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Com todos os olhos de Gotham voltados para o julgamento de Rupert Thorne, Batman protege as ruas da vingança do chefe do crime e de seu tenente obcecado por armas: Eddie Nygma, também conhecido como Charada.

Após uma série de ataques ousados à Indústrias Tríade, Batman precisa localizar e deter a vingativa engenheira aeroespacial responsável por tudo, antes que sua vingança acabe resultando na perda de vidas inocentes. No entanto, à medida que o Cavaleiro das Trevas desvenda o mistério, ele faz descobertas chocantes.

Com o sumiço de Rupert Thorne e seu substituto Eddie Nygma, o Charada, instaurando o caos em Gotham, a violência nas ruas e os casos de roubos aumentam, e o Departamento de Polícia de Gotham está sobrecarregado demais para conter a situação. Para obter informações sobre o paradeiro de Thorne e o passado de Nygma, Batman se infiltra na prisão de Blackgate sob a identidade de Fósforos Malone.

Uma cena de assassinato com símbolo de morcego desenhado em sangue é um prenúncio de problemas para o Batman. Graças à campanha difamatória de Hattie Tetch, o Cavaleiro das Trevas enfrenta mais escrutínio público do que nunca. Determinado a limpar seu nome, Batman descobre uma seita de adoradores de morcegos liderado por um profeta carismático, o Monge Louco.

O detetive Jim Corrigan, que caiu em desgraça, se oferece para ser cobaia de um experimento na prisão para se redimir, mas o resultado é muito mais horripilante do que qualquer um, incluindo o Batman, poderia imaginar.

Uma série de mortes misteriosas de estudantes na Universidade de Gotham tira a Arlequina do seu esconderijo. Quando sua investigação e a do Batman acabam se cruzando, os dois antigos adversários formam uma aliança para derrotar a ameaça mais imediata: o Espantalho.

Após assassinar um ex-policial, Eddie Nygma, o Charada, se alia a uma mulher misteriosa chamada Espinho. O relacionamento dos dois, permeado por crimes, vira Gotham de cabeça para baixo, forçando Batman a agir.

Quando Batman retoma a busca por Rupert Thorne, sua investigação acaba esbarrando na de Carrie Kelley, uma detetive amadora que se autodenomina "Esmaga Crime"! Juntos, eles unem forças para derrubar o chefão do submundo de Gotham, Sr. Zero.

O Coringa anuncia publicamente a sentença de morte do prefeito Jessop. Enquanto os habitantes de Gotham entram em pânico, o Departamento de Polícia de Gotham se mobiliza para proteger o prefeito, enquanto Batman caça o Coringa. Será que seus esforços conjuntos serão suficientes para impedir o que está por vir?

É o Dia do Julgamento em Gotham e uma epidemia assola a cidade, transformando cidadãos em maníacos homicidas. Enquanto os sobreviventes se escondem com medo, os aliados do Batman se mobilizam para salvar quem restou, enquanto o Cavaleiro das Trevas finalmente enfrenta seu maior inimigo, o Coringa.