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1999年年末——曾在过去派出黑色Labor“格里锋”、玩弄第二小队于股掌的内海从海外归国。同时，后藤也得到情报，称世界各地的Labor相关人士正聚集于东京。在不稳的局势下，格里锋趁第二小队出警不备，于佃岛登陆。在内海邀请的业界要人秘密观战中，第一小队的Labor“零式”挺身迎战，但自动控制功能的弱点被格里锋抓住，遭遇惨败……

某天突然袭击野明的灾厄，那就是牙痛……别说像往常一样有精神了，还被游马狠狠嘲笑，因喝了进士给的止痛药过量而从中午熟睡，更糟的是在睡着时被后藤画了涂鸦。在此期间，发生了Labor被盗逃往山中的事件。因震动传到牙齿而连让英格拉姆行走都困难的野明，能度过最大的危机吗！？

被格里锋逼至活动停止的第一小队。再战的预感高涨之中，与刑事课的松井一同探查事件背后关系的后藤、试图斩断与昔日内海回忆的熊耳、以及与夏普敦本体对立加深的内海等，双方阵营各自度过自己的间歇期。然后终于，在除夕之夜，格里锋于葛西临海公园登陆。第二小队紧急赶往现场。英格拉姆VS.格里锋，宿命的最终决战拉开了帷幕！

迎来最终回的长寿儿童节目《和妈妈一起》。然而在直播中，吉祥物熊五郎劫持了出演者，在电视台安装了炸弹并要求3亿日元。赶到现场的第二小队，在狭窄的室内无法使用英格拉姆，加上想通过事件直播赚取收视率的制作人拖延解决。无奈第二小队成员变装潜入现场。连机动队也冲了进来，演播室一片大混乱！收视率竟然达到了90%！？

在舞滨大桥夹击登陆的格里锋的第二小队。然而太田的2号机被拖入水中无法行动。为了在水边阻止就此消失在水中的格里锋，野明试图防守，却被诱饵迷惑，放任格里锋再次登陆。电池所剩无几，英格拉姆被格里锋的力量压制陷入绝境。另一方面，带着电视工作人员、搜寻潜伏事件关系者的熊耳，在附近的酒店目击到了内海的身影……

瞄准巴比伦计划相关企业的爆炸事件接连发生，就连特车二课特制的汽油桶浴缸也因煤气泄漏而爆炸。无奈前往钱汤的第二小队男性阵容，但在途中，从追捕炸弹魔的公安刑警那里得到了“右腋下有三颗痣”的托付，不得不寻找逃进钱汤的犯人。澡堂里满是黑道、莫西干头、狙击手风的男人，怎么看都是可疑的客人。赤手空拳的第二小队，能发现那三颗痣吗！？

与格里锋的死斗仍在继续——电池耗尽的1号机遭到格里锋袭击。香贯花的3号机挡在了它的面前！千钧一发之际被同伴所救、艰难重返战线的1号机，但紧接着从格里锋的扬声器中响起的，却是野明旧识的少年·巴德的声音……对格里锋操纵者的真实身份愕然的野明。在这场激战的背后，熊耳正在追逼内海。与格里锋、巴德、内海的对决，迎来高潮！

连续劳累过度的整备班。就连鬼之榊班长也难得动了慈悲心，却在休息室发现了可疑的书籍和录像带而勃然大怒。一切都被焚书处分，纪律也变得更加严格。结果，不满情绪高涨，地下活动和黑市交易横行。加之，作为协调员的繁受榊影响，率领秘密警察开始肃清，整备班陷入了反复内部恐怖活动的无仁无义的骚乱状态……这个故事，是描绘集体主义社会悲剧的七日斗争史……

首次慰劳旅行，第二小队来到了温泉旅馆。舒展筋骨兴高采烈的成员们，却因宴席上琐碎的言语误会，导致熊耳和香贯花之间气氛险恶……起初野明他们还试图缓和场面，但最终放弃了修复关系，采取了全员喝醉的作战，宴会逐渐变成了奇行与不明所以的言行横行的混沌之地……熊耳与香贯花，赌上女性自尊的意气之争，结果如何！

特车二课首屈一指的暴力警察·太田终于杀人了！？某天早晨，从噩梦中醒来的太田面前，滚动着游马、进士等人的尸体！失去了记忆，作为逃亡者在街头彷徨的太田。虽然得到曾经关照过的小混混“冷狸猫”阿政的庇护继续流浪，但在路过的建筑工地发生的爆炸事故中，他不自觉地驾驶Labor冲了出去！在太田被送进的医院里，终于揭露了令人震惊的真相。太田失去的记忆能恢复吗？

雨天，野明在特车二课门前发现了一个纸箱。为了救出里面奄奄一息的小猫，野明找喜欢动物的山崎商量，决定偷偷在船屋里饲养。小猫顺利恢复健康，但野明他们即使出警时也挂念着小猫，心神不宁。小猫恢复活力后，周围又开始流传出现野猫和跳蚤的传言，特车二课全员不得不进行大扫除。而紧接着，突如其来的分别就袭击了野明和小猫……

被雨困住，无处可去的男女——结束了在轻井泽举行的干部研修，后藤和南云驱车赶回东京，却偏偏遭遇台风，道路全部封锁。加上车况也不佳，后藤提出了非常手段：去某情侣酒店的避难方案……与在房间里手拿啤酒放松的后藤形成对比，南云面对众多不熟悉的设备惊慌失措。夜渐深，灯火已熄的酒店房间里，两人会如何？

特车二课大楼地下广阔的迷宫——曾在那里让第二小队恐惧的白色鳄鱼，在被保护的水族馆里产下了一颗巨大的珍珠。听闻此事，认为地下也有珍珠的数名整备员踏入迷宫，就此下落不明。前往救援的第二小队，一边被复活的迷宫之主只山的陷阱所折磨，一边总算找到了整备员们。然而，被欲望战胜的众人却向着更深处前进。一行人在那里看到的，是闪耀着纯白光芒的宝山！？

某天，游马收到了一封同学会通知。在会场，游马与高中时代的女神加岛由纪江重逢了。在假日的街头，游马和加岛回味着当年青涩的回忆。不久，两人被一张拍摄了雪中林荫道的照片深深吸引。之后的某天，游马在出警地点目击了加岛，但同伴们都说没看到任何人影。在满心疑惑的游马面前，加岛再次出现。她告诉游马，自己是来告别的。翌日，本应已经结束的同学会通知，又送到了游马手中——

某夜，目击了不可思议光芒的野明，误入了一个地方——那里竟是地球防卫组织“CLAT”的秘密基地！？以CLAT队员身份表现得若无其事的伙伴们，和因过于离奇的状况而困惑的野明。此时，来自宇宙的乌兹米星人圆盘群和巨大怪兽格里锋来袭。如今能守护地球的只剩CLAT了吗！？在圆谷制作公司的官方协力下，献给大朋友们的特摄 parody 巨篇。野明啊，现在就变身为英格拉曼吧！

临近岁末，一个平静的假期。为了寻找充满回忆的物品，野明来到特车二课，遇到了休息的伙伴们。第二天，说是有事的游马带着野明去了群马。在一座墓前，游马向野明坦白了往事。与此同时，熊耳被提议担任第三小队的小队长、太田在奥多摩的Labor教习所为训练生做示范、榊班长与不熟悉的电脑苦战……特车二课的成员们，在看似不变的日常中，各自迎来了属于自己的变化。