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人々が熱狂したメガロニアの決勝戦から７年後。ジョーは“ノマド”と名乗り地下のリングに立っていた。別人のような風貌に傷だらけの身体。そこにはかつてのチャンピオンの面影はなかった。ファイトマネーを稼ぎながら転々とする日々の中、ジョーはチーフという不思議な魅力の男と出会う。

ジョーはミオという悪ガキにバイクを盗まれてしまう。バイクを探す中で「カーサ」と呼ばれる移民たちのコミュニティに辿り着くが、バイクは既に解体されていた。事情を知ったミオの母・マーラが修理と弁償を申し出るが、ジョーは長旅の疲れと鎮痛剤の禁断症状が重なり、その場に倒れてしまう。

チーフは自分たちの家や仲間を守る為、これまで貯めてきたファイトマネーと今度のメガロボクストーナメントの優勝賞金とで「カーサ」の土地を買い取ろうとしていた。しかし、移民を町から追い出したい一心の氷川は、チーフの志を砕こうと執拗な嫌がらせを始める。

大会の決勝戦を迎えたチーフとジョー。対戦相手は氷川の子飼いのボクサー・クレイジー間宮。移民と反移民の観客で会場内は異様な雰囲気となる。一進一退の攻防の中、チーフはジョーとある約束を交わす。

チーフと交わした約束を胸に、帰郷したジョーが目にしたものは廃墟と化した“番外地ジム”だった。子供たちの安否を確かめるべく訪れた虻八商店で、１年前に台風で川が氾濫し辺り一帯が被害にあったことを知る。

突然戻って来たジョーを受け入れられず、苛立ちを抑えられないサチオは、ボンジリの店に居合わせた客と揉めて怪我を負わせてしまう。荒れるサチオを心配しながら、オイチョは決別のきっかけとなったあの日の試合を思い出していた。

勇利の愛弟子であり、デビュー以来無敗を誇る現役チャンピオン・リュウ。次の対戦相手であるマックは、大怪我から奇跡の復活を遂げた人気のメガロボクサー。対戦へ向けてトレーニングにも熱が入るリュウだったが、５年前のジョーとのエキシビションマッチに対し心残りがあった。そんな中、ジョーの帰還を耳にし、彼に会いに行く。

ジョーも見守る中、リュウ対マックの試合が始まる。序盤はリュウが優位に進めるが、マックタイムを期待する観客の声援もあり、白熱した試合で会場は大いに盛り上がる。一方、ふたりの試合を観戦していた白都ゆき子は兄・樹生のある言葉を思い出していた。

マックの脳に移植されたチップ「Brain Encoding System（通称ベス）」の安全性について疑念を覚えたゆき子だったが、経営者としての責任と、自身の理念との間で、どう動くべきなのか思い悩む。南部の墓前で偶然ジョーに出くわしたサチオは、相変わらず激しく拒絶する。少しの溝も埋まらないふたりを表すかのように、番外地にはまたしても台風が近づいていた―。

突然、マックの対戦相手に指名され戸惑うジョーだったが、番外地に再び灯りをともすため、自分に出来ることは何なのか思いを巡らせていた。そんなジョーへ心を開いていくボンジリ、サンタ、オイチョとは対照的に、どんどん孤立化していくサチオは、かつての南部の言葉を思い出していた。

修繕が終わった番外地では、これを祝うささやかなパーティーが開かれていた。ジョーは仲間たちの前で、この５年間の出来事を全て打ち明け、マックとの対戦についてある意志を告げる。一方のマックは、憧れのボクサーであるジョーとの対戦に、期待に胸を躍らせていたが、思いもよらない衝撃の真実を知ることとなる。

ジョーは勇利の指導の下、アラガキを相手にトレーニングに励み、サチオは虻八とオイチョとともにチーフから受け継いだジョーのギアのカスタマイズに挑んでいた。マック戦に向けて再びチームがひとつになっていた。一方、全ての真実を知ったマックは、家族も佐久間も捨てて街を彷徨っていた。

遂にジョー対マックのゴングが鳴った。一進一退の攻防が続く中、ふたりを奮い立たせるものは、支えてくれた家族や仲間たちの存在だった。全身全霊でお互いの拳と魂をぶつけ合うジョーとマック。その闘いの後に人々に訪れたものとは―。