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1997年、ある科学者は家族を顧みることなく、まるで取りつかれたかのようにプロジェクトに没頭。2022年、抵抗軍の戦士は重要なデータを手に入れるべく、恐るべきサイボーグに立ち向かう。

エイコとターミネーターは1997年の世界にたどり着き、それぞれマルコム・リー博士を見つけ出すべく動き出す。同じ頃、マルコムの3人の子供たちは、こっそり自宅から抜け出してしまう。

繰り返し見る悪夢のことをココロに打ち明けるマルコム。3人の子供たちは地下街を進み続けるのだが、行く手に潜む恐ろしい危険に気付いていなかった...。

死に物狂いで警察から逃れようとするエイコ。謎に包まれていたミサキの過去が、明らかになってゆく。運命は決まってしまっているのか、その答えを求めてマルコムは苦悩する。

ココロをオンラインにするマルコム。ミサキを信頼できるかどうか、意見が食い違うケンタとヒロ。エイコは、これから先は何が起こるか誰にも分からないことに気付く。

預言者は、タイムトラベルとはどういうものなのかエイコに語る。マルコムは、ココロにつらい体験を打ち明ける。ケンタ、ヒロ、レイカは、再会を信じてキャットタウンを訪れる。

マルコムは、機械の脅威に打ち勝とうと戦いに明け暮れ、そして神を作ろうとしていた過去を振り返る。ケンタを捕らえたターミネーターは、すべてを終わらせるべく行動を開始する。

ケンタはあまりにも過酷な選択を迫られ、ターミネーターは彼に衝撃的な真実を告げる。人類の未来は今まさに、大きな岐路に立たされていた。