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Emily está nos últimos dias de sua suspensão do FBI enquanto luta para lidar com as consequências de suas ações das últimas duas temporadas. Muito vigilante e desconfiando dos outros, Emily vê ameaças em todo canto e fica atenta a todos.

Seguindo os eventos letais, Emily deve correr contra o tempo para achar e salvar Nick com a ajuda do seu informante misterioso, Kai. Rastreando sua localização, Emily vê que há uma conspiração mais complexa em curso e luta contra a possibilidade de que Nick tenha sido morto.

Desorientado e drogado em um estado de paralisia, Nick acorda em um local escuro e confinado. Enquanto isso, sem um corpo como prova, Emily se recusa a aceitar que Nick esteja morto e faz um acordo para resgatá-lo, só para descobrir que Dawkins armou uma armadilha e que todos estão em perigo.

O pedido de Emily para que o FBI vá atrás de Nick encontra resistência, e isso a leva a armar um plano arriscado que a põe diante do homem que pode levá-la a Nick. Enquanto isso, em algum lugar da Europa, Nick é drogado e psicologicamente torturado, revelando sua culpa enterrada e suas inseguranças como agente do FBI, marido e pai.

Emily obedece as ordens de Dawkins para ser levada a Nick e orquestra um esperto ardil no percurso. Enquanto isso, à medida que a culpa e a paranoia de Nick ameaçam dominá-lo, ele finalmente fica em paz com os demônios que o atormentam.

Nick continua a ser torturado, mas acha uma chance de escapar dos seus raptores. Cal e Emily saem em resgate de Nick e se aproximam no percurso. Ao chegar no local misterioso, acham evidências que levam ao caso de Nick em Boston, mas não há sinal de Nick.

Emily faz uma última tentativa de trocar os arquivos roubados por Nick e exige prova de que ele esteja vivo, sem saber que Nick escapou dos sequestradores numa perseguição emocionante. Nick contata o FBI, e Emily toma uma corajosa decisão de confrontar Cal sobre o passado dele.

Emily e Nick bolam um plano para se infiltrar no campo refugiado, e Cal se passa por um guarda do Meridian para achar Armstrong e levá-lo à justiça. Enquanto isso, Crown e Gunnarsen se aproximam do informante do Meridian e um visitante inesperado chega à fazenda.

Nick trabalha para libertar os refugiados e Cal finalmente confronta Armstrong. Quando Gunnarsen e Crown vão prender o Diretor Webb, descobrem algo letal. Enquanto isso, Emily tenta entender a operação de Elliot e vai longe para proteger sua família.

Emily e Nick finalmente se reunem com Flynn em Boston, mas a ameaça da arma biológica de Elliot ainda se faz presente. Emily recorre a medidas drásticas e faz uma escolha perigosa para garantir a segurança da família.