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ゴッサム中の注目がルパート・ソーンの裁判に集まる中、この犯罪組織のボスによる報復と、銃に取りつかれた右腕エディ・ニグマ、通称リドラーからバットマンは街を守り抜けるだろうか。

トライアド社が度重なる大胆な襲撃を受ける。バットマンは報復に燃えるロケット開発者をいかなる手段を用いても追跡し、阻止しなければならない。さもなくば無実の犠牲者を生んでしまう。だが、闇の騎士たる探偵が謎を解き明かすにつれ、衝撃的な真実が明らかになる。

ルパート・ソーンが行方不明となり、後任のエディ・ニグマ（通称リドラー）がゴッサムで大暴れ。残忍な暴力事件や大胆不敵な強盗事件が激化し、ゴッサム市警察は手薄になり事態を食い止められない。ソーンの行方と、新たな頭であるニグマの素性を突き止めるため、バットマンはマチス・マローンに扮し、ブラックゲート拘置所に潜入する。

血で描かれたバットマンのマークが残された殺人現場が、バットマンにとって厄介な事態を招く。ハティ・テッチによる中傷キャンペーンのせいで、闇の騎士たる探偵はかつてないほど世間の厳しい視線にさらされる。汚名をそそごうと決意したバットマンは、カリスマ的な預言者マッド・モンクが率いる狂信的なバット・カルトの存在を突き止める。

失職した刑事ジム・コリガンは、名誉挽回のため、刑務所での実験に志願する。だがその結果は、バットマンを含め、誰も想像し得なかったほど恐ろしいものとなった。

ゴッサム大学で相次ぐ学生の不可解な死をきっかけに、ハーレイ・クインが潜伏先から姿を現す。同じ謎を追う彼女とバットマンは、かつては宿敵同士だったが、差し迫った脅威「スケアクロウ」を倒すために手を組むことに。

元警官を射殺した後、エディ・ニグマ（通称リドラー）はソーンという名の謎めいた女性と手を組む。犯罪にまみれた２人の情事はゴッサムを大混乱に陥れ、ついにバットマンの出番に。

ルパート・ソーンの追跡を再開するバットマン。その捜査の中で彼は「クライム・スマッシャー」を名乗るアマチュア探偵、キャリー・ケリーに遭遇する。２人は手を組み、ゴッサムの裏社会のフィクサー、Mr.ゼロを倒すべく立ち向かう。

ジョーカーがジェソップ市長の殺害を公式に予告。ゴッサムがパニックに陥る中、市警察は市長を守るために奔走し、バットマンはジョーカーを追跡する。彼らの力で迫り来る事態を食い止められるだろうか。

ゴッサムに「審判の日」が訪れる。市民が次々に毒に感染し、殺人鬼へと変貌していく。生存者たちが恐怖に震える中、バットマンの仲間たちは彼らを救うため行動を起こす。そして闇の騎士たる探偵は、ついに宿敵ジョーカーと対決する。