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Uma missão de evacuação muda a guerra de Master Chief contra o Covenant. Em Reach, um novo regime toma o poder do FLEETCOM. John sente uma ameaça iminente perto de casa.

John pressiona o Silver Team até o limite enquanto procura por Spartans desaparecidos. Kai se preocupa com a estabilidade de John. Kwan descobre que Rubble é muito mais perigosa na ausência de Soren.

John e o Silver Team embarcam numa missão não autorizada. Laera, Kwan e Kessler precisam escapar da rebelião da equipe de Soren. Ackerson recebe informações preocupantes de Cortana. A ameaça de um ataque força Ackerson a tomar uma decisão.

Um ataque Covenant ameaça a maior fortaleza da humanidade. John, Perez e o Silver Team lutam contra um inimigo esmagador. O Almirante Keyes conta com as forças do UNSC para defender seu território. Halsey e Soren trabalham juntos.

Depois da derrota, os sobreviventes sofrem para se recuperar. No planeta isolado Aleria, John luta contra uma perda sem precedentes. Soren e Laera procuram por seu filho desaparecido. Makee pisa em ovos enquanto o Árbitro fica impaciente.

John busca vingança em um planeta secreto da ONI. Perez treina para se tornar um novo tipo de soldado. Kai se vê dividida entre seu código espartano e sua lealdade a Master Chief. Makee pede ajuda a Cortana em sua busca pelo Halo.

John-117 fica cara a cara com Makee. Uma revelação leva Ackerson a questionar sua lealdade. O relacionamento de Soren e Laera começa a despedaçar. Halsey, Kwan e Miranda trabalham juntas.

A épica batalha pelo Halo começa. John faz uma escolha determinante. Soren e Kwan assumem uma missão de resgate. Halsey e Miranda libertam um horror milenar.