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Lorsqu'un bateau de pêche français est retrouvé dérivant dans la Manche, délesté de sa cargaison d'enfants, Karl Roebuck brave les directives de sa nouvelle patronne, Winnie Miles, et recontacte Elise Wassermann. Pendant que le binôme policier s'active sur l'enquête, une mère signale la disparition de ses enfants dans le Kent.

Les trois enfants anglais sont retrouvés au fond d'un container du centre d'immigration. A leurs côtés, une vidéo diffuse l'histoire pétrifiante de la légende du Joueur de flûte. BB et Louise sont appelés à la rescousse. La réapparition de Charlie Moreau, adolescent disparu huit ans auparavant, provoque une onde de choc chez Elise.

L'enquête prend une tournure singulière lorsque Winnie Miles, qui supervise le travail de Karl Roebuck, reçoit une boîte contenant un rat vivant, ainsi qu'un ensemble de coordonnées. Ces paramètres conduisent tout droit à la dernière victime du joueur de flûte. Le tueur semble s'amuser avec les polices française et britannique, qui se perdent en conjecture. Le temps presse pourtant. Il faut absolument que les investigations progressent pour éviter que d'autres cadavres ne soient découverts.

Kiki apporte son aide aux inspecteurs dans leur enquête sur Anton. Alors que Karl lance un appel sur Internet en direction de Lana Khasanovic, Elise se lance dans une reconstitution de l'enlèvement de Charlie. Lorsqu'il apprend que son inspectrice enquête à nouveau sur l'affaire Moreau, Astor Chaput réagit avec violence.

Karl fait une découverte inquiétante à l'appartement d'Elise, et le schéma des personnes disparues continue.

Dans le dernier épisode, Karl et Elise font face à une confrontation tendue et poignante avec le Pied Piper, tandis que la vérité sur l'enlèvement de Moreau est enfin révélée.