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仓田翼是个精明能干的程序员兼重度的机器宅。在异世界作为艾尔涅斯帝（艾尔）转学的他，遭遇到了动摇命运的事态。“是，是机器人！”被在眼前出现的幻晶骑士所吸引的他，以骑操士为目标入学骑操士学园。因活用天生的知识和程序员的才能，而在学园中闻名。虽然艾尔过着和平的学园生活，但可怕的魔兽的威胁也正在悄悄地接近。

于夜间演习时受到袭击的学生们，靠艾尔的机智摆脱了危机。但是艾尔对魔兽的样子抱有疑问。魔兽似乎在害怕着什么而逃跑。艾尔的预感应验了，很快强大的魔兽陆皇龟出现。陆皇龟这样的师团级魔兽的出现时隔建国初已有300年。即便扬图宁骑士团总动员，也很难将其打倒。在学生们开始逃离的时候，艾尔开始了超乎想象的作战。

仅12岁的孩子去讨伐陆皇龟的大事件，马上就传到了国王安布罗斯那里。艾尔被国王问到有关赏赐的问题，他抓住这个千载难逢的机会，希望得到有关幻晶骑士的心脏部分魔力转换炉的制作方法的知识。高官们对要求国家机密的事态动摇。但是安布罗斯接受了艾尔的本愿，并约定如果能制作出最强的机体，必定进行褒奖。

新型幻晶骑士，特列斯塔尔终于要完成了。但是，对于艾尔的行动抱有顾虑的迪斯寇德，派遣赤兔骑士团到校园。说是要将特列斯塔尔运送至卡扎德修要塞，亲自确认其性能。路中，遭遇到魔兽裂地蚯蚓的袭击，经历了意外的实战的特列斯塔尔，结果凌驾于加达托亚制式机。收到报告的迪斯寇德，开始直接向艾尔询问。

潜入卡扎德修要塞的凯希尔率领的铜牙骑士团的目的，是抢夺新型机特列斯塔尔。艾德加迪特里希与被夺走的两个特列斯塔尔遭遇，并冲进战斗状态。奇德和亚蒂也换上幻晶甲胄，加入了追击。另一方面，艾尔为了镇压留在要塞的贼而穿上幻晶甲胄出击。鲁莽地面对着贼所操纵的特列斯塔尔。但是洞悉新机型的艾尔，以令人惊讶的作战压制了敌人。

作为安布罗斯进一步开发幻晶骑士的一环，国立机操开发研究工房，和艾尔作为团长的银凤骑士团，被命令参加新型机的模拟比赛。国机研在进行加达托亚的后继机开发，另一方面，艾尔经过卡扎德修事变的教训，决定投入重视机动力的机体。为此，步调一致的两个骑操士，双胞胎的奇德和亚蒂十分胜任。到底艾尔提案的冲击性的新型机会……？

终于完成了人马骑士泽多尔各。银凤骑士团还带了特列斯塔尔的新型机，与国机研在模拟比赛中进行挑战。另一方面国机研一方，托付技艺高超的骑操士集团“阿尔冯斯”来驾驶试作机加达托亚·达修。比赛中艾尔以出人意料的先制攻击拉开序幕。在出乎意料的战斗中，最初阿尔冯斯被压制，然而逐渐开始压制银凤骑士团。预料到这个展开的艾尔，冷静地看准了逆转的机会。

大规模的壳兽群正在逼近魔力转换炉的生产地，森都。森都一旦被破坏，艾尔“制作理想的幻晶骑士”的愿望也会随之破灭。艾尔振奋起来，银凤骑士团立马出阵。最后的防卫据点，阿尔杜塞山峡关要塞准备沦陷的瞬间，艾尔他们英勇地带上飘扬着骑士团旗到达。但是遭遇壳兽“女王”的艾尔他们，对其巨大而惊讶得说不出话。

甲罗武德王国，自称古代的大国世界之父的正统继承者，向西方诸国宣战。后来被称为“大西域战争”的大乱就此被拉开序幕。投入飞空船和新机型黑骑士的甲罗武德王国的压倒性战力，瞬间压制了克沙佩加王国。不了解情况的银凤骑士团的艾尔他们，来到了克沙佩加王国的关卡，然而……。

艾尔他们潜入在甲罗武德王国占领下的克沙佩加王国，开始了克沙佩加王族的夺回作战。王族被囚禁的地方，位于拉斯佩德城的四个尖塔。艾尔、奇德、埃姆里思进行分散搜索，顺利地将埃莉诺王女等人成功救出。但是甲罗武德的飞空船正在向逃脱的艾尔等人逼近。初次看见“飞空船”，艾尔不但没有恐惧，还无法抑制兴奋……。

艾尔等人击退了铜牙骑士团的奇袭。但是通过这个战斗，埃莉诺的所在地却被甲罗武德军察知。克里斯托瓦尔立刻率领黑鄂骑士团和钢翼骑士团，完全把埃莉诺所投奔的米谢利耶给包围。等得不耐烦的克里斯托瓦尔一下令进军，正在等待这个时机的艾尔等人开始了对空攻击。不得不撤退的克里斯托瓦尔的面前，被如同鬼神般的伊迦尔卡挡住了。

随着飞龙战舰的袭来，甲罗武德军的反抗开始了。居民们从被火焰包围的城寨都市逃脱。古斯塔沃趁混乱现身，与艾尔的命运之战再次开幕。艾尔驾驶伊迦尔卡在上空奋斗者，以法击格斗，通过雷电兼顾防御的飞龙战舰是个强敌。在一进一退不断攻防当中，奥拉西欧向多罗提欧提议使用“特殊炮弹”。结果奥拉西欧设下的陷阱会是……？

在实行旧王都戴凡库尔的夺回作战的银凤骑士团的面前，飞空船再次挡住去路。艾尔看清与飞空船的再战，在对空冲角舰上搭载魔导火箭。将飞空船落下的标枪全部破坏掉，这才是艾尔的目的。奥拉西欧向陷入窘境的多罗提欧提议启动最大化战斗形态。艾尔和奥拉西欧，天才的意志发生激烈碰撞。