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La vita del Presidente degli Stati Uniti e' in pericolo, prigionieri misteriosi sono rinchiusi in installazioni governative segrete, una vacanza si tramuta in dramma. Tutto sembra ruotare attorno all' Evento...

Mentre l’onda d’urto dell’aereo si dissolve, lo staff del presidente Martinez deve lavorare velocemente per valutare ciò che è accaduto e come rispondervi. Blake Sterling, rinchiude Sophia per un’interrogatorio. La cospirazione si allarga, coinvolgendo l’Agente dell’FBI Collier (guest star D. B. Sweeney), un mercenario dalle cravatte discutibili. Nel contempo, emerge la figura misteriosa di Thomas, a conoscenza dei detenuti e del loro piano.

L’agente Collier, dopo una serie di strani avvenimenti, inizia a credere all’innocenza di Sean e decide di aiutarlo. William accetta la proposta del presidente Martinez: libertà in cambio di informazioni. Maya pero’, la sua compagna, lo uccide per impedirgli di parlare. I passeggeri dell’aereo precipitato, che erano stati dichiarati morti, si risvegliano.

Leila riesce a liberarsi e a sfuggire ai suoi sequestratori e si rifugia in una stazione di polizia. Tenta di chiamare Sean, ma il cellulare è scarico. Sean e Collier, sulle tracce di Leila, riescono a risalire ad uno degli alter ego di Vicky e tracciando le attività delle carte di credito, arrivano in Texas in una casa dove Leila potrebbe essere tenuta prigioniera. Scoprono che la donna che vi abita è la madre di Vicky ma niente di più. Thomas riesce a mettersi in contatto con Martinez e lo esorta a rilasciare Sophia e i prigionieri, altrimenti la loro risposta potrebbe essere molto violenta. Sterling interroga Buchanan, che come tutti i passeggeri non ricorda nulla del volo, ma che gli racconta del rapimento di Leila.

La vita dei passeggeri dell'aereo e' appesa a un filo. Il presidente cerca di salvarli con un'estenuante trattativa con Thomas. Ma il prezzo da pagare potrebbe essere troppo alto...

Nel cibo di Sophia è stato aggiunto un isotopo radioattivo che permetterà di monitorare i suoi movimenti. Quando Simon capisce che così arriveranno a Thomas, trova un trucco per depistare gli agenti. Aggiunge le gocce dell’isotopo nella brocca di caffè in una caffetteria, in modo che non sarà possibile distinguere Sophia dalle altre persone che hanno bevuto il caffè. Sean e Leila tornano nella casa di Michael e Val e trovano un file misterioso. Subito dopo, si trovano di fronte una donna che li minaccia con la pistola e chiede quel file. Sean riesce a disarmarla e le chiede di spiegarle cosa c’è dietro la sparizione di Michael e di Sam. La donna, Madeline, è una giornalista che indagava su una struttura governativa segreta dove erano ospitati dei prigionieri speciali, alieni superstiti di un incidente aereo nel 1944. Michael, mentre volava sui cieli dell’Alaska, aveva visto questa struttura.

Sean e Leyla, con l'aiuto di Madeline, una ex giornalista, fanno un passo avanti nella ricerca della verita' su quanto e' accaduto alla famiglia della ragazza. Nel frattempo diventa evidente la presenza di una talpa all'interno dei servizi segreti: il principale sospettato e' proprio Simon...

Martinez e Sterling riescono a smascherare Jarvis e il suo ruolo nell'attentato a Coral Gables grazie ai tabulati telefonici. Vicky viene mandata da Dempsey con l'ordine di eliminare Jarvis. Nel frattempo Leila cerca disperatamente un medico per salvare Sean che sta morendo dissanguato...

Al raduno dei "dormienti" Sophia viene accolta con grande entusiasmo. Nel frattempo Sean e Leila vengono a sapere da Abby, la bambina che e' riuscita a sfuggire ai suoi sequestratori, che Samantha e' tenuta prigioniera in una struttura simile ad un ospedale, dove fanno esperimenti sui bambini...

Sean riesce a convincere Berg a parlare ed apprende dell'esistenza di uno strano ospedale dove potrebbe essere rinchiusa Sam. Nel frattempo Sterling comunica a Martinez che e' stato scoperto un sito dove e' pronto il lancio di un missile, probabilmente a testata nucleare...

Il Presidente Martinez e il suo Capo di Stato Maggiore (la guest star Roger Bart) affidano all’intelligence la decifrazione del messaggio satellitare di Thomas con lo scopo primario di determinare a chi fosse indirizzato. Mentre tutti sono impegnati Thomas ne approfitta per sferrare un attacco a sorpresa che vedrà un’inaspettata e coraggiosa reazione di un eroico Blake Sterling che imparerà sulla sua pelle un’importante lezione sui dormienti di Maya...

...nel frattempo la senatrice Catherine Willows fresca di nomina minaccia di divulgare informazioni sul centro di detenzione locato sul monte Inostranka e di farlo in diretta televisiva durante il talk-show politico Hardball condotto da Chris Matthews. Altrove mentre James Dempsey è convinto che la sua strada e quella di Sean torneranno ad incrociarsi, Sean e Leila scoprono indizi sul luogo dove si trova Samantha, ma la traccia li porterà ad una svolta drammatica.

Sterling e Richard aiutano il presidente a tenere a bada le conseguenze politiche della fuga da Inostranka. Intanto Michael si unisce alla ricerca di Thomas, lasciando Leila con una vecchia amica, Diane Geller.

Thomas riceve risposta dalla sua gente e convoca Sophia per informarla della notizia. Intanto Sean costringe Vicky ad aiutarlo, Martinez si occupa del tradimento del vice presidente Jarvis e Dempsey continua i suoi piani per acquisire alieni per i suoi scopi sperimentali.

Martinez e Sterling sono costretti a negoziare con Sophia dopo una esplicita dimostrazione della tecnologia in suo possesso. Intanto Sean e Vicky viaggiano verso la Francia alla ricerca di Dempsey.

Dopo l'attacco rivolto agli agenti dormienti, Martinez chiede alla senatrice Lewis di aiutarlo ad individuare gli altri infiltrati. Intanto Sterling mette alla prova la lealtà di Simon, mentre Vicky e Sean rintracciano Dempsey e Sophia annuncia le sue intenzioni.

Martinez e Sterling ricevono i risultati degli esami del sangue condotti dalla senatrice Lewis. Intanto Sophia continua la sua ricerca per una super-arma, Jarvis valuta un'alleanza con un improbabile partner, e Sean e Vicky trovano Dempsey in Francia.

Jarvis avvelena il caffe' di Martinez causando un'emorragia cerebrale. In fin di vita, Martinez confida a Sterling che a ridurlo in quelle condizioni e' stato proprio il Vice Presidente. Sterling e Peel decidono di procurarsi delle prove per impedire a Jarvis di essere nominato Presidente pro tempore...

Mentre Elias Martinez entra in coma, Jarvis presta giuramento per la nomina a Presidente ad interim. Sterling, pero', non si da' per vinto e, quando dalle analisi del caffe' che ha avvelenato Martinez risulta che vi era contenuta una sostanza sconosciuta, affronta Jarvis e lo accusa apertamente di aver attentato alla vita di Martinez...

Simon scappa con l'antidoto da portare a Martinez mentre Leila viene catturata da Sophia. Simon raggiunge Sterling e lo convince a far avere la fiala al Presidente prima che sia troppo tardi. Jarvis fa intervenire una squadra dell'FBI ma i due riescono a fuggire in tempo...

Grazie alla somministrazione dell'antidoto, Martinez esce dal coma e, nonostante le proteste del suo medico, va subito alla Casa Bianca: Sa che Jarvis lo ha avvelenato e lo affronta apertamente. L'altro tenta di negare e poi si giustifica dicendo che quello che ha fatto era necessario per il bene del paese. Intanto, Sophia si prepara a propagare il virus dell'influenza spagnola in tutto il mondo...

Sterling, con l'aiuto di Simon, Vicky e Sean, riesce a neutralizzare due operazioni nei siti in cui Sophia avrebbe fatto rilasciare il virus. Ma intervenire all'aeroporto di Dulles e' complicato: Martinez cerca di convincere Jarvis a chiudere l'aeroporto ma, di fronte al suo rifiuto, smaschera il suo tradimento di fronte ai membri del Gabinetto...