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Emily在联邦调查局停职的最后几天里一直在服刑，同时挣扎着接受她在过去两季中的行为所带来的后果。由于过度警惕和对他人的不信任，Emily认为威胁无处不在，并对每个人都进行仔细观察。

在致命事件发生后，Emily必须与时间赛跑，在Nick的神秘线人Kai的帮助下，找到并拯救Nick。在追踪他的位置后，Emily意识到有一个更复杂的阴谋在酝酿之中，她不得不努力应对Nick被杀的可能性。

迷失方向并被下药进入麻痹状态的Nick在一个黑暗和封闭的地方醒来。同时，在没有尸体作为证据的情况下，Emily拒绝接受Nick已经死亡的事实，并做了一个交易来救回他，结果发现Dawkins设下了一个陷阱，所有人都处于危险之中。

Emily要求联邦调查局追捕Nick，但遭到了抵制，这导致她启动了一个危险的计划，使她与能够带领她找到Nick的人面对面。与此同时，在欧洲的某个地方，Nick被下了药，受到了心理折磨，暴露了他作为联邦调查局特工、丈夫和父亲的罪恶感和不安全感。

Emily顺从Dawkins的要求，以便被带去见Nick，并在途中策划了一个巧妙的诡计。同时，当Nick的内疚和偏执威胁到他时，他终于平息了困扰他的个人心魔。

Nick继续被折磨，但他找到了一个机会试图逃离绑架他的人。Cal和Emily出发去营救Nick，并在途中变得更加亲密。当他们到达神秘地点时，他们发现了与Nick在波士顿时的案件有关的证据，但却没有Nick的踪迹。

Emily做了最后一次尝试，用偷来的文件换取Nick，并要求证明他还活着，她不知道Nick已经在一场惊心动魄的追逐战中从抓捕他的人手中逃脱了。Nick与联邦调查局取得了联系，而Emily做出了一个大胆的决定去面对Cal的过去。

Emily和Nick制定了一个潜入难民营的计划，Cal冒充Meridian的警卫，希望能找到Armstrong并将其绳之以法。同时，Crown和Gunnarsen缩小了对Meridian内鬼的调查范围，一位不速之客来到了农场。

Nick努力解救难民，Cal最终与Armstrong对峙。当Gunnarsen和Crown去逮捕副局长Webb时，他们发现了致命的东西。与此同时，Emily试图查清Elliot的行动，并不惜一切代价保护她的家人。

Emily和Nick终于与Flynn在波士顿团聚，但Elliot的生物武器的威胁仍然很大。Emily采取了激烈的措施，做出了危险的选择，以确保她家人的安全。