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脱獄囚の上エ地圭二を追って札幌にやってきた杉元一行。同地では鶴見中尉率いる第七師団の斥候と土方一味が脱獄囚と思しき連続殺人犯の捜索に動いており、アイヌの金塊をめぐって争う陣営が札幌に集結する状況となった。そんな中、牛山と都丹が新たな犯行に手を染めようとしていた上エ地と遭遇。上エ地を追って洋食屋に押し入った牛山だが、店内では杉元たちが食事中だった。そこに土方も姿を見せ、一触即発の状況にッ……!! 　杉元と土方の間で火ぶたが切られた争いは、それを止めようとした牛山らも加わって混戦模様に。そこにアシㇼパが割って入り、土方にアイヌの未来についてどう考えているのかを問う。蝦夷共和国の構想を明かし、アシㇼパこそが多文化国家を象徴する主導者として最適だと答える土方。第七師団に金塊が渡ることだけは避けたい両陣営は協力する道を選び、アシㇼパと土方は刺青人皮の情報を共有する。しかし、土方が鶴見中尉から奪った刺青人皮の真贋をめぐってアシㇼパの中に新たな疑念が生じる結果となった。その後、土方に協力する石川啄木が宇佐美から死守した情報により、連続殺人犯が次に犯行を行う場所が札幌ビール工場だと判明する！

連続娼婦殺害事件の犯人は、ロンドンで起きたジャック・ザ・リッパーの事件を再現しようとしている――そう推理した石川啄木からの情報で次の犯行場所が札幌ビール工場だと突き止めた杉元と土方たちは、三人一組の部隊に別れて待ち伏せする作戦を実行に移す。そんな中、門倉が同じく殺人犯を追って周辺を探索していた宇佐美と接触。犯人と勘違いした牛山の部隊により、犯人発見を知らせる花火が打ち上げられてしまう……。

オストログの逃走を許した土方たちだが、都丹や有古の索敵能力を頼りに追跡を続けていた。追い込まれたオストログは、箱詰め作業場の藁苞に火を放ち再び逃亡。同じ頃、宇佐美に追い回されていた門倉は、ついに捕まり土方から託されていた刺青人皮を奪われてしまう。そこに尾形が姿を見せたことで、宇佐美と激しい戦闘に突入する。一方、杉元とはぐれて動力室に足を踏み入れたアシㇼパだが、そこに逃走中のオストログが現れ……。

オストログの死体を確保した土方たちが撤収を図る中、杉元たちは炎と煙に包まれたビール工場内に取り残されていた。そのことを知り、捜しに向かう房太郎。だが、彼の目的は救出ではなかった。房太郎は杉元を裏切り、アシリパと門倉が持っていた刺青人皮を奪取。抵抗を試みるアシリパに対し、アイヌや金塊のことなど忘れて杉元と家族になれとささやく。しかしそこに第七師団の鯉登が現れたことで、両者の激しい戦いが勃発するッ！

アシㇼパを奪還すべく杉元たちは第七師団の追跡を続けるが、そこにソフィア率いる極東ロシアのパルチザンが介入。ソフィアは月島と争った末に捕らえられ、それを受けて鶴見中尉は彼女とアシㇼパを一時的にかくまう判断を下す。教会の一室で鶴見中尉と対峙することになったアシㇼパとソフィア。鶴見中尉への信頼が揺らぎ始めていた月島と鯉登が外で聞き耳を立てる中、鶴見中尉の口から彼らが知らなかった真実が明かされる……。

ソフィアから北海道に渡ったウイルクの変化が明かされたあと、鶴見中尉はその後の彼の歩みについて語り始める。ウイルクたちが金塊の在り処を知る老人の消息を追っている頃、鶴見中尉は部下と共にその老人を最初に目撃した有古の父に接触。彼の話から、ウイルクがかつて自分の写真館を訪れたゲリラの男だと確信する。そして、有古の父にウイルクの過去を教えることで、金塊を探すアイヌたちの関係に大きな亀裂をもたらした……。

鶴見中尉から刺青の暗号の解き方を教えるように迫られたアシㇼパは、暗号の鍵と思われる父のアイヌ語での名前「ホㇿケウオㇱコニ」を口にしてしまう。伝令を装って部屋に入った有古がアシㇼパの解放を試みるが、鶴見中尉はこれを察知。強行策に出た有古は、加勢してきた月島と鯉登の妨害をかいくぐってアシㇼパたちと教会を脱出する。ちょうどそこに駆けつけた杉元たちの宣伝車で逃走を図るが、有古だけが乗り遅れてしまい……。

列車で移動中にうたた寝をしていた杉元は、菊田との出会いにまつわる夢を見る。故郷から東京に出てきた矢先、陸軍士官の候補生らとケンカになった杉元。それを止めたのが、当時第一師団で候補生を指導していた菊田だった。菊田は杉元を食事に誘うと、第七師団長の息子・花沢勇作の替え玉となって見合いをしてほしいと持ちかける。財閥の令嬢・金子花枝子を相手とするその縁談は、勇作の母がある思惑で仕組んだものだった……。

花枝子の危機を察した杉元は、浴室から全裸で飛び出し、菊田と共に彼女を連れて逃走。その最中に勇作と鉢合わせ、彼の替え玉だとばれてしまう。ところが花枝子の心境の変化により、杉元のほうが求婚を断る流れに。こうして縁談は破綻し、杉元と菊田も別れたのだった。目を覚まし、次に菊田と会うときは本気で戦う覚悟をする杉元。だがその頃、暗号の解読を終えた鶴見中尉と菊田の間で抜き差しならない事態が発生していた……。

　杉元たちが第七師団を迎え撃つ準備と金塊の捜索を進める中、土方が協力の約束を取り付けていたソフィア率いるパルチザンが合流。その後、土方の見込み通り、彼の刺青を手がかりに掘り進めた場所から北海道の土地の権利書が発見される。土地を守るために金塊が使われていたと知り、自分と先人たちの考えが同じだったことを喜ぶアシㇼパ。対して失望の色を隠せずにいた杉元たちだが、権利書の内容から新たな事実が明らかになる……。

　箱館戦争中に五稜郭に出入りしていた若き土方は、金塊を隠したアイヌたちと出会い、彼らに戦闘で負傷していたところを救われる。だが政府軍に見つかり、そのまま連行され幽閉状態に置かれる身となったのだった。それから時が経ち、ロシア領事館に隠されていた金塊はウイルクたちによって五稜郭に移され、杉元たちがそれを発見するに至った。一時中断されていた駆逐艦の艦砲射撃が再開される中、杉元たちは局面を打開できるのか⁉︎

五稜郭内に攻め込んできた第七師団を迎撃する杉元たち。そんな中、二階堂に狙撃された土方をかばった都丹が致命傷を負ってしまう。土方を先に行かせた都丹は、押し寄せる敵と銃撃戦を展開。一方その頃、鶴見中尉は月島と鯉登を従えて土地の権利書の捜索を進めていた。ところが、鯉登が鶴見中尉に対し、嘘で試した人間の愛しか信じていないのではないかと問いただす。時を同じくして、杉元は二階堂と死闘を繰り広げていたッ！

五稜郭からの脱出を目指す杉元たちは、北口で戦っていたソフィアを発見。一緒に逃げるように促すが、ソフィアは敵を食い止めるためにその場に留まる道を選ぶ。別れ際、アシㇼパに未来はあなたが選んでと告げたソフィア。しかしその直後にソフィアは鶴見中尉の放った銃弾に倒れ、さらに銃撃で体勢を崩した馬からアシㇼパが落下してしまう。杉元とアシㇼパが離れ離れになりかけたそのとき、意外な人物が救いに駆けつける……。