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Con gli occhi di Gotham incollati al processo contro Rupert Thorne, Batman protegge le strade dalle ritorsioni del boss criminale e del suo scatenato luogotenente: Eddie Nygma alias L'Enigmista.

Dopo una serie di audaci attacchi contro le Triad Industries, Batman deve rintracciare e fermare il vendicativo astronauta che ne è responsabile con ogni mezzo necessario, prima che la sua vendetta provochi la morte di vittime innocenti! Tuttavia, mentre il detective Cavaliere Oscuro risolve il mistero, scopre rivelazioni sconvolgenti!

Rupert Thorne è scomparso e il suo sostituto, Eddie Nygma (L'Enigmista) che scatena il caos a Gotham, violenza di strada brutale e rapine sfrontate sono in crescita e il GCPD non ha abbastanza uomini per rallentarle. Per ottenere informazioni sull'ubicazione di Thorne e sul background del suo nuovo capo, Nygma, Batman entra sotto copertura nella Prigione di Blackgate nei panni di Matches Malone!

Una scena del crimine con un simbolo di pipistrello insanguinato significa problemi per Batman. Grazie alla campagna diffamatoria di Hattie Tetch, il detective Cavaliere Oscuro è soggetto a un controllo pubblico mai subito finora. Deciso a riabilitare la propria reputazione, Batman scopre un fanatico culto legato ai pipistrelli guidato da un profeta carismatico: il Monaco Pazzo.

Il detective caduto in disgrazia Jim Corrigan si offre volontario per un esperimento carcerario per redimersi, ma il risultato è molto più orribile di quanto tutti, compreso Batman, potessero immaginare.

Una serie di misteriose morti di studenti alla Gotham University attira Harley Quinn fuori dal suo nascondiglio. Quando la sua indagine converge con quella di Batman, i due ex avversari siglano un'alleanza per sgominare la minaccia immediata: lo Spaventapasseri!

Dopo aver ucciso un ex poliziotto sparandogli, l'ex poliziotto Eddie "L'Enigmista" Nygma fa coppia con una misteriosa donna chiamata Thorn. La loro storia d'amore con risvollti criminali mette sottosopra Gotham, forzando la mano di Batman.

Quando Batman riprende la sua ricerca di Rupert Thorne, la sua indagine si interseca con quella di Carrie Kelley, una detective dilettante che si fa chiamare "Acchiappa Criminali"! Collaborano per sgominare il faccendiere della mala di Gotham, Mr. Zero!

Il Joker annuncia pubblicamente la condanna a morte del sindaco Jessop. Con Gotham nel panico, il GCPD fa di tutto per proteggere il sindaco mentre Batman dà la caccia a Joker. I loro sforzi congiunti saranno sufficienti a fermare la minaccia incombente?

È il Giorno del Giudizio a Gotham, quando un contagio si diffonde in tutta la città, trasformando i cittadini in maniaci omicidi. Mentre i sopravvissuti si nascondono terrorizzati, gli alleati di Batman si mobilitano per salvare chiunque sia rimasto, mentre il detective Cavaliere Oscuro affronta finalmente il suo nemico definitivo: Joker!