondiéndose en su coche, para lograr su objetivo, ir a la central desde donde con el portátil y la contraseña de la agente podrá pasar la imagen de la raptora de su novia por el programa de reconocimiento facial del FBI. Collier comienza a sospechar que lo que dice Sean puede ser real, pero el precio de su convencimiento será alto.

La Casa Blanca trata con una misteriosa amenaza biologica. Su unica esperanza es que Sophia se desmorone durante el interrogatorio. Mientras tanto, Vicky y Carter mantienen a sus reenes captivos mientras esperan instrucciones. El Agente del FBI Collier, en su busqueda de Leila, averigua un secreto de la vida de Vicky. En otro lugar, un poderoso empresario, Dempsey aparece con informes clasidicados de inteligencia en la Casa Blanca.

La amenaza biológica se intensifica. El CDC se apresura a identificar el contagio y el tratamiento de las personas infectadas, mientras que la Casa Blanca y el Director de Inteligencia Nacional hacen frente a un difícil dilema en su negociación con Thomas. En otra parte, la agente Collier del FBI se acerca a Vicky y Carter, pero las apariencias no siempre son lo que parecen.

El Presidente Martínez y el Director de Inteligencia Nacional, Blake Sterling, cumplen con su acuerdo con Thomas, pero después algo sale mal y comienzan a sospechar que hay un posible topo en su círculo. En otro lugar, Sean Walker indaga en busca de respuestas en casa de Leila, donde se encuentra con Madeleine y su misteriosa teoría conspiratoria. Mientras tanto, se vislumbra algo más sobre el pasado de Simon y su lealtad será puesta a prueba.

Dempsey envía a su equipo después de que Sean y Leila hayan intentado encontrar a Samantha por su cuenta. Mientras, Sophia trata con sus disidentes.

Mientras el presidente Martinez decide interrogar a Michael en persona, los superiores de Vicky mandan a ésta en una nueva misión.

Dempsey envía a su equipo después de que Sean y Leila hayan intentado encontrar a Samantha por su cuenta. Mientras, Sophia trata con sus disidentes.

Las sospechas de Sophia se confirman cuando Thomas revela un nuevo y chocante plan. Leila y Sean combaten unos mercenarios mientras buscan a Samantha.

Martínez y su jefe de gabinete ordenan a su departamento de inteligencia descubrir la naturaleza del mensaje de Thomas y a quien fue enviado. Mientras tanto, Thomas lanza un ataque sorpresa. La senadora de Alaska Catherine Lewis amenaza con ir a la televisión nacional para alertar al público de que el enemigo esta entre ellos. Sean y Leila avanzan en el descubrimiento de la ubicación de Samantha.

Mientras tanto, la recién nombrada senadora de Alaska Catherine Lewis amenaza con divulgar información sobre el el centro de detencion del monte Inostranka en un episodio de "Hardball con Chris Matthews". Por otra parte, Sean y Leila avanzan de nuevo sobre el paradero de Samantha, pero les lleva a un giro dramático en sus vidas. James Dempsey intuye que su camino y el de Sean, una vez más se cruzan.

President Martinez gets tougher with dealing with the cleanup of Thomas's breakout of 51 Inostranka detainees. Michael drops Lelia and Samantha off with a fellow alien family to go help Sophia stop Thomas. The 51 detainees and Thomas move into a suburban area, while Michael and Sophia detain one of them for questioning. Sean gets into a bar fight.

Thomas summons Sophia, Diane Geller, and the other Sleepers to reveal the contents of the game-changing message he received. With newfound intensity, President Martinez confronts Vice President Ray Jarvis about his betrayal. Sean blackmails Vicky into helping him on a mission of vengeance. Elsewhere, Dempsey continues on his hunt for experimental subjects.

Negotiations for the release of the Sleepers begin after Sophia triggers a national disaster; Sean and Vicky continue their mission.

The Sleepers mourn their losses after negotiations are derailed; Sterling tries to test Simon's loyalties; President Martinez asks Sen. Lewis to find any remaining moles in the White House.

Vice President Jarvis vocalizes his lack of faith in President Martinez's leadership and agrees to meet with an adversary. Senator Catherine Lewis reports the findings of her surreptitious blood testing of the White House staff only to find one holdout, someone very close to the President. Sophia pushes forward in her search for a super weapon. And, after witnessing injustices within the Sleeper community, Leila begins to question where she belongs. Elsewhere, Sean and Vicky find whom they've been hunting for, but it may be too late.

The White House is rocked by the sudden illness of one of their own, leaving Chief of Staff Peel and Sterling to investigate possible conspirators. Michael Buchanan comes to the aid of Leila, but it leaves them both at risk of Sophia's wrath. Across the globe in Russia, Sean and Vicky race to stop Sophia's weapon from being loaded onto a plane heading to the United States.

The White House grapples with the unfolding tragedy as Sterling continues the investigation into his primary suspect. Sophia manipulates the traitor inside the White House, confirming the suspicions of Chief of Staff Peel. Leila and Michael attempt to rescue Simon, but at tremendous personal risk. Elsewhere, Sean and Vicky try to identify Sophia's secret courier before it's too late.

With doubt still surrounding the tragedy at the White House, Sterling encounters an unlikely ally in Simon, who risks his life to return with a possible antidote. Against the wishes of Chief of Staff Richard Peel, Jarvis authorizes an air strike to neutralize them. Meanwhile, Sophia continues on her diabolical plan to exterminate the human race, now with the help of an unwitting accomplice -- Leila

President Martinez makes a triumphant albeit shaky return to the White House, determined to punish the traitors who conspired against him. Sophia forges ahead with her plan, while battling a new enemy -- the guilt that has begun to plague her. Sean and Vicky form an impromptu team with Sterling and Simon in order to track down Sophia's headquarters and stop her before the destruction of all human life.

Martinez trata de convencer a Jarvis de que cancele cualquier trato que tenga con Sophia, pero éste se niega a ceder a las presiones del presidente. Mientras, Sterling y Sean descubren las vías de propagación del virus.