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弗兰克·卡斯特（乔·博恩瑟饰）化名Pete Castiglione，在中西部小镇的路边酒吧打零工，试图过平静生活。一晚，他喝醉后在酒吧卫生间暴打一群骚扰服务生的混混。少女Rachel（真名Amy Bendix）突然出现，她被一群武装雇佣兵追杀。弗兰克出手相救，在酒吧卫生间上演血腥肉搏战，杀死多名追兵，与Amy一同开车逃亡。 同时在纽约，比利·鲁索（Ben Barnes饰，第一季被弗兰克毁容）从医院醒来，面部严重毁损，记忆混乱，开始接受心理治疗师Krista Dumont的治疗。迪娜·马达尼（Amber Rose Revah饰）探访比利，试图获取情报，但比利声称失忆。

弗兰克与Amy躲在廉价旅馆，Amy谎称自己叫Rachel，弗兰克看出她在撒谎但仍保护她。雇佣兵追踪而来，弗兰克在旅馆停车场反杀数人。神秘杀手约翰·皮尔格林（Josh Stewart饰）首次登场，他是一个冷静、虔诚的宗教信徒，受雇于幕后势力追杀Amy。 纽约线：马达尼继续调查比利，Krista开始对比利产生私人情感。Amy透露自己持有某些“照片”，但不肯多说。

因酒吧事件，弗兰克与Amy被当地警方逮捕，关押在小镇警局。雇佣兵团队大举袭击警局试图抢人，弗兰克挣脱手铐，在警局内大开杀戒，血洗整个袭击小队，与Amy逃脱。皮尔格林随后赶到，清理现场。 比利在医院继续治疗，记忆碎片中出现与弗兰克的军旅往事。Krista逐渐引导比利面对过去。

闪回比利与弗兰克在军队时的深厚友情。现实中，比利出院，面容仍戴着金属面罩，开始招募第一季幸存的旧部下。弗兰克带Amy返回纽约，寻求老友柯蒂斯·霍伊（Jason R. Moore饰）的帮助。Amy终于吐露部分真相：她偷了某些能毁掉大人物的照片。皮尔格林继续追踪，展现极高战斗素养。

弗兰克潜入比利招募帮派的酒吧，与比利的手下发生激烈枪战。Amy被比利一伙短暂绑架，弗兰克单枪匹马杀入营救。照片线索指向参议员候选人大卫·舒尔茨（David Schultz）的同性恋身份，其富豪父母雇人灭口。皮尔格林与雇主（舒尔茨家族）出现分歧。

Amy在柯蒂斯的安全屋冲洗照片，确认内容。弗兰克开始教Amy射击与自卫技巧，两人关系更像父女/师徒。比利阅读自己的心理档案，记忆逐渐恢复，愤怒开始主导。皮尔格林继续追杀，但内心对任务产生动摇。

比利正式戴上“拼图”（Jigsaw）面具，组建犯罪团伙，抢劫富人作为复仇。闪回皮尔格林的过去：曾是白人至上主义者，后皈依极端宗教，有妻子和生病的孩子。弗兰克在纽约街头偶遇凯伦·佩吉（Deborah Ann Woll饰），两人重逢，凯伦试图劝弗兰克远离暴力。

比利团伙扩张，抢劫多名富豪。柯蒂斯试图帮助退伍军人，却被比利利用。弗兰克与柯蒂斯制定计划，准备主动出击比利。

弗兰克突袭比利的一个据点，激烈枪战后未能抓住比利，反而让比利逃脱。Amy与柯蒂斯关系加深。皮尔格林逼近舒尔茨家族，展现冷酷一面。

弗兰克与柯蒂斯突袭比利的主要仓库，比利早有准备，用多名无辜退伍军人（被Krista操纵）做人质诱饵。弗兰克在混战中误杀几名无辜者，精神崩溃，被警方逮捕。Krista与比利关系发展成情人，她成为比利黑化的重要推手。

弗兰克在狱中陷入严重自我怀疑，闪回家人遇害场景。马达尼试图营救弗兰克。比利与Krista的扭曲关系加深。皮尔格林绑架Amy，逼迫弗兰克现身。

马达尼与柯蒂斯帮助弗兰克逃狱。弗兰克与皮尔格林展开惊心动魄的公路追逐战与枪战，弗兰克重伤皮尔格林但未杀他。Amy被救回。比利继续疯狂作案。

弗兰克直捣舒尔茨家族老巢，杀死幕后主使（舒尔茨夫妇），放走大卫·舒尔茨。皮尔格林因家庭原因求饶，弗兰克放他一马。弗兰克与比利在废弃游乐场进行最终残酷肉搏，比利被弗兰克多次刺伤后坠落死亡（或重伤）。Krista因比利之死精神崩溃，从楼顶跳下自杀。Amy选择离开，开启新生活。凯伦与弗兰克短暂告别。结尾，弗兰克在地下室对一伙黑帮分子大开杀戒，彻底拥抱“惩罚者”身份，头骨标志喷漆回归。