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一次致命的撤离任务标志着士官长与星盟战争的转变。在致远星上，新政权接管了舰队司令部。约翰感觉到家附近迫在眉睫的威胁。

约翰在寻找失踪的斯巴达战士时将银队推向极限。凯担心约翰的稳定性。关发现索伦不在时，瓦砾是一个更加危险的地方。哈尔西寻找绑架者的身份。

约翰和银队开始执行一项未经批准的任务。莱拉、关和凯斯勒必须逃离索伦叛变的手下。艾克森从Cortana那里收到了令人不安的情报。袭击的威胁迫使艾克森做出不可撤销的决定。

星盟的攻击威胁着人类最重要的据点。约翰、佩雷斯和银队与压倒性的敌人作战。凯斯上将集结联合国安理会部队进行最后的抵抗。哈尔西和索伦在试图逃离囚禁时建立了一种意想不到的联系。

失败后，幸存者努力收拾残局。在荒凉的阿莱里亚星球上，约翰正在应对前所未有的损失。索伦和莱拉寻找失踪的儿子。当仲裁者变得不耐烦时，马克小心翼翼地行事。

约翰向一个秘密ONI星球寻求复仇。佩雷斯接受训练，成为一名新型士兵。凯发现自己在斯巴达准则和对士官长的忠诚之间左右为难。马克向Cortana寻求帮助来寻找光环。

约翰-117 与马克面对面。一项揭露让艾克森质疑他的忠诚度。索伦和劳拉的关系开始破裂。哈尔西、关和米兰达致力于解开一个谜团。

光环的高潮战斗开始了。约翰做出了一个决定命运的选择。索伦和关执行救援任务。哈尔西和米兰达释放了古老的恐怖。