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オールスパークが失われたと信じ、おそろしい手段で死にゆく星からにげようとするメガトロン。収容所を解放しようとするエリータは、大きな危機に。

傭兵(ようへい)たちは、宇宙にただようアークを発見。とらわれのオートボットは、思わぬ味方に助けられる。メガトロンは、ネメシス計画を始動する。

オールスパークを追うオートボットは、無人の宇宙ステーションへ。そこには、おそろしい敵がひそんでいた。ディセプティコンは、アークに追いつく。

深い傷を負うメガトロン。オートボットとディセプティコンが協力してスコルポノックに立ち向かう一方で、スタースクリームは権力を手にしようとする。

オプティマスは予期せぬ出会いを果たし、未来の可能性について教えられる。メガトロンの前になぞの存在が現れ、宿敵に勝つために必要な力を説く。

オールスパークがある星の上空で、激しく戦うオートボットとディセプティコン。そこに、復しゅうに燃えるディシアスまでもが現れ、戦いは大混乱に。