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Convinto che l'Allspark sia stato distrutto, Megatron tenta di fuggire dal pianeta morente. Il piano di Elita per liberare alcuni prigionieri ha una battuta d'arresto.

Transformers mercenari arrivano sull'Arca alla deriva nello spazio. Improbabili alleati soccorrono gli Autobot imprigionati e Megatron rivela il progetto Nemesis.

Gli Autobot individuano l'Allspark, ma una stazione spaziale deserta e il suo occupante solitario creano ostacoli. I Decepticon raggiungono l'Arca.

Megatron deve affrontare una situazione di vita o di morte. Mentre gli Autobot e i Decepticon fanno squadra contro Scorponok, Starscream cerca di prendere il potere.

Optimus incontra una guida inaspettata che gli mostra un possibile futuro. Megatron incontra un'entità che gli dice che cosa deve togliere a Optimus.

Gli Autobot e i Decepticon combattono sul pianeta dove giace l'Allspark, mentre Deseeus si avvicina per vendicarsi di tutti loro.